Skip to main content

Table 1 Genome dynamics in defense systems relative to the dynamics in all genes

From: Reconstruction of the evolution of microbial defense systems

ATGC

Genera

(DS/N_DS) / (ALL/N_ALL)

Gain

Loss

Expansion

Reduction

All GDE

ATGC149

Acinetobacter

1.73

1.31

1.09

1.89

1.39

ATGC014

Bacillus

1.06

1.18

0.71

1.16

1.13

ATGC015

Bacillus

1.17

1.68

0.62

0.73

1.47

ATGC104

Bifidobacterium

1.22

1.31

0.59

0.43

1.22

ATGC105

Bifidobacterium

1.90

1.73

0.55

1.11

1.76

ATGC144

Borrelia

0.78

1.63

1.12

1.71

1.51

ATGC136

Brucella-Ochrobactrum

1.20

0.45

0.02

0.19

0.70

ATGC088

Burkholderia

1.76

0.76

1.18

0.78

0.91

ATGC089

Burkholderia

1.34

1.24

0.24

0.51

1.20

ATGC143

Campylobacter

1.16

1.92

1.37

1.99

1.77

ATGC044

Candidatus-Rickettsia

1.01

1.44

1.22

1.85

1.34

ATGC021

Chlamydia

0.20

0.68

0.01

0.82

0.65

ATGC022

Chlamydia-Chlamydophila

0.01

0.79

1.01

0.26

0.54

ATGC081

Clostridium

1.70

1.36

1.04

2.59

1.40

ATGC067

Corynebacterium

1.46

1.17

0.70

1.08

1.19

ATGC068

Corynebacterium

1.18

1.89

1.44

1.33

1.79

ATGC002

Enterobacter-Klebsiella

1.40

1.85

1.10

3.14

1.63

ATGC001

Enterobacteria

1.18

1.98

1.61

3.51

1.88

ATGC138

Francisella

1.46

1.63

0.59

2.86

1.59

ATGC050

Helicobacter

1.22

2.90

3.15

4.97

2.63

ATGC056

Lactobacillus

1.58

1.34

0.75

1.17

1.36

ATGC184

Legionella

2.13

1.75

1.19

1.92

1.78

ATGC108

Listeria

1.23

2.69

0.42

2.29

2.29

ATGC024

Mycobacterium

0.84

1.38

0.88

0.54

1.16

ATGC032

Mycoplasma

0.34

1.51

1.29

0.19

1.32

ATGC137

Neisseria

1.35

1.18

1.43

0.76

1.22

ATGC159

Propionibacterium

1.86

0.72

1.05

0.17

0.93

ATGC071

Pseudomonas

1.54

1.45

0.69

0.96

1.42

ATGC120

Shewanella

2.87

0.99

1.31

2.52

1.34

ATGC052

Staphylococcus

1.06

1.22

0.73

1.65

1.21

ATGC003

Streptococcus

1.11

1.02

2.03

0.68

1.05

ATGC004

Streptococcus

1.29

1.45

1.48

1.57

1.42

ATGC005

Streptococcus

1.36

1.64

0.69

1.54

1.49

ATGC093

Sulfolobus

0.96

1.66

1.55

1.62

1.55

ATGC134

Xanthomonas

1.11

2.19

1.43

3.01

1.71

ATGC127

Yersinia

1.29

1.38

1.20

1.21

1.34