Skip to main content

Table 1 Haplotypes (for HVRI, HVRII and the four coding segments typed in possible H samples) and haplogroup classification in El Jadida.

From: The trans-Saharan slave trade - clues from interpolation analyses and high-resolution characterization of mitochondrial DNA lineages

Sample HVRI HVRII Haplogroup Other polymorphisms
J1 0 263 309.1 315.1 H*  
J2 129 184 146 263 309.2 315.1 H*  
J3 304 263 309.1 315.1 H*  
J4 0 263 315.1 H1 3010
J5 0 263 309.1 315.1 H1 3010
J6 0 263 309.2 315.1 H1 3010
J7 0 263 309.1 315.1 H1 3010
J8 0 263 309.2 315.1 H1 3010
J9 209 114 146 263 309.1 315.1 H1 3010
J10 212 263 309.1 315.1 H1 3010
J11 218 263 309.2 315.1 H1 3010
J12 318A/C 114 263 309.2 315.1 H1 3010
J13 355 263 315.1 H1 3010
J14 0 263 309.1 315.1 H7 4793
J15 67 263 309.1 315.1 HV1  
J16 93 298 311 72 263 315.1 V  
J17 153 193 298 72 195 263 309.1 315.1 V  
J18 153 298 72 195 263 315.1 V  
J19 193 72 93 263 309.1 315.1 V  
J20 298 72 195 263 309.1 315.1 V  
J21 298 72 263 309.1 315.1 V  
J22 298 72 263 309.1 315.1 V  
J23 298 72 195 263 309.2 315.1 V  
J24 126 291 362 58 64 152 263 315.1 R0a 7028
J25 126 291 362 58 64 152 263 315.1 R0a 7028
J26 126 362 58 64 263 315.1 R0a  
J27 93 224 311 73 263 309.1 315.1 K  
J28 224 287 311 73 146 263 309.1 315.1 K  
J29 224 287 311 73 146 263 309.1 315.1 K  
J30 224 287 311 73 146 263 309.1 315.1 K  
J31 224 287 311 73 146 263 309.1 315.1 K  
J32 224 287 311 73 146 263 309.1 315.1 K  
J33 224 311 73 263 280G/C 315.1 K  
J34 224 311 73 263 280C/G 315.1 K  
J35 69 126 73 185 228 263 295 315.1 J  
J36 69 126 73 185 225 228 263 295 315.1 J  
J37 69 126 193 300 309 73 263 309.1 315.1 J  
J38 69 126 193 265A/T 73 146 150 152 263 295 315.1 J2  
J39 69 126 193 278 291 73 150 152 263 295 309.1 315.1 J2  
J40 69 126 193 195 278 73 150 152 196insT 263 295 309.1 315.1 J2  
J41 126 220 292 294 73 146 152 195 263 279 315.1 T  
J42 126 163 186 189 193del 294 73 263 309.1 315.1 T1  
J43 173 183A/C 189 223 278 73 146 153 195 225 226 263 309.1 315.1 X  
J44 145 176C/G 223 311 390 73 152 204 263 315.1 N1b  
J45 0 73 195 263 315.1 U 7028
J46 0 73 195 263 315.1 U 7028
J47 311 263 309.1 315.1 U 7028
J48 287 356 73 195 263 309.1 315.1 U4  
J49 189 270 73 146 195 263 315.1 U5b  
J50 172 189 219 261 278 73 263 309.1 315.1 U6a  
J51 172 219 278 300 73 242 263 309.1 315.1 U6a  
J52 129 183A/C 189 223 235 249 311 73 152 195 263 315.3 M1  
J53 183A/C 189 249 265A/C 280 311 73 146 195 263 315.1 M1  
J54 183A/C 189 249 265A/C 280 311 73 146 195 263 315.1 M1  
J55 129 189 223 249 311 359 263 309.1 309.2 315.1 M1a  
J56 129 189 223 249 311 359 73 195 198 263 315.1 M1a  
J57 126 187 189 215A/T 223 264 270 278 293 311 73 152 182 185G/C 195 247 263 309.1 315.1 357 L1b1  
J58 126 187 189 223 264 270 278 293 311 73 152 182 185G/T 189 195 207 247 263 309.1 315.1 357 L1b1  
J59 126 187 189 223 264 270 278 293 311 73 152 182 185G/C 195 247 263 315.1 357 L1b1  
J60 126 187 189 223 264 270 278 293 311 355 73 152 182 185G/T 195 247 263 315.1 357 L1b1  
J61 126 187 189 223 264 270 278 293 311 355 73 152 182 185G/T 195 247 263 315.1 357 L1b1  
J62 17 148 163 187 189 223 278 293 294 311 360 73 89 93 151 182 186C/A 189A/C 247 263 315.1 316 L1c4  
J63 86 223 278 294 309 390 73 143 146 152 195 198 263 315.1 L2a1  
J64 167 192 223 278 294 309 390 73 143 146 152 195 263 309.1 315.1 L2a1  
J65 145 213 223 278 294 390 73 146 152 195 263 315.1 L2a1  
J66 189 192 223 278 294 309 357 390 73 143 146 152 195 263 315.1 L2a1  
J67 189 192 223 278 294 309 73 143 146 152 195 263 315.1 L2a1  
J68 51 172 223 266 278 362 73 263 315.1 L2c1  
J69 129 183A/C 189 278 300 354 357 390 73 146 150 195 263 309.2 315.1 L2d1  
J70 209 223 73 152 235 263 309.1 315.1 L3f1a  
J71 124 223 278 362 73 263 309.1 315.1 L3b1  
J72 124 223 336 73 152 242 263 315.1 L3d  
J73 124 223 256 73 152 189 195 263 315.1 L3d1'2'3'  
J74 124 192 223 256 73 152 189 195 263 309.1 315.1 L3d1'2'3'  
J75 223 320 399 73 152 195 198 263 315.1 L3e2a  
J76 223 311 320 73 150 195 198 263 315.1 L3e2a  
J77 172 183A/C 187 189 223 320 73 150 195 236 263 309.1 315.1 316 L3e2b  
J78 172 209 223 292 311 73 189 200 263 315.1 L3f1b  
J79 188 223 292 295 311 73 189 200 263 309.1 315.1 L3f1  
J80 209 223 292 311 390 73 189 200 263 315.1 L3f1b  
J81 129 223 256C/A 278 311 362 73 151 152 189A/C 195 263 294 309.1 315.1 L3h1b  
  1. Variant positions from the rCRS are shown between 16017 and 16399 in HVRI (minus 16000), 72 and 357 for HVRII and the four coding region fragments (3001-3360, 3661-4050, 4281-4820, and 6761-7050). Substitutions are transitions unless the base change or a deletion is explicitly indicated. Insertions of one and two cytosines are shown by appending '1' and '2', respectively.
Back to article page

BMC Ecology and Evolution

ISSN: 2730-7182

Contact us