TY - JOUR AU - King, R. A. AU - Tibble, A. L. AU - Symondson, W. O. C. PY - 2008 DA - 2008// TI - Opening a can of worms: unprecedented sympatric cryptic diversity within British lumbricid earthworms JO - Mol Ecol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-294X.2008.03931.x DO - 10.1111/j.1365-294X.2008.03931.x ID - King2008 ER - TY - JOUR AU - Novo, M. AU - Almodóvar, A. AU - Díaz Cosín, D. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - High genetic divergence of hormogastrid earthworms (Annelida, Oligochaeta) in the Central Iberian Peninsula: evolutionary and demographic implications JO - Zool Scripta VL - 38 UR - https://doi.org/10.1111/j.1463-6409.2009.00389.x DO - 10.1111/j.1463-6409.2009.00389.x ID - Novo2009 ER - TY - JOUR AU - Buckley, T. R. AU - James, S. AU - Allwood, J. AU - Bartlam, S. AU - Howitt, R. AU - Prada, D. PY - 2011 DA - 2011// TI - Phylogenetic analysis of New Zealand earthworms (Oligochaeta. Megascolecidae) reveals ancient clades and cryptic taxonomic diversity JO - Mol Phylogenet Evol VL - 58 UR - https://doi.org/10.1016/j.ympev.2010.09.024 DO - 10.1016/j.ympev.2010.09.024 ID - Buckley2011 ER - TY - JOUR AU - Porco, D. AU - Decaëns, T. AU - Deharveng, L. AU - James, S. W. AU - Skarzynski, D. AU - Erséus, C. AU - Butt, K. R. AU - Richard, B. AU - Hebert, P. D. N. PY - 2013 DA - 2013// TI - Biological invasions in soil. DNA barcoding as a monitoring tool in a multiple taxa survey targeting European earthworms and springtails in North America JO - Biol Inv VL - 15 UR - https://doi.org/10.1007/s10530-012-0338-2 DO - 10.1007/s10530-012-0338-2 ID - Porco2013 ER - TY - JOUR AU - Fernández, R. AU - Novo, M. AU - Marchan, D. F. AU - Diaz Cosin, D. J. PY - 2016 DA - 2016// TI - Diversification patterns in cosmopolitan earthworms: similar mode but different tempo JO - Mol Phylogenet Evol VL - 94 UR - https://doi.org/10.1016/j.ympev.2015.07.017 DO - 10.1016/j.ympev.2015.07.017 ID - Fernández2016 ER - TY - JOUR AU - James, S. W. AU - Porco, D. AU - Decaëns, T. AU - Richard, B. AU - Rougerie, R. PY - 2010 DA - 2010// TI - Erséus C. DNA barcoding reveals cryptic diversity in Lumbricus terrestris L., 1758 (Clitellata): resurrection of L. herculeus (Savigny, 1826) JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0015629 DO - 10.1371/journal.pone.0015629 ID - James2010 ER - TY - STD TI - Andre J, King RA, Stürzenbaum SR, Kille P, Hodson ME, Morgan AJ. Molecular genetic differentiation in earthworms inhabiting a heterogeneous Pb-polluted landscape. Env Pollut. 2010;158:883–90. ID - ref7 ER - TY - JOUR AU - Giska, I. AU - Sechi, P. AU - Babik, W. PY - 2015 DA - 2015// TI - Deeply divergent sympatric mitochondrial lineages of the earthworm Lumbricus rubellus are not reproductively isolated JO - BMC Evol Biol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/s12862-015-0488-9 DO - 10.1186/s12862-015-0488-9 ID - Giska2015 ER - TY - JOUR AU - Martinsson, S. AU - Rhodén, C. AU - Erséus, C. PY - 2017 DA - 2017// TI - Barcoding gap, but no support for cryptic speciation in the earthworm Aporrectodea longa (Clitellata. Lumbricidae) JO - Mitochondrial DNA VL - 28 UR - https://doi.org/10.3109/19401736.2015.1115487 DO - 10.3109/19401736.2015.1115487 ID - Martinsson2017 ER - TY - JOUR AU - Dupont, L. AU - Lazrek, F. AU - Porco, D. AU - King, R. A. AU - Rougerie, R. AU - Symondson, W. O. C. AU - Livet, A. AU - Richard, B. AU - Decaëns, T. AU - Butt, K. R. AU - Mathieu, J. PY - 2011 DA - 2011// TI - New insight into the genetic structure of the Allolobophora chlorotica aggregate in Europe using microsatellite and mitochondrial data JO - Pedobiologia VL - 54 UR - https://doi.org/10.1016/j.pedobi.2011.03.004 DO - 10.1016/j.pedobi.2011.03.004 ID - Dupont2011 ER - TY - JOUR AU - Shekhovtsov, S. V. AU - Golovanova, E. V. AU - Peltek, S. E. PY - 2014 DA - 2014// TI - Genetic diversity of the earthworm Octolasion tyrtaeum (Lumbricidae,Annelida) JO - Pedobiologia VL - 57 UR - https://doi.org/10.1016/j.pedobi.2014.09.002 DO - 10.1016/j.pedobi.2014.09.002 ID - Shekhovtsov2014 ER - TY - JOUR AU - Martinsson, S. AU - Erséus, C. PY - 2017 DA - 2017// TI - Cryptic speciation and limited hybridization within Lumbricus earthworms (Clitellata. Lumbricidae) JO - Mol Phylogenet Evol VL - 106 UR - https://doi.org/10.1016/j.ympev.2016.09.011 DO - 10.1016/j.ympev.2016.09.011 ID - Martinsson2017 ER - TY - JOUR AU - Viktorov, A. G. PY - 1997 DA - 1997// TI - Diversity of polyploid races in the family Lumbricidae JO - Soil Biol Biochem VL - 29 UR - https://doi.org/10.1016/S0038-0717(96)00086-7 DO - 10.1016/S0038-0717(96)00086-7 ID - Viktorov1997 ER - TY - JOUR AU - Vsevolodova-Perel, T. S. AU - Bulatova, N. S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Polyploid races of earthworms (Lumbricidae, Oligochaeta) in the east European plain and Siberia JO - Biol Bull VL - 35 UR - https://doi.org/10.1134/S1062359008040092 DO - 10.1134/S1062359008040092 ID - Vsevolodova-Perel2008 ER - TY - JOUR AU - Donnelly, R. K. AU - Harper, G. L. AU - Morgan, A. J. AU - Orozco-Terwengel, P. AU - Pinto-Juma, G. A. AU - Bruford, M. W. PY - 2013 DA - 2013// TI - Nuclear DNA recapitulates the cryptic mitochondrial lineages of Lumbricus rubellus and suggests the existence of cryptic species in an ecotoxological soil sentinel JO - Biol J Linn Soc VL - 110 UR - https://doi.org/10.1111/bij.12171 DO - 10.1111/bij.12171 ID - Donnelly2013 ER - TY - JOUR AU - Novo, M. AU - Fernández, R. AU - Andrade, S. C. AU - Marchán, D. F. AU - Cunha, L. AU - Díaz Cosín, D. J. PY - 2016 DA - 2016// TI - Phylogenomic analyses of a Mediterranean earthworm family (Annelida. Hormogastridae) JO - Mol Phylogenet Evol VL - 94 UR - https://doi.org/10.1016/j.ympev.2015.10.026 DO - 10.1016/j.ympev.2015.10.026 ID - Novo2016 ER - TY - JOUR AU - Novo, M. AU - Riesgo, A. AU - Fernandez-Guerra, A. AU - Giribet, G. PY - 2013 DA - 2013// TI - Pheromone evolution, reproductive genes, and comparative transcriptomics in Mediterranean earthworms (Annelida, Oligochaeta, Hormogastridae) JO - Mol Biol Evol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/mst074 DO - 10.1093/molbev/mst074 ID - Novo2013 ER - TY - JOUR AU - Anderson, F. E. AU - Williams, B. W. AU - Horn, K. M. AU - Erséus, C. AU - Halanych, K. M. AU - Santos, S. R. AU - James, S. W. PY - 2017 DA - 2017// TI - Phylogenomic analyses of Crassiclitellata support major northern and southern hemisphere clades and a Pangaean origin for earthworms JO - BMC Evol Biol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1186/s12862-017-0973-4 DO - 10.1186/s12862-017-0973-4 ID - Anderson2017 ER - TY - BOOK AU - Vsevolodova-Perel, T. S. PY - 1997 DA - 1997// TI - The earthworms of the fauna of Russia PB - Nauka CY - Moscow ID - Vsevolodova-Perel1997 ER - TY - JOUR AU - Vsevolodova-Perel, T. S. AU - Leirikh, A. N. PY - 2014 DA - 2014// TI - Distribution and ecology of the earthworm Eisenia nordenskioldi pallida (Oligochaeta, Lumbricidae) dominant in southern Siberia and the Russian Far East JO - Zool Zhurnal VL - 93 ID - Vsevolodova-Perel2014 ER - TY - JOUR AU - Shekhovtsov, S. V. AU - Golovanova, E. V. AU - Peltek, S. E. PY - 2013 DA - 2013// TI - Cryptic diversity within the Nordenskiold’s earthworm, Eisenia nordenskioldi subsp. nordenskioldi (Lumbricidae, Annelida) JO - Eur J Soil Biol VL - 58 UR - https://doi.org/10.1016/j.ejsobi.2013.05.004 DO - 10.1016/j.ejsobi.2013.05.004 ID - Shekhovtsov2013 ER - TY - JOUR AU - Shekhovtsov, S. V. AU - Berman, D. I. AU - Peltek, S. E. PY - 2015 DA - 2015// TI - Phylogeography of the earthworm Eisenia nordenskioldi nordenskioldi (Lumbricidae, Oligochaeta) in northeastern Eurasia JO - Dokl Biol Sci VL - 461 UR - https://doi.org/10.1134/S0012496615020039 DO - 10.1134/S0012496615020039 ID - Shekhovtsov2015 ER - TY - JOUR AU - Shekhovtsov, S. V. AU - Berman, D. I. AU - Bazarova, N. E. AU - Bulakhova, N. A. AU - Porco, D. AU - Peltek, S. E. PY - 2016 DA - 2016// TI - Cryptic genetic lineages in Eisenia nordenskioldi pallida (Oligochaeta, Lumbricidae) JO - Eur J Soil Biol VL - 75 UR - https://doi.org/10.1016/j.ejsobi.2016.06.004 DO - 10.1016/j.ejsobi.2016.06.004 ID - Shekhovtsov2016 ER - TY - JOUR AU - Shekhovtsov, S. V. AU - Golovanova, E. V. AU - Peltek, S. E. PY - 2016 DA - 2016// TI - Mitochondrial DNA variation in Eisenia n. nordenskioldi (Lumbricidae) in Europe and southern Urals JO - Mitochondrial DNA VL - 27 UR - https://doi.org/10.3109/19401736.2015.1101594 DO - 10.3109/19401736.2015.1101594 ID - Shekhovtsov2016 ER - TY - JOUR AU - Shekhovtsov, S. V. AU - Berman, D. I. AU - Bulakhova, N. A. AU - Vinokurov, N. N. AU - Peltek, S. E. PY - 2018 DA - 2018// TI - Phylogeography of Eisenia nordenskioldi nordenskioldi (Lumbricidae, Oligochaeta) from the north of Asia JO - Polar Biol VL - 41 UR - https://doi.org/10.1007/s00300-017-2184-2 DO - 10.1007/s00300-017-2184-2 ID - Shekhovtsov2018 ER - TY - JOUR AU - Hong, Y. AU - Csuzdi, C. PY - 2016 DA - 2016// TI - New data to the earthworm fauna of the Korean peninsula with redescription of Eisenia koreana (Zicsi) and remarks on the Eisenia nordenskioldi species group (Oligochaeta, Lumbricidae) JO - Zool Studies VL - 55 ID - Hong2016 ER - TY - JOUR AU - Folmer, O. AU - Black, M. AU - Hoeh, W. AU - Lutz, R. AU - Vrijenhoek, R. PY - 1994 DA - 1994// TI - DNA primers for amplification of mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I from diverse metazoan invertebrates JO - Mol marine biol Biotechnol VL - 3 ID - Folmer1994 ER - TY - JOUR AU - Bely, A. E. AU - Wray, G. A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Molecular phylogeny of naidid worms (Annelida. Clitellata) based on cytochrome oxidase I JO - Mol Phylogenet Evol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1016/S1055-7903(03)00180-5 DO - 10.1016/S1055-7903(03)00180-5 ID - Bely2004 ER - TY - JOUR AU - Grabherr, M. G. AU - Haas, B. J. AU - Yassour, M. AU - Levin, J. Z. AU - Thompson, D. A. AU - Amit, I. AU - Adiconis, X. AU - Fan, L. AU - Raychowdhury, R. AU - Zeng, Q. AU - Chen, Z. AU - Mauceli, E. AU - Hacohen, N. AU - Gnirke, A. AU - Rhind, N. AU - Palma, F. AU - Birren, B. W. AU - Nusbaum, C. AU - Lindblad-Toh, K. AU - Friedman, N. AU - Regev, A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Full-length transcriptome assembly from RNA-seq data without a reference genome JO - Nat Biotechnol VL - 29 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1883 DO - 10.1038/nbt.1883 ID - Grabherr2011 ER - TY - JOUR AU - Li, W. AU - Godzik, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Cd-hit: a fast program for clustering and comparing large sets of protein or nucleotide sequences JO - Bioinformatics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl158 DO - 10.1093/bioinformatics/btl158 ID - Li2006 ER - TY - JOUR AU - Ebersberger, I. AU - Strauss, S. AU - Haeseler, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - HaMStR: profile hidden markov model based search for orthologs in ESTs JO - BMC Evol Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2148-9-157 DO - 10.1186/1471-2148-9-157 ID - Ebersberger2009 ER - TY - JOUR AU - Lechner, M. AU - Findeiss, S. AU - Steiner, L. AU - Marz, M. AU - Stadler, P. F. AU - Prohaska, S. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Proteinortho: detection of (co-)orthologs in large-scale analysis JO - BMC Bioinformatics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-124 DO - 10.1186/1471-2105-12-124 ID - Lechner2011 ER - TY - JOUR AU - Katoh, K. AU - Standley, D. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - MAFFT multiple sequence alignment software version 7: improvements in performance and usability JO - Mol Biol Evol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/mst010 DO - 10.1093/molbev/mst010 ID - Katoh2013 ER - TY - JOUR AU - Capella-Gutiérrez, S. AU - Silla-Martínez, J. M. AU - Gabaldón, T. PY - 2009 DA - 2009// TI - TrimAl: a tool for automated alignment trimming in large-scale phylogenetic analyses JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp348 DO - 10.1093/bioinformatics/btp348 ID - Capella-Gutiérrez2009 ER - TY - JOUR AU - Kocot, K. M. AU - Citarella, M. R. AU - Moroz, L. L. AU - Halanych, K. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - PhyloTreePruner: a phylogenetic tree-based approach for selection of orthologous sequences for phylogenomics JO - Evol Bioinformatics Online VL - 9 ID - Kocot2013 ER - TY - JOUR AU - Price, M. N. AU - Dehal, P. S. AU - Arkin, A. P. PY - 2010 DA - 2010// TI - FastTree 2–approximately maximum-likelihood trees for large alignments JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0009490 DO - 10.1371/journal.pone.0009490 ID - Price2010 ER - TY - JOUR AU - Ronquist, F. AU - Teslenko, M. AU - Mark, P. AU - Ayres, D. L. AU - Darling, A. AU - Höhna, S. AU - Larget, B. AU - Liu, L. AU - Suchard, M. A. AU - Huelsenbeck, J. P. PY - 2012 DA - 2012// TI - MrBayes 3.2: efficient Bayesian phylogenetic inference and model choice across a large model space JO - Syst Biol VL - 61 UR - https://doi.org/10.1093/sysbio/sys029 DO - 10.1093/sysbio/sys029 ID - Ronquist2012 ER - TY - JOUR AU - Stamatakis, A. PY - 2014 DA - 2014// TI - RAxML version 8: a tool for phylogenetic analysis and post-analysis of large phylogenies JO - Bioinformatics VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu033 DO - 10.1093/bioinformatics/btu033 ID - Stamatakis2014 ER - TY - JOUR AU - Pop, A. A. AU - Cech, G. AU - Wink, M. AU - Csuzdi, C. AU - Pop, V. V. PY - 2007 DA - 2007// TI - Application of 16S, 18S rDNA and COI sequences in the molecular systematics of the earthworm family Lumbricidae (Annelida, Oligochaeta) JO - Eur J Soil Biol VL - 43 UR - https://doi.org/10.1016/j.ejsobi.2007.08.007 DO - 10.1016/j.ejsobi.2007.08.007 ID - Pop2007 ER - TY - JOUR AU - Pérez-Losada, M. AU - Breinholt, J. W. AU - Aira, M. AU - Domínguez, J. PY - 2015 DA - 2015// TI - An updated multilocus phylogeny of the Lumbricidae (Annelida: Clitellata: Oligochaeta) earthworms JO - J Phylogenet Evol Biol VL - 3 ID - Pérez-Losada2015 ER - TY - JOUR AU - Domínguez, J. AU - Aira, M. AU - Breinholt, J. W. AU - Stojanovic, M. AU - James, S. W. AU - Pérez-Losada, M. PY - 2015 DA - 2015// TI - Underground evolution: new roots for the old tree of lumbricid earthworms JO - Mol Phylogenet Evol VL - 83 UR - https://doi.org/10.1016/j.ympev.2014.10.024 DO - 10.1016/j.ympev.2014.10.024 ID - Domínguez2015 ER - TY - JOUR AU - Muldal, S. PY - 1952 DA - 1952// TI - The chromosomes of the earthworms. I. The evolution of polyploid JO - Heredity VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/hdy.1952.4 DO - 10.1038/hdy.1952.4 ID - Muldal1952 ER - TY - JOUR AU - Omodeo, P. PY - 1952 DA - 1952// TI - Cariologia dei Lumbricidae JO - Caryologia VL - 4 UR - https://doi.org/10.1080/00087114.1952.10797539 DO - 10.1080/00087114.1952.10797539 ID - Omodeo1952 ER - TY - JOUR AU - Shekhovtsov, S. V. AU - Berman, D. I. AU - Golovanova, E. V. AU - Peltek, S. E. PY - 2017 DA - 2017// TI - Genetic structure of the earthworm Eisenia nordenskioldi (Lumbricidae) JO - Vavilov J Genet Plant Breed VL - 21 ID - Shekhovtsov2017 ER - TY - JOUR AU - Bottani, S. AU - Zabet, N. R. AU - Wendel, J. F. AU - Veitia, R. A. PY - 2018 DA - 2018// TI - Gene expression dominance in allopolyploids: hypotheses and models JO - Trends Plant Sci VL - 23 UR - https://doi.org/10.1016/j.tplants.2018.01.002 DO - 10.1016/j.tplants.2018.01.002 ID - Bottani2018 ER -