Looking for adaptive footprints in the HSP90AA1 ovine gene

Salces-Ortiz, Judit; González, Carmen; Martínez, Marta; Mayoral, Tomás; Calvo, Jorge H; Serrano, M Magdalena

doi:10.1186/s12862-015-0280-x

BMC Ecology and Evolution

Table 2 Allele frequencies of the 11 polymorphisms located at the HSP90AA1 gene in the 31 sheep breeds studied

From: Looking for adaptive footprints in the HSP90AA1 ovine gene

			g.703_704del(2)A		g.667_668insC		g.666_667insC		g.660G > C		g.601A > C		g.528G > A		g.524G > T		g.522ª > G		g.516_517insG		g.468G > T		g.444A > G
Breed	ID breed	N	D	AA	I	D	I	D	G	C	A	C	G	A	G	T	A	G	I	D	G	T	A	G
Akkaraman	AKA	46	0.39	0.61	0.24	0.76	0.24	0.85	0.39	0.61	0.24	0.76	0.33	0.67	0.20	0.80	0.04	0.96	0.02	0.98	0.20	0.80	0.13	0.87
Kazakh Arkhar-Merino	ARME	36	0.36	0.64	0.25	0.75	0.08	0.83	0.31	0.69	0.08	0.92	0.28	0.72	0.08	0.92	0.00	1.00	0.19	0.81	0.08	0.92	0.14	0.86
Assaf	AS	60	0.10	0.90	0.40	0.60	0.15	0.85	0.10	0.90	0.28	0.72	0.10	0.90	0.28	0.72	0.00	1.00	0.00	1.00	0.28	0.72	0.12	0.88
Awassi	AW	60	0.15	0.85	0.27	0.73	0.00	1.00	0.13	0.87	0.42	0.58	0.13	0.87	0.42	0.58	0.00	1.00	0.00	1.00	0.42	0.58	0.02	0.98
Bajdarak	BAJ	44	0.52	0.48	0.07	0.93	0.00	1.00	0.45	0.55	0.18	0.82	0.34	0.66	0.18	0.82	0.07	0.93	0.02	0.98	0.16	0.84	0.09	0.91
Bni Guil	BNI	54	0.43	0.57	0.19	0.81	0.24	0.85	0.43	0.57	0.11	0.89	0.35	0.65	0.07	0.93	0.06	0.94	0.07	0.93	0.13	0.87	0.17	0.83
Boujaad	BOUJ	48	0.46	0.54	0.23	0.77	0.13	0.94	0.46	0.54	0.13	0.88	0.25	0.75	0.13	0.88	0.06	0.94	0.10	0.90	0.13	0.88	0.08	0.92
Bozakh	BOZ	48	0.48	0.52	0.23	0.77	0.17	0.85	0.48	0.52	0.10	0.90	0.40	0.60	0.10	0.90	0.00	1.00	0.04	0.96	0.10	0.90	0.13	0.88
Caucasian	CAUC	50	0.36	0.64	0.20	0.80	0.06	0.88	0.32	0.68	0.10	0.90	0.30	0.70	0.06	0.94	0.00	1.00	0.28	0.72	0.10	0.90	0.12	0.88
Churra	Ch	46	0.26	0.74	0.24	0.76	0.28	0.83	0.26	0.74	0.13	0.87	0.26	0.74	0.13	0.87	0.11	0.89	0.15	0.85	0.13	0.87	0.22	0.78
Churra Lebrijana	Cl	52	0.21	0.79	0.60	0.40	0.00	1.00	0.19	0.81	0.06	0.94	0.19	0.81	0.08	0.92	0.00	1.00	0.02	0.98	0.08	0.92	0.02	0.98
Churra Tensina	Ct	66	0.42	0.58	0.09	0.91	0.00	1.00	0.36	0.64	0.03	0.97	0.36	0.64	0.02	0.98	0.00	1.00	0.32	0.68	0.02	0.98	0.02	0.98
Daglic	DGL	48	0.63	0.38	0.04	0.96	0.00	1.00	0.63	0.38	0.19	0.81	0.63	0.38	0.19	0.81	0.00	1.00	0.02	0.98	0.19	0.81	0.00	1.00
Kazakh Edilbai	EDIL	60	0.95	0.05	0.02	0.98	0.00	1.00	0.67	0.33	0.02	0.98	0.62	0.38	0.02	0.98	0.02	0.98	0.05	0.95	0.02	0.98	0.00	1.00
Ivesi	IV	30	0.47	0.53	0.13	0.87	0.10	0.90	0.47	0.53	0.30	0.70	0.30	0.70	0.30	0.70	0.03	0.97	0.00	1.00	0.30	0.70	0.10	0.90
Russian Karakul	KAR	30	0.63	0.37	0.00	1.00	0.00	1.00	0.60	0.40	0.30	0.70	0.63	0.37	0.30	0.70	0.00	1.00	0.00	1.00	0.33	0.67	0.00	1.00
Moldavian Karakul	KARM	30	0.87	0.13	0.07	0.93	0.00	1.00	0.63	0.37	0.20	0.80	0.60	0.40	0.20	0.80	0.00	1.00	0.03	0.97	0.20	0.80	0.03	0.67
Karabakh	KRB	48	0.58	0.42	0.21	0.79	0.08	0.96	0.58	0.42	0.08	0.92	0.48	0.52	0.08	0.92	0.04	0.96	0.00	1.00	0.13	0.88	0.13	0.88
Karachai	KRC	56	0.63	0.38	0.13	0.88	0.09	0.93	0.55	0.45	0.14	0.86	0.55	0.45	0.14	0.86	0.02	0.98	0.02	0.98	0.14	0.86	0.09	0.91
Karayaka	KRY	44	0.27	0.73	0.09	0.91	0.07	0.93	0.27	0.73	0.25	0.75	0.23	0.77	0.23	0.77	0.02	0.98	0.14	0.86	0.27	0.73	0.07	0.93
Kivircik	KVR	32	0.25	0.75	0.44	0.56	0.13	0.94	0.25	0.75	0.09	0.91	0.22	0.78	0.06	0.94	0.00	1.00	0.03	0.97	0.09	0.91	0.09	0.91
Finnsheep	L	60	0.42	0.58	0.28	0.72	0.42	0.72	0.42	0.58	0.05	0.95	0.33	0.67	0.05	0.95	0.00	1.00	0.02	0.98	0.05	0.95	0.28	0.72
Latxa	LX	82	0.28	0.72	0.24	0.76	0.37	0.82	0.11	0.89	0.15	0.85	0.10	0.90	0.15	0.85	0.00	1.00	0.21	0.79	0.15	0.85	0.23	0.77
D’Man	MAN	52	0.31	0.69	0.04	0.96	0.08	0.96	0.29	0.71	0.27	0.73	0.02	0.98	0.23	0.77	0.00	1.00	0.21	0.79	0.27	0.73	0.31	0.69
Spanish Merino	ME	58	0.33	0.67	0.31	0.69	0.12	0.91	0.28	0.72	0.07	0.93	0.14	0.86	0.07	0.93	0.05	0.95	0.09	0.91	0.07	0.93	0.24	0.76
Manchega	MNCH	120	0.32	0.68	0.23	0.78	0.07	0.97	0.32	0.68	0.17	0.83	0.30	0.70	0.16	0.84	0.02	0.98	0.18	0.82	0.16	0.84	0.05	0.95
Olkuska	OL	60	0.33	0.67	0.28	0.72	0.40	0.75	0.33	0.67	0.00	1.00	0.33	0.67	0.00	1.00	0.00	1.00	0.08	0.92	0.00	1.00	0.28	0.72
Pramenka	PRAM	58	0.33	0.67	0.34	0.66	0.40	0.72	0.33	0.67	0.16	0.84	0.31	0.69	0.16	0.84	0.00	1.00	0.05	0.95	0.16	0.84	0.28	0.72
Rasa Aragonesa	RA	84	0.21	0.79	0.27	0.73	0.11	0.89	0.20	0.80	0.11	0.89	0.17	0.83	0.11	0.89	0.05	0.95	0.20	0.80	0.11	0.89	0.14	0.86
Sakiz	SZ	52	0.23	0.77	0.38	0.62	0.00	1.00	0.23	0.77	0.06	0.94	0.15	0.85	0.06	0.94	0.00	1.00	0.00	1.00	0.04	0.96	0.00	1.00
Valle del Belice	VdB	58	0.41	0.59	0.19	0.81	0.09	0.88	0.38	0.62	0.00	1.00	0.29	0.71	0.02	0.98	0.00	1.00	0.19	0.81	0.02	0.98	0.14	0.86

Back to article page

ISSN: 2730-7182

Contact us

General enquiries: journalsubmissions@springernature.com