TY - BOOK AU - Ohno, S. PY - 1970 DA - 1970// TI - Evolution by Gene and Genome duplication PB - Springer CY - Berlin UR - https://doi.org/10.1007/978-3-642-86659-3 DO - 10.1007/978-3-642-86659-3 ID - Ohno1970 ER - TY - JOUR PY - 2000 DA - 2000// TI - Analysis of the genome sequence of the flowering plant Arabidopsis thaliana JO - Nature VL - 408 UR - https://doi.org/10.1038/35048692 DO - 10.1038/35048692 ID - ref2 ER - TY - JOUR AU - Tuskan, G. A. AU - Difazio, S. AU - Jansson, S. AU - Bohlmann, J. AU - Grigoriev, I. AU - Hellsten, U. AU - Putnam, N. AU - Ralph, S. AU - Rombauts, S. AU - Salamov, A. AU - Schein, J. AU - Sterck, L. AU - Aerts, A. AU - Bhalerao, R. R. AU - Bhalerao, R. P. AU - Blaudez, D. AU - Boerjan, W. AU - Brun, A. AU - Brunner, A. AU - Busov, V. AU - Campbell, M. AU - Carlson, J. AU - Chalot, M. AU - Chapman, J. AU - Chen, G. L. AU - Cooper, D. AU - Coutinho, P. M. AU - Couturier, J. AU - Covert, S. AU - Cronk, Q. PY - 2006 DA - 2006// TI - The genome of black cottonwood, Populus trichocarpa(Torr. & Gray) JO - Science VL - 313 UR - https://doi.org/10.1126/science.1128691 DO - 10.1126/science.1128691 ID - Tuskan2006 ER - TY - JOUR AU - Jaillon, O. AU - Aury, J. M. AU - Noel, B. AU - Policriti, A. AU - Clepet, C. AU - Casagrande, A. AU - Choisne, N. AU - Aubourg, S. AU - Vitulo, N. AU - Jubin, C. AU - Vezzi, A. AU - Legeai, F. AU - Hugueney, P. AU - Dasilva, C. AU - Horner, D. AU - Mica, E. AU - Jublot, D. AU - Poulain, J. AU - Bruyère, C. AU - Billault, A. AU - Segurens, B. AU - Gouyvenoux, M. AU - Ugarte, E. AU - Cattonaro, F. AU - Anthouard, V. AU - Vico, V. AU - Del Fabbro, C. AU - Alaux, M. AU - Di Gaspero, G. AU - Dumas, V. PY - 2007 DA - 2007// TI - The grapevine genome sequence suggests ancestral hexaploidization in major angiosperm phyla JO - Nature VL - 449 UR - https://doi.org/10.1038/nature06148 DO - 10.1038/nature06148 ID - Jaillon2007 ER - TY - JOUR PY - 2005 DA - 2005// TI - The map-based sequence of the rice genome JO - Nature VL - 436 UR - https://doi.org/10.1038/nature03895 DO - 10.1038/nature03895 ID - ref5 ER - TY - JOUR AU - Adams, K. L. AU - Wendel, J. F. PY - 2005 DA - 2005// TI - Polyploidy and genome evolution in plants JO - Curr Opin Plant Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1016/j.pbi.2005.01.001 DO - 10.1016/j.pbi.2005.01.001 ID - Adams2005 ER - TY - JOUR AU - Lin, H. AU - Ouyang, S. AU - Egan, A. AU - Nobuta, K. AU - Haas, B. J. AU - Zhu, W. AU - Gu, X. AU - Silva, J. C. AU - Meyers, B. C. AU - Buell, C. R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Characterization of paralogous protein families in rice JO - BMC Plant Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2229-8-18 DO - 10.1186/1471-2229-8-18 ID - Lin2008 ER - TY - JOUR AU - Wu, Y. AU - Zhu, Z. AU - Ma, L. AU - Chen, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - The preferential retention of starch synthesis genes reveals the impact of whole-genome duplication on grass evolution JO - Mol Biol Evol VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msn052 DO - 10.1093/molbev/msn052 ID - Wu2008 ER - TY - JOUR AU - Throude, M. AU - Bolot, S. AU - Bosio, M. AU - Pont, C. AU - Sarda, X. AU - Quraishi, U. M. AU - Bourgis, F. AU - Lessard, P. AU - Rogowsky, P. AU - Ghesquiere, A. AU - Murigneux, A. AU - Charmet, G. AU - Perez, P. AU - Salse, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Structure and expression analysis of rice paleo duplications JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn1048 DO - 10.1093/nar/gkn1048 ID - Throude2009 ER - TY - JOUR AU - Paterson, A. H. AU - Bowers, J. E. AU - Chapman, B. A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Ancient polyploidization predating divergence of the cereals, and its consequences for comparative genomics JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 101 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0307901101 DO - 10.1073/pnas.0307901101 ID - Paterson2004 ER - TY - JOUR AU - Yu, J. AU - Wang, J. AU - Lin, W. AU - Li, S. AU - Li, H. AU - Zhou, J. AU - Ni, P. AU - Dong, W. AU - Hu, S. AU - Zeng, C. AU - Zhang, J. AU - Zhang, Y. AU - Li, R. AU - Xu, Z. AU - Li, S. AU - Li, X. AU - Zheng, H. AU - Cong, L. AU - Lin, L. AU - Yin, J. AU - Geng, J. AU - Li, G. AU - Shi, J. AU - Liu, J. AU - Lv, H. AU - Li, J. AU - Wang, J. AU - Deng, Y. AU - Ran, L. AU - Shi, X. PY - 2005 DA - 2005// TI - The Genomes of Oryza sativa: a history of duplications JO - PLoS Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0030038 DO - 10.1371/journal.pbio.0030038 ID - Yu2005 ER - TY - JOUR AU - Wang, X. AU - Shi, X. AU - Hao, B. AU - Ge, S. AU - Luo, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Duplication and DNA segmental loss in the rice genome: implications for diploidization JO - New Phytol VL - 165 UR - https://doi.org/10.1111/j.1469-8137.2004.01293.x DO - 10.1111/j.1469-8137.2004.01293.x ID - Wang2005 ER - TY - JOUR AU - Moore, G. AU - Devos, K. M. AU - Wang, Z. AU - Gale, M. D. PY - 1995 DA - 1995// TI - Cereal genome evolution. Grasses, line up and form a circle JO - Curr Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1016/S0960-9822(95)00148-5 DO - 10.1016/S0960-9822(95)00148-5 ID - Moore1995 ER - TY - JOUR AU - Smilde, W. D. AU - Haluskova, J. AU - Sasaki, T. AU - Graner, A. PY - 2001 DA - 2001// TI - New evidence for the synteny of rice chromosome 1 and barley chromosome 3H from rice expressed sequence tags JO - Genome VL - 44 UR - https://doi.org/10.1139/g01-009 DO - 10.1139/g01-009 ID - Smilde2001 ER - TY - JOUR AU - Devos, K. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Updating the 'crop circle' JO - Curr Opin Plant Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1016/j.pbi.2005.01.005 DO - 10.1016/j.pbi.2005.01.005 ID - Devos2005 ER - TY - JOUR AU - Stein, N. AU - Prasad, M. AU - Scholz, U. AU - Thiel, T. AU - Zhang, H. AU - Wolf, M. AU - Kota, R. AU - Varshney, R. K. AU - Perovic, D. AU - Grosse, I. AU - Graner, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - A 1,000-loci transcript map of the barley genome: new anchoring points for integrative grass genomics JO - Theor Appl Genet VL - 114 UR - https://doi.org/10.1007/s00122-006-0480-2 DO - 10.1007/s00122-006-0480-2 ID - Stein2007 ER - TY - JOUR AU - Guyot, R. AU - Keller, B. PY - 2004 DA - 2004// TI - Ancestral genome duplication in rice JO - Genome VL - 47 UR - https://doi.org/10.1139/g04-016 DO - 10.1139/g04-016 ID - Guyot2004 ER - TY - JOUR AU - Valárik, M. AU - Linkiewicz, A. M. AU - Dubcovsky, J. PY - 2006 DA - 2006// TI - A microcolinearity study at the earliness per se gene Eps-A(m)1 region reveals an ancient duplication that preceded the wheat-rice divergence JO - Theor Appl Genet VL - 112 UR - https://doi.org/10.1007/s00122-005-0198-6 DO - 10.1007/s00122-005-0198-6 ID - Valárik2006 ER - TY - JOUR AU - Salse, J. AU - Bolot, S. AU - Throude, M. AU - Jouffe, V. AU - Piegu, B. AU - Quraishi, U. M. AU - Calcagno, T. AU - Cooke, R. AU - Delseny, M. AU - Feuillet, C. PY - 2008 DA - 2008// TI - Identification and characterization of shared duplications between rice and wheat provide new insight into grass genome evolution JO - Plant Cell VL - 20 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.107.056309 DO - 10.1105/tpc.107.056309 ID - Salse2008 ER - TY - JOUR AU - Rizzon, C. AU - Ponger, L. AU - Gaut, B. S. PY - 2006 DA - 2006// TI - Striking similarities in the genomic distribution of tandemly arrayed genes in Arabidopsis and rice JO - PLoS Comput Biol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.0020115 DO - 10.1371/journal.pcbi.0020115 ID - Rizzon2006 ER - TY - JOUR AU - Künzel, G. AU - Korzun, L. AU - Meister, A. PY - 2000 DA - 2000// TI - Cytologically integrated physical restriction fragment length polymorphism maps for the barley genome based on translocation breakpoints JO - Genetics VL - 154 ID - Künzel2000 ER - TY - JOUR AU - Wei, F. AU - Coe, E. AU - Nelson, W. AU - Bharti, A. K. AU - Engler, F. AU - Butler, E. AU - Kim, H. AU - Goicoechea, J. L. AU - Chen, M. AU - Lee, S. AU - Fuks, G. AU - Sanchez-Villeda, H. AU - Schroeder, S. AU - Fang, Z. AU - McMullen, M. AU - Davis, G. AU - Bowers, J. E. AU - Paterson, A. H. AU - Schaeffer, M. AU - Gardiner, J. AU - Cone, K. AU - Messing, J. AU - Soderlund, C. AU - Wing, R. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Physical and genetic structure of the maize genome reflects its complex evolutionary history JO - PLoS Genet VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.0030123 DO - 10.1371/journal.pgen.0030123 ID - Wei2007 ER - TY - JOUR AU - Singh, N. K. AU - Dalal, V. AU - Batra, K. AU - Singh, B. K. AU - Chitra, G. AU - Singh, A. AU - Ghazi, I. A. AU - Yadav, M. AU - Pandit, A. AU - Dixit, R. AU - Singh, P. K. AU - Singh, H. AU - Koundal, K. R. AU - Gaikwad, K. AU - Mohapatra, T. AU - Sharma, T. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Single-copy genes define a conserved order between rice and wheat for understanding differences caused by duplication, deletion, and transposition of genes JO - Funct Integr Genomics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1007/s10142-006-0033-4 DO - 10.1007/s10142-006-0033-4 ID - Singh2007 ER - TY - JOUR PY - 2005 DA - 2005// TI - The sequence of rice chromosomes 11 and 12, rich in disease resistance genes and recent gene duplications JO - BMC Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/1741-7007-3-20 DO - 10.1186/1741-7007-3-20 ID - ref24 ER - TY - JOUR AU - Wang, X. AU - Tang, H. AU - Bowers, J. E. AU - Feltus, F. A. AU - Paterson, A. H. PY - 2007 DA - 2007// TI - Extensive concerted evolution of rice paralogs and the road to regaining independence JO - Genetics VL - 177 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.107.073197 DO - 10.1534/genetics.107.073197 ID - Wang2007 ER - TY - JOUR AU - Paterson, A. H. AU - Bowers, J. E. AU - Bruggmann, R. AU - Dubchak, I. AU - Grimwood, J. AU - Gundlach, H. AU - Haberer, G. AU - Hellsten, U. AU - Mitros, T. AU - Poliakov, A. AU - Schmutz, J. AU - Spannagl, M. AU - Tang, H. AU - Wang, X. AU - Wicker, T. AU - Bharti, A. K. AU - Chapman, J. AU - Feltus, F. A. AU - Gowik, U. AU - Grigoriev, I. V. AU - Lyons, E. AU - Maher, C. A. AU - Martis, M. AU - Narechania, A. AU - Otillar, R. P. AU - Penning, B. W. AU - Salamov, A. A. AU - Wang, Y. AU - Zhang, L. AU - Carpita, N. C. PY - 2009 DA - 2009// TI - The Sorghum bicolor genome and the diversification of grasses JO - Nature VL - 457 UR - https://doi.org/10.1038/nature07723 DO - 10.1038/nature07723 ID - Paterson2009 ER - TY - JOUR AU - Hampson, S. E. AU - Gaut, B. S. AU - Baldi, P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Statistical detection of chromosomal homology using shared-gene density alone JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti168 DO - 10.1093/bioinformatics/bti168 ID - Hampson2005 ER - TY - JOUR AU - Salse, J. AU - Piégu, B. AU - Cooke, R. AU - Delseny, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - New in silico insight into the synteny between rice (Oryza sativa L.) and maize (Zea mays L.) highlights reshuffling and identifies new duplications in the rice genome JO - Plant J VL - 38 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2004.02058.x DO - 10.1111/j.1365-313X.2004.02058.x ID - Salse2004 ER - TY - JOUR AU - Bowers, J. E. AU - Chapman, B. A. AU - Rong, J. AU - Paterson, A. H. PY - 2003 DA - 2003// TI - Unravelling angiosperm genome evolution by phylogenetic analysis of chromosomal duplication events JO - Nature VL - 422 UR - https://doi.org/10.1038/nature01521 DO - 10.1038/nature01521 ID - Bowers2003 ER - TY - JOUR AU - Maere, S. AU - De Bodt, S. AU - Raes, J. AU - Casneuf, T. AU - Van Montagu, M. AU - Kuiper, M. AU - Peer, Y. V. a. n. d. e. PY - 2005 DA - 2005// TI - Modeling gene and genome duplications in eukaryotes JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0501102102 DO - 10.1073/pnas.0501102102 ID - Maere2005 ER - TY - JOUR AU - Durand, D. AU - Hoberman, R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Diagnosing duplications – can it be done? JO - Trends Genet VL - 22 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2006.01.002 DO - 10.1016/j.tig.2006.01.002 ID - Durand2006 ER - TY - JOUR AU - Vandepoele, K. AU - Simillion, C. AU - Peer, Y. V. a. n. d. e. PY - 2003 DA - 2003// TI - Evidence that rice and other cereals are ancient aneuploids JO - Plant Cell VL - 15 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.014019 DO - 10.1105/tpc.014019 ID - Vandepoele2003 ER - TY - JOUR AU - Simillion, C. AU - Vandepoele, K. AU - Saeys, Y. AU - Peer, Y. V. a. n. d. e. PY - 2004 DA - 2004// TI - Building genomic profiles for uncovering segmental homology in the twilight zone JO - Genome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.2179004 DO - 10.1101/gr.2179004 ID - Simillion2004 ER - TY - JOUR AU - Lysak, M. A. AU - Berr, A. AU - Pecinka, A. AU - Schmidt, R. AU - McBreen, K. AU - Schubert, I. PY - 2006 DA - 2006// TI - Mechanisms of chromosome number reduction in Arabidopsis thaliana and related Brassicaceae species JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0510791103 DO - 10.1073/pnas.0510791103 ID - Lysak2006 ER - TY - JOUR AU - Schubert, I. PY - 2007 DA - 2007// TI - Chromosome evolution JO - Curr Opin Plant Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1016/j.pbi.2007.01.001 DO - 10.1016/j.pbi.2007.01.001 ID - Schubert2007 ER - TY - STD TI - Release 5 of the Rice Pseudomolecules and Genome Annotation. [ftp://ftp.plantbiology.msu.edu/pub/data/Eukaryotic_Projects/o_sativa/annotation_dbs/pseudomolecules/version_5.0/] UR - ftp://ftp.plantbiology.msu.edu/pub/data/Eukaryotic_Projects/o_sativa/annotation_dbs/pseudomolecules/version_5.0/ ID - ref36 ER - TY - STD TI - Ouyang S, Zhu W, Hamilton J, Lin H, Campbell M, Childs K, Thibaud-Nissen F, Malek RL, Lee Y, Zheng L, Orvis J, Haas B, Wortman J, Buell CR: The TIGR Rice Genome Annotation Resource: improvements and new features. Nucleic Acids Res. 2007, D883-887. 10.1093/nar/gkl976. 35 Database ID - ref37 ER - TY - JOUR AU - Rostoks, N. AU - Ramsay, L. AU - MacKenzie, K. AU - Cardle, L. AU - Bhat, P. R. AU - Roose, M. L. AU - Svensson, J. T. AU - Stein, N. AU - Varshney, R. K. AU - Marshall, D. F. AU - Graner, A. AU - Close, T. J. AU - Waugh, R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Recent history of artificial outcrossing facilitates whole-genome association mapping in elite inbred crop varieties JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0606133103 DO - 10.1073/pnas.0606133103 ID - Rostoks2006 ER - TY - STD TI - HarvEST Home Page. [http://harvest.ucr.edu/] UR - http://harvest.ucr.edu/ ID - ref39 ER - TY - STD TI - The Comprehensive R Archive Network. [http://cran.r-project.org/] UR - http://cran.r-project.org/ ID - ref40 ER - TY - BOOK AU - Fox, J. PY - 2002 DA - 2002// TI - An R and S-PLUS Companion to Applied Regression PB - Sage Publications Inc CY - Thousand Oaks ID - Fox2002 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Gish, W. AU - Miller, W. AU - Myers, E. W. AU - Lipman, D. J. PY - 1990 DA - 1990// TI - Basic local alignment search tool JO - J Mol Biol VL - 215 UR - https://doi.org/10.1016/S0022-2836(05)80360-2 DO - 10.1016/S0022-2836(05)80360-2 ID - Altschul1990 ER - TY - STD TI - Krzywinski M, Schein J, Birol I, Connors J, Gascoyne R, Horsman D, Jones SJ, Marra MA: Circos: An information aesthetic for comparative genomics. Genome Res. ID - ref43 ER - TY - JOUR AU - Yang, Z. PY - 1997 DA - 1997// TI - PAML: a program package for phylogenetic analysis by maximum likelihood JO - Comput Appl Biosci VL - 13 ID - Yang1997 ER - TY - STD TI - Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood (PAML). [http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html] UR - http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html ID - ref45 ER - TY - JOUR AU - Yang, Z. AU - Nielsen, R. PY - 2000 DA - 2000// TI - Estimating synonymous and nonsynonymous substitution rates under realistic evolutionary models JO - Mol Biol Evol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a026236 DO - 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026236 ID - Yang2000 ER - TY - STD TI - BioPerl. [http://www.bioperl.org] UR - http://www.bioperl.org ID - ref47 ER -