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Table 2 Characteristics of non-synonymous mutations in biomass genes and corresponding amino acid changes

From: Natural variation in genes potentially involved in plant architecture and adaptation in switchgrass (Panicum virgatum L.)

       Amino Acid Allele frequencies % SNP characteristics
Gene Contig Chromosome Amino Acid position in Setaria Reference sequence SNP region Setaria italica reference sequence Ref Alt1 Alt2 Setaria italica Wild-type allele Mutant 1 Mutant 2 Conservative (Con) vs. non conservative (Non Con)
GI contig15400 Chr05K 155 Exon7 Si000107m E K   E 91.59 8.41   Con
GI contig15400 Chr05K 175 Exon7 Si000107m S Y   S 80.32 19.68   Non Con
GI contig15400 Chr05K 177 Exon7 Si000107m G D   D 32.80 67.20   Non Con
GI contig15400 Chr05K 180 Exon7 Si000107m G R   G 92.79 7.21   Non Con
GI contig15400 Chr05K 234 Exon9 Si000107m C F Y C 79.82 19.59 0.58 Non Con
GI contig01489 Chr05N 63 Exon5 Si000107m W S   S 37.50 62.50   Non Con
GI contig01489 Chr05N 185 Exon7 Si000107m R Q   R 65.84 34.16   Con
GI contig01489 Chr05N 960 Exon14 Si000107m F L   L 35.83 64.17   Non Con
PHYB contig13571 Chr09N 661 Exon2 Si033968m S C   S 63.64 36.36   Non Con
PHYB contig13571 Chr09N 702 Exon2 Si033968m V I   V 79.13 20.87   Con
PHYB contig13571 Chr09N 713 Exon2 Si033968m Y D   D 50.30 49.70   Non Con
HD1 contig03275 Chr04K 11 Exon1 Seita.4G122700.1 E M   E 85.98 14.02   Non Con
HD1 contig03275 Chr04K 32 Exon1 Seita.4G122700.1 A T   A 94.56 5.44   Non Con
HD1 contig03275 Chr04K 35 Exon1 Seita.4G122700.1 G S   S 60.63 39.37   Non Con
PGM contig17299 Chr09K 351 Exon6 Si034948m A V   A 73.21 26.79   Non Con
TB1 contig06045 Chr09K 57 Exon1 Si038692m G D   G 91.61 8.39   Non Con
TB1 contig06045 Chr09K 213 Exon1 Si038692m G D   G 89.76 10.24   Non Con
TB1 contig06045 Chr09K 337 Exon1 Si038692m I V   L 56.64 43.36   Con
TB1 contig76312 Chr09N 51 Exon1 Si038692m H Y   H 88.06 11.94   Con
TB1 contig76312 Chr09N 89 Exon1 Si038692m A P   A 92.42 7.58   Non Con
TB1 contig76312 Chr09N 137 Exon1 Si038692m S P   S 92.77 7.23   Non Con
TB1 contig76312 Chr09N 193 Exon1 Si038692m I V   V 60.26 39.74   Con
TB1 contig76312 Chr09N 321 Exon1 Si038692m N S   N 91.87 8.13   Con
PHYC contig03093 Chr09N 422 Exon1 Si034030m V L   L 45.71 54.29   Con
PHYC contig03093 Chr09N 966 Exon3 Si034030m E V   V 42.90 57.10   Non Con
PHYC contig03093 Chr09N 1029 Exon3 Si034030m P A   P 81.03 18.97   Non Con
PHYC contig03093 Chr09N 1031 Exon3 Si034030m K E   K 76.66 23.34   Con
PHYC contig03093 Chr09N 1041 Exon3 Si034030m K N   K 83.44 16.56   Non Con
PHYC contig03093 Chr09N 1069 Exon1 Si034030m L W   L 94.26 5.74   Non Con
PHYC contig03093 Chr09N 1104 Exon1 Si034030m L H   L 67.70 32.30   Non Con
VRN3 contig07490 Chr03N 238 Exon2 Si021330m E D   E 89.78 10.22   Con
VRN3 contig07490 Chr03N 286 Exon3 Si021330m L M   L 93.11 6.89   Con
VRN3 contig07490 Chr03N 295 Exon3 Si021330m T A   T 90.10 9.90   Non Con
VRN3 contig07490 Chr03N 412 Exon4 Si021330m P R   P 91.53 8.47   Non Con
VRN3 contig07490 Chr03N 493 Exon4 Si021330m L S   S 84.26 15.74   Non Con
VRN3 contig07490 Chr03N 511 Exon4 Si021330m N K   N 93.63 6.37   Non Con
VRN3 contig07490 Chr03N 600 Exon4 Si021330m G V   E 88.59 11.41   Non Con
VRN3 contig16433 Chr03K 144 Exon2 Si021330m P A   P 90.45 9.55   Non Con
VRN3 contig16433 Chr03K 398 Exon4 Si021330m V I   A 93.98 6.02   Con
VRN3 contig16433 Chr03K 409 Exon4 Si021330m S N   S 89.42 10.58   Con
VRN3 contig16433 Chr03K 450 Exon4 Si021330m D G   G 43.61 56.39   Non Con
VRN3 contig16433 Chr03K 569 Exon4 Si021330m Q E   R 88.36 11.64   Con
VRN3 contig16433 Chr03K 682 Exon4 Si021330m L Q   Q 28.61 71.39   Non Con
DW3 contig26301 Chr06K 672 Exon3 Si013123m E G   E 94.29 5.71   Non Con
DW3 contig26301 Chr06K 751 Exon3 Si013123m M V   M 21.22 78.78   Con
DW3 contig117938 Chr06N 713 Exon3 Si013123m I M   M 87.84 12.16   Con
DW3 contig26301 Chr06N 897 Exon3 Si013123m I V   V 82.96 17.04   Con
DW3 contig117938 Chr06N 872 Exon3 Si013123m T A S A 78.04 21.96 0.30 Non Con
FLD contig01920 Chr07N 511 Exon1 Si009376m S G   G 76.70 23.30   Non Con