TY - STD TI - Babonis LS, Martindale MQ. Phylogenetic evidence for the modular evolution of metazoan signalling pathways. Philos Trans R Soc Lond B Biol. Sci. 2017;372(1713):20150477. ID - ref1 ER - TY - JOUR AU - Richards, G. S. AU - Degnan, B. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - The dawn of developmental signaling in the metazoa JO - Cold Spring Harb Symp Quant Biol VL - 74 UR - https://doi.org/10.1101/sqb.2009.74.028 DO - 10.1101/sqb.2009.74.028 ID - Richards2009 ER - TY - JOUR AU - Arvanitis, D. AU - Davy, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Eph/ephrin signaling: networks JO - Genes Dev VL - 22 UR - https://doi.org/10.1101/gad.1630408 DO - 10.1101/gad.1630408 ID - Arvanitis2008 ER - TY - JOUR AU - Nichols, S. A. AU - Dirks, W. AU - Pearse, J. S. AU - King, N. PY - 2006 DA - 2006// TI - Early evolution of animal cell signaling and adhesion genes JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0604065103 DO - 10.1073/pnas.0604065103 ID - Nichols2006 ER - TY - JOUR AU - Pincus, D. AU - Letunic, I. AU - Bork, P. AU - Lim, W. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Evolution of the phospho-tyrosine signaling machinery in premetazoan lineages JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 105 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0803161105 DO - 10.1073/pnas.0803161105 ID - Pincus2008 ER - TY - JOUR AU - Sebe-Pedros, A. AU - Zheng, Y. AU - Ruiz-Trillo, I. AU - Pan, D. PY - 2012 DA - 2012// TI - Premetazoan origin of the hippo signaling pathway JO - Cell Rep VL - 1 UR - https://doi.org/10.1016/j.celrep.2011.11.004 DO - 10.1016/j.celrep.2011.11.004 ID - Sebe-Pedros2012 ER - TY - JOUR AU - Srivastava, M. AU - Simakov, O. AU - Chapman, J. AU - Fahey, B. AU - Gauthier, M. E. AU - Mitros, T. AU - Richards, G. S. AU - Conaco, C. AU - Dacre, M. AU - Hellsten, U. PY - 2010 DA - 2010// TI - The Amphimedon queenslandica genome and the evolution of animal complexity JO - Nature VL - 466 UR - https://doi.org/10.1038/nature09201 DO - 10.1038/nature09201 ID - Srivastava2010 ER - TY - JOUR AU - Manning, G. AU - Young, S. L. AU - Miller, W. T. AU - Zhai, Y. PY - 2008 DA - 2008// TI - The protist, Monosiga brevicollis, has a tyrosine kinase signaling network more elaborate and diverse than found in any known metazoan JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 105 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0801314105 DO - 10.1073/pnas.0801314105 ID - Manning2008 ER - TY - JOUR AU - Miller, W. T. PY - 2012 DA - 2012// TI - Tyrosine kinase signaling and the emergence of multicellularity JO - Biochim Biophys Acta VL - 1823 UR - https://doi.org/10.1016/j.bbamcr.2012.03.009 DO - 10.1016/j.bbamcr.2012.03.009 ID - Miller2012 ER - TY - JOUR AU - Suga, H. AU - Dacre, M. AU - Mendoza, A. AU - Shalchian-Tabrizi, K. AU - Manning, G. AU - Ruiz-Trillo, I. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genomic survey of premetazoans shows deep conservation of cytoplasmic tyrosine kinases and multiple radiations of receptor tyrosine kinases JO - Sci Signal VL - 5 UR - https://doi.org/10.1126/scisignal.2002733 DO - 10.1126/scisignal.2002733 ID - Suga2012 ER - TY - JOUR AU - Suga, H. AU - Torruella, G. AU - Burger, G. AU - Brown, M. W. AU - Ruiz-Trillo, I. PY - 2014 DA - 2014// TI - Earliest Holozoan expansion of phosphotyrosine signaling JO - Mol Biol Evol VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/mst241 DO - 10.1093/molbev/mst241 ID - Suga2014 ER - TY - JOUR AU - Cock, J. M. AU - Sterck, L. AU - Rouze, P. AU - Scornet, D. AU - Allen, A. E. AU - Amoutzias, G. AU - Anthouard, V. AU - Artiguenave, F. AU - Aury, J. M. AU - Badger, J. H. PY - 2010 DA - 2010// TI - The Ectocarpus genome and the independent evolution of multicellularity in brown algae JO - Nature VL - 465 UR - https://doi.org/10.1038/nature09016 DO - 10.1038/nature09016 ID - Cock2010 ER - TY - JOUR AU - Suga, H. AU - Chen, Z. AU - Mendoza, A. AU - Sebe-Pedros, A. AU - Brown, M. W. AU - Kramer, E. AU - Carr, M. AU - Kerner, P. AU - Vervoort, M. AU - Sanchez-Pons, N. PY - 2013 DA - 2013// TI - The Capsaspora genome reveals a complex unicellular prehistory of animals JO - Nat Commun VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms3325 DO - 10.1038/ncomms3325 ID - Suga2013 ER - TY - JOUR AU - King, N. AU - Westbrook, M. J. AU - Young, S. L. AU - Kuo, A. AU - Abedin, M. AU - Chapman, J. AU - Fairclough, S. AU - Hellsten, U. AU - Isogai, Y. AU - Letunic, I. PY - 2008 DA - 2008// TI - The genome of the choanoflagellate Monosiga brevicollis and the origin of metazoans JO - Nature VL - 451 UR - https://doi.org/10.1038/nature06617 DO - 10.1038/nature06617 ID - King2008 ER - TY - JOUR AU - Ryan, J. F. AU - Pang, K. AU - Schnitzler, C. E. AU - Nguyen, A. D. AU - Moreland, R. T. AU - Simmons, D. K. AU - Koch, B. J. AU - Francis, W. R. AU - Havlak, P. AU - Program, N. C. S. PY - 2013 DA - 2013// TI - The genome of the ctenophore Mnemiopsis leidyi and its implications for cell type evolution JO - Science VL - 342 UR - https://doi.org/10.1126/science.1242592 DO - 10.1126/science.1242592 ID - Ryan2013 ER - TY - JOUR AU - Himanen, J. P. AU - Nikolov, D. B. PY - 2003 DA - 2003// TI - Eph receptors and ephrins JO - Int J Biochem Cell Biol VL - 35 UR - https://doi.org/10.1016/S1357-2725(02)00096-1 DO - 10.1016/S1357-2725(02)00096-1 ID - Himanen2003 ER - TY - JOUR AU - Himanen, J. P. AU - Saha, N. AU - Nikolov, D. B. PY - 2007 DA - 2007// TI - Cell-cell signaling via Eph receptors and ephrins JO - Curr Opin Cell Biol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1016/j.ceb.2007.08.004 DO - 10.1016/j.ceb.2007.08.004 ID - Himanen2007 ER - TY - JOUR AU - Kania, A. AU - Klein, R. PY - 2016 DA - 2016// TI - Mechanisms of ephrin-Eph signalling in development, physiology and disease JO - Nat Rev Mol Cell Biol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1038/nrm.2015.16 DO - 10.1038/nrm.2015.16 ID - Kania2016 ER - TY - JOUR AU - Nikolov, D. B. AU - Xu, K. AU - Himanen, J. P. PY - 2013 DA - 2013// TI - Eph/ephrin recognition and the role of Eph/ephrin clusters in signaling initiation JO - Biochim Biophys Acta VL - 1834 UR - https://doi.org/10.1016/j.bbapap.2013.04.020 DO - 10.1016/j.bbapap.2013.04.020 ID - Nikolov2013 ER - TY - JOUR AU - Pasquale, E. B. PY - 2008 DA - 2008// TI - Eph-ephrin bidirectional signaling in physiology and disease JO - Cell VL - 133 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2008.03.011 DO - 10.1016/j.cell.2008.03.011 ID - Pasquale2008 ER - TY - JOUR AU - Lackmann, M. AU - Boyd, A. W. PY - 2008 DA - 2008// TI - Eph, a protein family coming of age: more confusion, insight, or complexity? JO - Sci Signal VL - 1 UR - https://doi.org/10.1126/stke.115re2 DO - 10.1126/stke.115re2 ID - Lackmann2008 ER - TY - JOUR AU - Egea, J. AU - Klein, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Bidirectional Eph-ephrin signaling during axon guidance JO - Trends Cell Biol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1016/j.tcb.2007.03.004 DO - 10.1016/j.tcb.2007.03.004 ID - Egea2007 ER - TY - JOUR AU - Aoto, J. AU - Chen, L. PY - 2007 DA - 2007// TI - Bidirectional ephrin/Eph signaling in synaptic functions JO - Brain Res VL - 1184 UR - https://doi.org/10.1016/j.brainres.2006.11.033 DO - 10.1016/j.brainres.2006.11.033 ID - Aoto2007 ER - TY - JOUR AU - Himanen, J. P. AU - Nikolov, D. B. PY - 2003 DA - 2003// TI - Eph signaling: a structural view JO - Trends Neurosci VL - 26 UR - https://doi.org/10.1016/S0166-2236(02)00005-X DO - 10.1016/S0166-2236(02)00005-X ID - Himanen2003 ER - TY - JOUR AU - Pasquale, E. B. PY - 2004 DA - 2004// TI - Eph-ephrin promiscuity is now crystal clear JO - Nat Neurosci VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nn0504-417 DO - 10.1038/nn0504-417 ID - Pasquale2004 ER - TY - JOUR AU - Himanen, J. P. AU - Chumley, M. J. AU - Lackmann, M. AU - Li, C. AU - Barton, W. A. AU - Jeffrey, P. D. AU - Vearing, C. AU - Geleick, D. AU - Feldheim, D. A. AU - Boyd, A. W. PY - 2004 DA - 2004// TI - Repelling class discrimination: ephrin-A5 binds to and activates EphB2 receptor signaling JO - Nat Neurosci VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nn1237 DO - 10.1038/nn1237 ID - Himanen2004 ER - TY - JOUR AU - Qin, H. AU - Noberini, R. AU - Huan, X. AU - Shi, J. AU - Pasquale, E. B. AU - Song, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Structural characterization of the EphA4-Ephrin-B2 complex reveals new features enabling Eph-ephrin binding promiscuity JO - J Biol Chem VL - 285 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M109.064824 DO - 10.1074/jbc.M109.064824 ID - Qin2010 ER - TY - JOUR AU - Bowden, T. A. AU - Aricescu, A. R. AU - Nettleship, J. E. AU - Siebold, C. AU - Rahman-Huq, N. AU - Owens, R. J. AU - Stuart, D. I. AU - Jones, E. Y. PY - 2009 DA - 2009// TI - Structural plasticity of eph receptor A4 facilitates cross-class ephrin signaling JO - Structure VL - 17 UR - https://doi.org/10.1016/j.str.2009.07.018 DO - 10.1016/j.str.2009.07.018 ID - Bowden2009 ER - TY - JOUR AU - Boyd, A. W. AU - Bartlett, P. F. AU - Lackmann, M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Therapeutic targeting of EPH receptors and their ligands JO - Nat Rev Drug Discov VL - 13 UR - https://doi.org/10.1038/nrd4175 DO - 10.1038/nrd4175 ID - Boyd2014 ER - TY - JOUR AU - Himanen, J. P. AU - Yermekbayeva, L. AU - Janes, P. W. AU - Walker, J. R. AU - Xu, K. AU - Atapattu, L. AU - Rajashankar, K. R. AU - Mensinga, A. AU - Lackmann, M. AU - Nikolov, D. B. PY - 2010 DA - 2010// TI - Architecture of Eph receptor clusters JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 107 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1004148107 DO - 10.1073/pnas.1004148107 ID - Himanen2010 ER - TY - JOUR AU - Baumgartner, S. AU - Hofmann, K. AU - Chiquet-Ehrismann, R. AU - Bucher, P. PY - 1998 DA - 1998// TI - The discoidin domain family revisited: new members from prokaryotes and a homology-based fold prediction JO - Protein Sci VL - 7 UR - https://doi.org/10.1002/pro.5560070717 DO - 10.1002/pro.5560070717 ID - Baumgartner1998 ER - TY - JOUR AU - Kiedzierska, A. AU - Smietana, K. AU - Czepczynska, H. AU - Otlewski, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Structural similarities and functional diversity of eukaryotic discoidin-like domains JO - Biochim Biophys Acta VL - 1774 UR - https://doi.org/10.1016/j.bbapap.2007.07.007 DO - 10.1016/j.bbapap.2007.07.007 ID - Kiedzierska2007 ER - TY - JOUR AU - Choi, M. AU - Davidson, V. L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Cupredoxins--a study of how proteins may evolve to use metals for bioenergetic processes JO - Metallomics VL - 3 UR - https://doi.org/10.1039/c0mt00061b DO - 10.1039/c0mt00061b ID - Choi2011 ER - TY - JOUR AU - Dennison, C. PY - 2005 DA - 2005// TI - Investigating the structure and function of cupredoxins JO - Coordin Chem Rev VL - 249 UR - https://doi.org/10.1016/j.ccr.2005.04.021 DO - 10.1016/j.ccr.2005.04.021 ID - Dennison2005 ER - TY - STD TI - Richter DJ, Fozouni P, Eisen MB, King N. Gene family innovation, conservation and loss on the animal stem lineage. Elife. 2018;7:e34226. ID - ref35 ER - TY - JOUR AU - Himanen, J. P. PY - 2012 DA - 2012// TI - Ectodomain structures of Eph receptors JO - Semin Cell Dev Biol VL - 23 UR - https://doi.org/10.1016/j.semcdb.2011.10.025 DO - 10.1016/j.semcdb.2011.10.025 ID - Himanen2012 ER - TY - JOUR AU - Himanen, J. P. AU - Rajashankar, K. R. AU - Lackmann, M. AU - Cowan, C. A. AU - Henkemeyer, M. AU - Nikolov, D. B. PY - 2001 DA - 2001// TI - Crystal structure of an Eph receptor-ephrin complex JO - Nature VL - 414 UR - https://doi.org/10.1038/414933a DO - 10.1038/414933a ID - Himanen2001 ER - TY - JOUR AU - Dai, D. AU - Huang, Q. AU - Nussinov, R. AU - Ma, B. PY - 2014 DA - 2014// TI - Promiscuous and specific recognition among ephrins and Eph receptors JO - Biochim Biophys Acta VL - 1844 UR - https://doi.org/10.1016/j.bbapap.2014.07.002 DO - 10.1016/j.bbapap.2014.07.002 ID - Dai2014 ER - TY - JOUR AU - Haramis, A. P. AU - Perrakis, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Selectivity and promiscuity in Eph receptors JO - Structure VL - 14 UR - https://doi.org/10.1016/j.str.2006.01.005 DO - 10.1016/j.str.2006.01.005 ID - Haramis2006 ER - TY - JOUR AU - Nikolov, D. AU - Li, C. AU - Lackmann, M. AU - Jeffrey, P. AU - Himanen, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Crystal structure of the human ephrin-A5 ectodomain JO - Protein Sci VL - 16 UR - https://doi.org/10.1110/ps.062665807 DO - 10.1110/ps.062665807 ID - Nikolov2007 ER - TY - JOUR AU - Toth, J. AU - Cutforth, T. AU - Gelinas, A. D. AU - Bethoney, K. A. AU - Bard, J. AU - Harrison, C. J. PY - 2001 DA - 2001// TI - Crystal structure of an ephrin ectodomain JO - Dev Cell VL - 1 UR - https://doi.org/10.1016/S1534-5807(01)00002-8 DO - 10.1016/S1534-5807(01)00002-8 ID - Toth2001 ER - TY - JOUR AU - Mellott, D. O. AU - Burke, R. D. PY - 2008 DA - 2008// TI - The molecular phylogeny of eph receptors and ephrin ligands JO - BMC Cell Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2121-9-27 DO - 10.1186/1471-2121-9-27 ID - Mellott2008 ER - TY - JOUR AU - Tischer, S. AU - Reineck, M. AU - Soding, J. AU - Munder, S. AU - Bottger, A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Eph receptors and ephrin class B ligands are expressed at tissue boundaries in Hydra vulgaris JO - Int J Deve Biol VL - 57 UR - https://doi.org/10.1387/ijdb.130158ab DO - 10.1387/ijdb.130158ab ID - Tischer2013 ER - TY - JOUR AU - Arredondo, S. A. AU - Cai, M. AU - Takayama, Y. AU - MacDonald, N. J. AU - Anderson, D. E. AU - Aravind, L. AU - Clore, G. M. AU - Miller, L. H. PY - 2012 DA - 2012// TI - Structure of the Plasmodium 6-cysteine s48/45 domain JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 109 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1204363109 DO - 10.1073/pnas.1204363109 ID - Arredondo2012 ER - TY - JOUR AU - He, X. L. AU - Grigg, M. E. AU - Boothroyd, J. C. AU - Garcia, K. C. PY - 2002 DA - 2002// TI - Structure of the immunodominant surface antigen from the toxoplasma gondii SRS superfamily JO - Nat Struct Biol VL - 9 ID - He2002 ER - TY - JOUR AU - Armougom, F. AU - Moretti, S. AU - Poirot, O. AU - Audic, S. AU - Dumas, P. AU - Schaeli, B. AU - Keduas, V. AU - Notredame, C. PY - 2006 DA - 2006// TI - Expresso: automatic incorporation of structural information in multiple sequence alignments using 3D-coffee JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl092 DO - 10.1093/nar/gkl092 ID - Armougom2006 ER - TY - JOUR AU - Crane, B. R. AU - Bilio, A. J. AU - Winkler, J. R. AU - Gray, H. B. PY - 2001 DA - 2001// TI - Electron tunneling in single crystals of Pseudomonas aeruginosa azurins JO - J Am Chem Soc VL - 123 UR - https://doi.org/10.1021/ja0115870 DO - 10.1021/ja0115870 ID - Crane2001 ER - TY - JOUR AU - Ichikawa, O. AU - Osawa, M. AU - Nishida, N. AU - Goshima, N. AU - Nomura, N. AU - Shimada, I. PY - 2007 DA - 2007// TI - Structural basis of the collagen-binding mode of discoidin domain receptor 2 JO - EMBO J VL - 26 UR - https://doi.org/10.1038/sj.emboj.7601833 DO - 10.1038/sj.emboj.7601833 ID - Ichikawa2007 ER - TY - JOUR AU - Truitt, L. AU - Freywald, A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Dancing with the dead: Eph receptors and their kinase-null partners JO - Biochem Cell Biol VL - 89 UR - https://doi.org/10.1139/O10-145 DO - 10.1139/O10-145 ID - Truitt2011 ER - TY - JOUR AU - Holmberg, J. AU - Clarke, D. L. AU - Frisen, J. PY - 2000 DA - 2000// TI - Regulation of repulsion versus adhesion by different splice forms of an Eph receptor JO - Nature VL - 408 UR - https://doi.org/10.1038/35041577 DO - 10.1038/35041577 ID - Holmberg2000 ER - TY - JOUR AU - Jaenicke, E. AU - Buchler, K. AU - Markl, J. AU - Decker, H. AU - Barends, T. R. PY - 2010 DA - 2010// TI - Cupredoxin-like domains in haemocyanins JO - Biochemical J VL - 426 UR - https://doi.org/10.1042/BJ20091501 DO - 10.1042/BJ20091501 ID - Jaenicke2010 ER - TY - JOUR AU - Chaudhari, A. AU - Mahfouz, M. AU - Fialho, A. M. AU - Yamada, T. AU - Granja, A. T. AU - Zhu, Y. AU - Hashimoto, W. AU - Schlarb-Ridley, B. AU - Cho, W. AU - Das Gupta, T. K. PY - 2007 DA - 2007// TI - Cupredoxin-cancer interrelationship: azurin binding with EphB2, interference in EphB2 tyrosine phosphorylation, and inhibition of cancer growth JO - Biochemistry VL - 46 UR - https://doi.org/10.1021/bi061661x DO - 10.1021/bi061661x ID - Chaudhari2007 ER - TY - JOUR AU - Drescher, U. PY - 2002 DA - 2002// TI - Eph family functions from an evolutionary perspective JO - Curr Opin Genet Dev VL - 12 UR - https://doi.org/10.1016/S0959-437X(02)00316-7 DO - 10.1016/S0959-437X(02)00316-7 ID - Drescher2002 ER - TY - JOUR AU - Jung, C. AU - Lee, C. Y. AU - Grigg, M. E. PY - 2004 DA - 2004// TI - The SRS superfamily of toxoplasma surface proteins JO - Int J Parasitol VL - 34 UR - https://doi.org/10.1016/j.ijpara.2003.12.004 DO - 10.1016/j.ijpara.2003.12.004 ID - Jung2004 ER - TY - JOUR AU - Deeudom, M. AU - Huston, W. AU - Moir, J. W. PY - 2015 DA - 2015// TI - Lipid-modified azurin of Neisseria meningitidis is a copper protein localized on the outer membrane surface and not regulated by FNR JO - Antonie Van Leeuwenhoek VL - 107 UR - https://doi.org/10.1007/s10482-015-0400-z DO - 10.1007/s10482-015-0400-z ID - Deeudom2015 ER - TY - JOUR AU - Lyons, J. A. AU - Aragao, D. AU - Slattery, O. AU - Pisliakov, A. V. AU - Soulimane, T. AU - Caffrey, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Structural insights into electron transfer in caa3-type cytochrome oxidase JO - Nature VL - 487 UR - https://doi.org/10.1038/nature11182 DO - 10.1038/nature11182 ID - Lyons2012 ER - TY - JOUR AU - Hohenester, E. PY - 2014 DA - 2014// TI - Signalling complexes at the cell-matrix interface JO - Curr Opin Struct Biol VL - 29 UR - https://doi.org/10.1016/j.sbi.2014.08.009 DO - 10.1016/j.sbi.2014.08.009 ID - Hohenester2014 ER - TY - JOUR AU - Villoutreix, B. O. AU - Miteva, M. A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Discoidin domains as emerging therapeutic targets JO - Trends Pharmacol Sci VL - 37 UR - https://doi.org/10.1016/j.tips.2016.06.003 DO - 10.1016/j.tips.2016.06.003 ID - Villoutreix2016 ER - TY - JOUR AU - Vogel, W. PY - 1999 DA - 1999// TI - Discoidin domain receptors: structural relations and functional implications JO - FASEB J VL - 13 UR - https://doi.org/10.1096/fasebj.13.9001.s77 DO - 10.1096/fasebj.13.9001.s77 ID - Vogel1999 ER - TY - JOUR AU - Nam, H. J. AU - Kim, I. AU - Bowie, J. U. AU - Kim, S. PY - 2015 DA - 2015// TI - Metazoans evolved by taking domains from soluble proteins to expand intercellular communication network JO - Sci Rep VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/srep09576 DO - 10.1038/srep09576 ID - Nam2015 ER - TY - JOUR AU - Rice, P. AU - Longden, I. AU - Bleasby, A. PY - 2000 DA - 2000// TI - EMBOSS: the European molecular biology open software suite JO - Trends Genet VL - 16 UR - https://doi.org/10.1016/S0168-9525(00)02024-2 DO - 10.1016/S0168-9525(00)02024-2 ID - Rice2000 ER - TY - JOUR AU - Fu, L. AU - Niu, B. AU - Zhu, Z. AU - Wu, S. AU - Li, W. PY - 2012 DA - 2012// TI - CD-HIT: accelerated for clustering the next-generation sequencing data JO - Bioinformatics VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts565 DO - 10.1093/bioinformatics/bts565 ID - Fu2012 ER - TY - JOUR AU - Katoh, K. AU - Standley, D. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - MAFFT multiple sequence alignment software version 7: improvements in performance and usability JO - Mol Biol Evol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/mst010 DO - 10.1093/molbev/mst010 ID - Katoh2013 ER - TY - JOUR AU - Quinlan, A. R. AU - Hall, I. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq033 DO - 10.1093/bioinformatics/btq033 ID - Quinlan2010 ER - TY - JOUR AU - Stamatakis, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - RAxML-VI-HPC: maximum likelihood-based phylogenetic analyses with thousands of taxa and mixed models JO - Bioinformatics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl446 DO - 10.1093/bioinformatics/btl446 ID - Stamatakis2006 ER - TY - JOUR AU - Nguyen, L. T. AU - Schmidt, H. A. AU - Haeseler, A. AU - Minh, B. Q. PY - 2015 DA - 2015// TI - IQ-TREE: a fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum-likelihood phylogenies JO - Mol Biol Evol VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msu300 DO - 10.1093/molbev/msu300 ID - Nguyen2015 ER - TY - JOUR AU - Kalyaanamoorthy, S. AU - Minh, B. Q. AU - Wong, T. K. F. AU - Haeseler, A. AU - Jermiin, L. S. PY - 2017 DA - 2017// TI - ModelFinder: fast model selection for accurate phylogenetic estimates JO - Nat Methods VL - 14 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.4285 DO - 10.1038/nmeth.4285 ID - Kalyaanamoorthy2017 ER - TY - JOUR AU - Hoang, D. T. AU - Chernomor, O. AU - Haeseler, A. AU - Minh, B. Q. AU - Vinh, L. S. PY - 2018 DA - 2018// TI - UFBoot2: improving the ultrafast bootstrap approximation JO - Mol Biol Evol VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msx281 DO - 10.1093/molbev/msx281 ID - Hoang2018 ER - TY - JOUR AU - Ronquist, F. AU - Huelsenbeck, J. P. PY - 2003 DA - 2003// TI - MrBayes 3: Bayesian phylogenetic inference under mixed models JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg180 DO - 10.1093/bioinformatics/btg180 ID - Ronquist2003 ER - TY - JOUR AU - Altekar, G. AU - Dwarkadas, S. AU - Huelsenbeck, J. P. AU - Ronquist, F. PY - 2004 DA - 2004// TI - Parallel Metropolis coupled Markov chain Monte Carlo for Bayesian phylogenetic inference JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg427 DO - 10.1093/bioinformatics/btg427 ID - Altekar2004 ER - TY - JOUR AU - Price, M. N. AU - Dehal, P. S. AU - Arkin, A. P. PY - 2010 DA - 2010// TI - FastTree 2--approximately maximum-likelihood trees for large alignments JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0009490 DO - 10.1371/journal.pone.0009490 ID - Price2010 ER - TY - JOUR AU - Hennerdal, A. AU - Elofsson, A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Rapid membrane protein topology prediction JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr119 DO - 10.1093/bioinformatics/btr119 ID - Hennerdal2011 ER - TY - JOUR AU - Pierleoni, A. AU - Martelli, P. L. AU - Casadio, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - PredGPI: a GPI-anchor predictor JO - BMC bioinformatics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-392 DO - 10.1186/1471-2105-9-392 ID - Pierleoni2008 ER - TY - JOUR AU - Fankhauser, N. AU - Maser, P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Identification of GPI anchor attachment signals by a Kohonen self-organizing map JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti299 DO - 10.1093/bioinformatics/bti299 ID - Fankhauser2005 ER -