Skip to main content

Table 1 The mtOrt model

From: MtOrt: an empirical mitochondrial amino acid substitution model for evolutionary studies of Orthoptera insects

   Ala Arg Asn Asp Cys Gln Glu Gly His Ile Leu Lys Met Phe Pro Ser Thr Trp Tyr Val
Exchangeability rates Ala                     
Arg 0.04                    
Asn 0.03 0.22                   
Asp 0.14 0.09 6.01                  
Cys 0.64 1.63 0.57 0.24                 
Gln 0.09 3.01 1.44 0.30 0.25                
Glu 0.20 0.03 1.64 10.55 0.25 2.50               
Gly 1.05 0.21 0.69 1.13 1.25 0.08 1.24              
His 0.07 1.43 2.55 0.46 0.24 5.73 0.12 0.08             
Ile 0.08 0.04 0.44 0.05 0.28 0.05 0.06 0.04 0.10            
Leu 0.06 0.07 0.07 0.02 0.28 0.23 0.05 0.03 0.14 1.59           
Lys 0.00 1.43 3.95 0.13 0.00 3.98 3.33 0.13 0.25 0.08 0.07          
Met 0.41 0.02 0.43 0.05 0.27 0.25 0.29 0.17 0.14 2.95 3.98 0.80         
Phe 0.06 0.00 0.12 0.02 1.50 0.06 0.07 0.09 0.17 1.00 2.16 0.03 0.63        
Pro 0.52 0.42 0.27 0.06 0.00 0.95 0.11 0.01 0.73 0.07 0.29 0.43 0.07 0.08       
Ser 3.26 0.25 2.51 0.49 4.04 0.45 0.57 2.47 0.20 0.18 0.45 3.04 0.75 0.62 1.51      
Thr 4.04 0.09 1.77 0.07 0.34 0.15 0.24 0.03 0.24 2.14 0.27 0.71 3.35 0.09 1.11 3.91     
Trp 0.03 1.21 0.10 0.19 2.09 0.01 0.18 0.25 0.02 0.07 0.42 0.32 0.21 0.52 0.06 0.34 0.02    
Tyr 0.02 0.22 1.44 0.41 3.73 0.75 0.27 0.09 4.15 0.17 0.21 0.39 0.30 3.90 0.22 0.52 0.13 0.78   
Va 2.31 0.06 0.09 0.13 1.69 0.01 0.32 0.54 0.00 9.41 0.84 0.05 2.49 0.66 0.08 0.38 1.51 0.14 0.16  
Amino acid frequencies   0.04 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.11 0.16 0.03 0.09 0.09 0.03 0.10 0.06 0.02 0.05 0.05