TY - JOUR AU - Muller, H. J. PY - 1914 DA - 1914// TI - A gene for the fourth chromosome of drosophila JO - J Exp Zool VL - 17 UR - https://doi.org/10.1002/jez.1400170303 DO - 10.1002/jez.1400170303 ID - Muller1914 ER - TY - JOUR AU - Pessia, E. AU - Makino, T. AU - Bailly-Bechet, M. AU - McLysagh, A. AU - Marias, A. B. G. PY - 2012 DA - 2012// TI - Mammalian X chromosome inactivation evolved as a dosage-compensation mechanism for dosage-sensitive genes on the X chromosome JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 109 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1116763109 DO - 10.1073/pnas.1116763109 ID - Pessia2012 ER - TY - BOOK AU - Ohno, S. PY - 1967 DA - 1967// TI - Sex Chromosomes and Sex Linked Genes PB - Springer CY - Berlin UR - https://doi.org/10.1007/978-3-642-88178-7 DO - 10.1007/978-3-642-88178-7 ID - Ohno1967 ER - TY - JOUR AU - Lyon, M. F. PY - 1961 DA - 1961// TI - Gene action in the X-chromosome of the mouse (Mus musculus L.) JO - Nature VL - 190 UR - https://doi.org/10.1038/190372a0 DO - 10.1038/190372a0 ID - Lyon1961 ER - TY - JOUR AU - Brown, C. J. AU - Ballabio, A. AU - Rupert, J. L. AU - Lafreniere, R. G. AU - Grompe, M. AU - Tonlorenzi, R. AU - Willard, H. F. PY - 1991 DA - 1991// TI - A gene from the region of the human X inactivation centre is expressed exclusively from the inactive X chromosome JO - Nature VL - 349 UR - https://doi.org/10.1038/349038a0 DO - 10.1038/349038a0 ID - Brown1991 ER - TY - JOUR AU - Heard, E. AU - Clerc, P. AU - Avner, P. PY - 1997 DA - 1997// TI - X-chromosome inactivation in mammals JO - Annu Rev Genet VL - 31 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.genet.31.1.571 DO - 10.1146/annurev.genet.31.1.571 ID - Heard1997 ER - TY - JOUR AU - Carrel, L. AU - Willard, H. F. PY - 2005 DA - 2005// TI - X-inactivation profile reveals extensive variability in X-linked gene expression in females JO - Nature VL - 434 UR - https://doi.org/10.1038/nature03479 DO - 10.1038/nature03479 ID - Carrel2005 ER - TY - JOUR AU - Johnston, C. M. AU - Lovell, F. L. AU - Leongamornlert, D. A. AU - Stranger, B. E. AU - Dermitzakis, E. T. AU - Ross, M. T. PY - 2008 DA - 2008// TI - Large-scale population study of human cell lines indicates that dosage compensation is virtually complete JO - PLoS Genet VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.0040009 DO - 10.1371/journal.pgen.0040009 ID - Johnston2008 ER - TY - JOUR AU - Wang, X. AU - Miller, D. C. AU - Clark, A. G. AU - Antczak, D. F. PY - 2012 DA - 2012// TI - Random X inactivation in the mule and horse placenta JO - Genome Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1101/gr.138487.112 DO - 10.1101/gr.138487.112 ID - Wang2012 ER - TY - JOUR AU - Payer, B. AU - Lee, J. T. PY - 2008 DA - 2008// TI - X chromosome dosage compensation: how mammals keep the balance JO - Annu Rev Genet VL - 42 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.genet.42.110807.091711 DO - 10.1146/annurev.genet.42.110807.091711 ID - Payer2008 ER - TY - JOUR AU - de Mello JC, M. AU - de Araujo, E. S. AU - Stabellini, R. AU - Fraga, A. M. AU - de Souza, J. E. AU - Sumita, D. R. AU - Camargo, A. A. AU - Pereira, L. V. PY - 2010 DA - 2010// TI - Random X inactivation and extensive mosaicism in human placenta revealed by analysis of allele-specific gene expression along the X chromosome JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0010947 DO - 10.1371/journal.pone.0010947 ID - de Mello JC2010 ER - TY - JOUR AU - Okamoto, I. AU - Patrat, C. AU - Thepot, D. AU - Peynot, N. AU - Fauque, P. AU - Daniel, N. AU - Diabangouaya, P. AU - Wolf, J. P. AU - Renard, J. P. AU - Duranthon, V. AU - Heard, E. PY - 2011 DA - 2011// TI - Eutherian mammals use diverse strategies to initiate X-chromosome inactivation during development JO - Nature VL - 472 UR - https://doi.org/10.1038/nature09872 DO - 10.1038/nature09872 ID - Okamoto2011 ER - TY - JOUR AU - Waters, P. D. AU - Ruiz-Herrera, A. AU - Dobigny, G. AU - Garcia Caldes, M. AU - Robinson, T. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Sex chromosomes of basal placental mammals JO - Chromosoma VL - 116 UR - https://doi.org/10.1007/s00412-007-0116-6 DO - 10.1007/s00412-007-0116-6 ID - Waters2007 ER - TY - JOUR AU - Waters, P. D. AU - Dobigny, G. AU - Pardini, A. T. AU - Robinson, T. J. PY - 2004 DA - 2004// TI - LINE-1 distribution in Afrotheria and Xenarthra: implications for understanding the evolution of LINE-1 in eutherian genomes JO - Chromosoma VL - 113 UR - https://doi.org/10.1007/s00412-004-0301-9 DO - 10.1007/s00412-004-0301-9 ID - Waters2004 ER - TY - JOUR AU - Bell, R. J. AU - Lees, G. E. AU - Murphy, K. E. PY - 2008 DA - 2008// TI - X chromosome inactivation patterns in normal and X-linked hereditary nephropathy carrier dogs JO - Cytogenet Genome Res VL - 122 UR - https://doi.org/10.1159/000151314 DO - 10.1159/000151314 ID - Bell2008 ER - TY - JOUR AU - Graves, J. A. AU - Watson, J. M. PY - 1991 DA - 1991// TI - Mammalian sex chromosomes: evolution of organization and function JO - Chromosoma VL - 101 UR - https://doi.org/10.1007/BF00357055 DO - 10.1007/BF00357055 ID - Graves1991 ER - TY - JOUR AU - Cooper, D. W. AU - Johnston, P. G. AU - Vandeberg, J. L. AU - Robinson, E. S. PY - 1990 DA - 1990// TI - X-Chromosome Inactivation in Marsupials JO - Aust J Zool VL - 37 ID - Cooper1990 ER - TY - JOUR AU - Mahadevaiah, S. K. AU - Royo, H. AU - VandeBerg, J. L. AU - McCarrey, J. R. AU - Mackay, S. AU - Turner, J. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Key features of the X inactivation process are conserved between marsupials and eutherians JO - Curr Biol: CB VL - 19 UR - https://doi.org/10.1016/j.cub.2009.07.041 DO - 10.1016/j.cub.2009.07.041 ID - Mahadevaiah2009 ER - TY - JOUR AU - Chaumeil, J. AU - Waters, P. D. AU - Koina, E. AU - Gilbert, C. AU - Robinson, T. J. AU - Graves, J. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Evolution from XIST-independent to XIST-controlled X-chromosome inactivation: epigenetic modifications in distantly related mammals JO - PLoS One VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0019040 DO - 10.1371/journal.pone.0019040 ID - Chaumeil2011 ER - TY - JOUR AU - Rens, W. AU - Wallduck, M. S. AU - Lovell, F. L. AU - Ferguson-Smith, M. A. AU - Ferguson-Smith, A. C. PY - 2010 DA - 2010// TI - Epigenetic modifications on X chromosomes in marsupial and monotreme mammals and implications for evolution of dosage compensation JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 107 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0910322107 DO - 10.1073/pnas.0910322107 ID - Rens2010 ER - TY - JOUR AU - Hore, T. A. AU - Koina, E. AU - Wakefield, M. J. AU - Marshall Graves, J. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - The region homologous to the X-chromosome inactivation centre has been disrupted in marsupial and monotreme mammals JO - Chromosome Res VL - 15 UR - https://doi.org/10.1007/s10577-007-1119-0 DO - 10.1007/s10577-007-1119-0 ID - Hore2007 ER - TY - JOUR AU - Shevchenko, A. I. AU - Zakharova, I. S. AU - Elisaphenko, E. A. AU - Kolesnikov, N. N. AU - Whitehead, S. AU - Bird, C. AU - Ross, M. AU - Weidman, J. R. AU - Jirtle, R. L. AU - Karamysheva, T. V. AU - Rubtsov, N. B. AU - VandeBerg, J. L. AU - Mazurok, N. A. AU - Nesterova, T. B. AU - Brockdorff, N. AU - Zakian, S. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genes flanking Xist in mouse and human are separated on the X chromosome in American marsupials JO - Chromosome Res VL - 15 UR - https://doi.org/10.1007/s10577-006-1115-9 DO - 10.1007/s10577-006-1115-9 ID - Shevchenko2007 ER - TY - JOUR AU - Davidow, L. S. AU - Breen, M. AU - Duke, S. E. AU - Samollow, P. B. AU - McCarrey, J. R. AU - Lee, J. T. PY - 2007 DA - 2007// TI - The search for a marsupial XIC reveals a break with vertebrate synteny JO - Chromosome Res VL - 15 UR - https://doi.org/10.1007/s10577-007-1121-6 DO - 10.1007/s10577-007-1121-6 ID - Davidow2007 ER - TY - JOUR AU - Duret, L. AU - Chureau, C. AU - Samain, S. AU - Weissenbach, J. AU - Avner, P. PY - 2006 DA - 2006// TI - The Xist RNA gene evolved in eutherians by pseudogenization of a protein-coding gene JO - Science VL - 312 UR - https://doi.org/10.1126/science.1126316 DO - 10.1126/science.1126316 ID - Duret2006 ER - TY - JOUR AU - Grant, J. AU - Mahadevaiah, S. K. AU - Khil, P. AU - Sangrithi, M. N. AU - Royo, H. AU - Duckworth, J. AU - McCarrey, J. R. AU - VandeBerg, J. L. AU - Renfree, M. B. AU - Taylor, W. AU - Elgar, G. AU - Camerini-Otero, R. D. AU - Gilchrist, M. J. AU - Turner, J. M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Rsx is a metatherian RNA with Xist-like properties in X-chromosome inactivation JO - Nature VL - 487 UR - https://doi.org/10.1038/nature11171 DO - 10.1038/nature11171 ID - Grant2012 ER - TY - JOUR AU - Johnston, P. G. AU - Sharman, G. B. PY - 1975 DA - 1975// TI - Studies on metatherian sex chromosomes. I. Inheritance and inactivation of sex-linked allelic genes determining glucose-6-phosphate dehydrogenase variation in kangaroos JO - Aust J Biol Sci VL - 28 ID - Johnston1975 ER - TY - JOUR AU - Samollow, P. B. AU - Ford, A. L. AU - VandeBerg, J. L. PY - 1987 DA - 1987// TI - X-linked gene expression in the Virginia opossum: differences between the paternally derived Gpd and Pgk-A loci JO - Genetics VL - 115 ID - Samollow1987 ER - TY - JOUR AU - Cooper, D. W. AU - Edwards, C. AU - James, E. AU - Sharman, G. B. AU - Vandeberg, J. L. AU - Marshall Graves, J. A. PY - 1977 DA - 1977// TI - Studies on metatherian sex chromosomes VI. A third state of an X-linked gene: partial activity for the paternally derived Pgk-A allele in cultured fibroblasts of Macropus giganteus and M. parryi JO - Aust J Biol Sci VL - 30 ID - Cooper1977 ER - TY - JOUR AU - Cooper, D. W. AU - Woolley, P. A. AU - Maynes, G. M. AU - Sherman, F. S. AU - Poole, W. E. PY - 1983 DA - 1983// TI - Studies on metatherian sex chromosomes. XII. Sex-linked inheritance and probable paternal X-inactivation of alpha-galactosidase A in Australian marsupials JO - Aust J Biol Sci VL - 36 ID - Cooper1983 ER - TY - JOUR AU - Graves, J. A. AU - Dawson, G. W. PY - 1988 DA - 1988// TI - The relationship between position and expression of genes on the kangaroo X chromosome suggests a tissue-specific spread of inactivation from a single control site JO - Genet Res VL - 51 UR - https://doi.org/10.1017/S0016672300024113 DO - 10.1017/S0016672300024113 ID - Graves1988 ER - TY - JOUR AU - Wake, N. AU - Takagi, N. AU - Sasaki, M. PY - 1976 DA - 1976// TI - Non-random inactivation of X chromosome in the rat yolk sac JO - Nature VL - 262 UR - https://doi.org/10.1038/262580a0 DO - 10.1038/262580a0 ID - Wake1976 ER - TY - JOUR AU - West, J. D. AU - Papaioannou, V. E. AU - Frels, W. I. AU - Chapman, V. M. PY - 1978 DA - 1978// TI - Preferential expression of the maternally derived X chromosome in extraembryonic tissues of the mouse JO - Basic Life Sci VL - 12 ID - West1978 ER - TY - JOUR AU - Dindot, S. V. AU - Kent, K. C. AU - Evers, B. AU - Loskutoff, N. AU - Womack, J. AU - Piedrahita, J. A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Conservation of genomic imprinting at the XIST, IGF2, and GTL2 loci in the bovine JO - Mamm Genome VL - 15 UR - https://doi.org/10.1007/s00335-004-2407-z DO - 10.1007/s00335-004-2407-z ID - Dindot2004 ER - TY - JOUR AU - Wang, X. AU - Douglas, K. C. AU - Vandeberg, J. L. AU - Clark, A. G. AU - Samollow, P. B. PY - 2014 DA - 2014// TI - Chromosome-wide profiling of X-chromosome inactivation and epigenetic states in fetal brain and placenta of the opossum, Monodelphis domestica JO - Genome Res VL - 24 UR - https://doi.org/10.1101/gr.161919.113 DO - 10.1101/gr.161919.113 ID - Wang2014 ER - TY - JOUR AU - Yang, F. AU - Babak, T. AU - Shendure, J. AU - Disteche, C. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Global survey of escape from X inactivation by RNA-sequencing in mouse JO - Genome Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1101/gr.103200.109 DO - 10.1101/gr.103200.109 ID - Yang2010 ER - TY - JOUR AU - Cortez, D. AU - Marin, R. AU - Toledo-Flores, D. AU - Froidevaux, L. AU - Liechti, A. AU - Waters, P. D. AU - Grutzner, F. AU - Kaessmann, H. PY - 2014 DA - 2014// TI - Origins and functional evolution of Y chromosomes across mammals JO - Nature VL - 508 UR - https://doi.org/10.1038/nature13151 DO - 10.1038/nature13151 ID - Cortez2014 ER - TY - JOUR AU - Renfree, M. B. AU - Papenfuss, A. T. AU - Deakin, J. E. AU - Lindsay, J. AU - Heider, T. AU - Belov, K. AU - Rens, W. AU - Waters, P. D. AU - Pharo, E. A. AU - Shaw, G. AU - Wong, E. S. AU - Lefèvre, C. M. AU - Nicholas, K. R. AU - Kuroki, Y. AU - Wakefield, M. J. AU - Zenger, K. R. AU - Wang, C. AU - Ferguson-Smith, M. AU - Nicholas, F. W. AU - Hickford, D. AU - Yu, H. AU - Short, K. R. AU - Siddle, H. V. AU - Frankenberg, S. R. AU - Chew, K. Y. AU - Menzies, B. R. AU - Stringer, J. M. AU - Suzuki, S. AU - Hore, T. A. AU - Delbridge, M. L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Genome sequence of an Australian kangaroo, Macropus eugenii, provides insight into the evolution of mammalian reproduction and development JO - Genome Biol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2011-12-8-r81 DO - 10.1186/gb-2011-12-8-r81 ID - Renfree2011 ER - TY - JOUR AU - Murtagh, V. J. AU - O’Meally, D. AU - Sankovic, N. AU - Delbridge, M. L. AU - Kuroki, Y. AU - Boore, J. L. AU - Toyoda, A. AU - Jordan, K. S. AU - Pask, A. J. AU - Renfree, M. B. AU - Fujiyama, A. AU - Graves, J. A. AU - Waters, P. D. PY - 2012 DA - 2012// TI - Evolutionary history of novel genes on the tammar wallaby Y chromosome: Implications for sex chromosome evolution JO - Genome Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1101/gr.120790.111 DO - 10.1101/gr.120790.111 ID - Murtagh2012 ER - TY - JOUR AU - Al Nadaf, S. AU - Waters, P. D. AU - Koina, E. AU - Deakin, J. E. AU - Jordan, K. S. AU - Graves, J. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Activity map of the tammar X chromosome shows that marsupial X inactivation is incomplete and escape is stochastic JO - Genome Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2010-11-12-r122 DO - 10.1186/gb-2010-11-12-r122 ID - Al Nadaf2010 ER - TY - JOUR AU - Deakin, J. E. AU - Koina, E. AU - Waters, P. D. AU - Doherty, R. AU - Patel, V. S. AU - Delbridge, M. L. AU - Dobson, B. AU - Fong, J. AU - Hu, Y. AU - van den Hurk, C. AU - Pask, A. J. AU - Shaw, G. AU - Smith, C. AU - Thompson, K. AU - Wakefield, M. J. AU - Yu, H. AU - Renfree, M. B. AU - Graves, J. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Physical map of two tammar wallaby chromosomes: a strategy for mapping in non-model mammals JO - Chromosome Res VL - 16 UR - https://doi.org/10.1007/s10577-008-1266-y DO - 10.1007/s10577-008-1266-y ID - Deakin2008 ER - TY - STD TI - Blankenberg D, Von Kuster G, Coraor N, Ananda G, Lazarus R, Mangan M, Nekrutenko A, Taylor J: Galaxy: a web-based genome analysis tool for experimentalists. Curr Protoc Mol Biol 2010, 0 19:Unit-19.1021. ID - ref41 ER - TY - JOUR AU - Langmead, B. AU - Trapnell, C. AU - Pop, M. AU - Salzberg, S. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome JO - Genome Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2009-10-3-r25 DO - 10.1186/gb-2009-10-3-r25 ID - Langmead2009 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Handsaker, B. AU - Wysoker, A. AU - Fennell, T. AU - Ruan, J. AU - Homer, N. AU - Marth, G. AU - Abecasis, G. AU - Durbin, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - The Sequence Alignment/Map format and SAMtools JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp352 DO - 10.1093/bioinformatics/btp352 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Thorvaldsdottir, H. AU - Robinson, J. T. AU - Mesirov, J. P. PY - 2013 DA - 2013// TI - Integrative Genomics Viewer (IGV): high-performance genomics data visualization and exploration JO - Brief Bioinform VL - 14 UR - https://doi.org/10.1093/bib/bbs017 DO - 10.1093/bib/bbs017 ID - Thorvaldsdottir2013 ER - TY - JOUR AU - Koboldt, D. C. AU - Chen, K. AU - Wylie, T. AU - Larson, D. E. AU - McLellan, M. D. AU - Mardis, E. R. AU - Weinstock, G. M. AU - Wilson, R. K. AU - Ding, L. PY - 2009 DA - 2009// TI - VarScan: variant detection in massively parallel sequencing of individual and pooled samples JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp373 DO - 10.1093/bioinformatics/btp373 ID - Koboldt2009 ER - TY - JOUR AU - Untergasser, A. AU - Cutcutache, I. AU - Koressaar, T. AU - Ye, J. AU - Faircloth, B. C. AU - Remm, M. AU - Rozen, S. G. PY - 2012 DA - 2012// TI - Primer3–new capabilities and interfaces JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks596 DO - 10.1093/nar/gks596 ID - Untergasser2012 ER -