TY - CHAP AU - Davies, P. J. PY - 2004 DA - 2004// BT - Plant Hormones: Biosynthesis, Signal Transduction, Action! PB - Springer CY - Dordrecht ID - Davies2004 ER - TY - JOUR AU - Teale, W. D. AU - Paponov, I. A. AU - Palme, K. PY - 2006 DA - 2006// TI - Auxin in action: signalling, transport and the control of plant growth and development JO - Nat Rev Mol Cell Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nrm2020 DO - 10.1038/nrm2020 ID - Teale2006 ER - TY - JOUR AU - Theologis, A. AU - Ray, P. M. PY - 1982 DA - 1982// TI - Early auxin-regulated polyadenylylated messenger-RNA sequences In pea stem tissue JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 79 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.79.2.418 DO - 10.1073/pnas.79.2.418 ID - Theologis1982 ER - TY - JOUR AU - Paponov, I. AU - Paponov, M. AU - Teale, W. D. AU - Menges, M. AU - Shakrabortee, S. AU - Murray, J. A. AU - Palme, K. PY - 2008 DA - 2008// TI - Comprehensive transcriptome analysis of auxin responses in Arabidopsis JO - Mol Plant VL - 1 UR - https://doi.org/10.1093/mp/ssm021 DO - 10.1093/mp/ssm021 ID - Paponov2008 ER - TY - JOUR AU - Guilfoyle, T. AU - Hagen, G. AU - Ulmasov, T. AU - Murfett, J. PY - 1998 DA - 1998// TI - How does auxin turn on genes? JO - Plant Physiol VL - 118 UR - https://doi.org/10.1104/pp.118.2.341 DO - 10.1104/pp.118.2.341 ID - Guilfoyle1998 ER - TY - JOUR AU - Gray, W. M. AU - Kepinski, S. AU - Rouse, D. AU - Leyser, O. AU - Estelle, M. PY - 2001 DA - 2001// TI - Auxin regulates SCFTIR1-dependent degradation of AUX/IAA proteins JO - Nature VL - 414 UR - https://doi.org/10.1038/35104500 DO - 10.1038/35104500 ID - Gray2001 ER - TY - JOUR AU - Ballas, N. AU - Wong, L. M. AU - Theologis, A. PY - 1993 DA - 1993// TI - Identification of the auxin-responsive element, AuxRE, in the primary indoleacetic acid-inducible gene, PS-IAA4/5, of pea (Pisum Sativum) JO - J Mol Biol VL - 233 UR - https://doi.org/10.1006/jmbi.1993.1537 DO - 10.1006/jmbi.1993.1537 ID - Ballas1993 ER - TY - JOUR AU - Li, Y. AU - Liu, Z. B. AU - Shi, X. Y. AU - Hagen, G. AU - Guilfoyle, T. J. PY - 1994 DA - 1994// TI - An auxin-inducible element in soybean SAUR promoters JO - Plant Physiol VL - 106 UR - https://doi.org/10.1104/pp.106.1.37 DO - 10.1104/pp.106.1.37 ID - Li1994 ER - TY - JOUR AU - Ulmasov, T. AU - Hagen, G. AU - Guilfoyle, T. J. PY - 1997 DA - 1997// TI - ARF1, a transcription factor that binds to auxin response elements JO - Science VL - 276 UR - https://doi.org/10.1126/science.276.5320.1865 DO - 10.1126/science.276.5320.1865 ID - Ulmasov1997 ER - TY - JOUR AU - Kim, J. AU - Harter, K. AU - Theologis, A. PY - 1997 DA - 1997// TI - Protein-protein interactions among the Aux/IAA proteins JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 94 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.94.22.11786 DO - 10.1073/pnas.94.22.11786 ID - Kim1997 ER - TY - JOUR AU - Ulmasov, T. AU - Hagen, G. AU - Guilfoyle, T. J. PY - 1999 DA - 1999// TI - Activation and repression of transription by auxin-response factors JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 96 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.96.10.5844 DO - 10.1073/pnas.96.10.5844 ID - Ulmasov1999 ER - TY - JOUR AU - Tiwari, S. B. AU - Hagen, G. AU - Guilfoyle, T. PY - 2003 DA - 2003// TI - The roles of auxin response factor domains in auxin-responsive transcription JO - Plant Cell VL - 15 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.008417 DO - 10.1105/tpc.008417 ID - Tiwari2003 ER - TY - JOUR AU - Szemenyei, H. AU - Hannon, M. AU - Long, J. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - TOPLESS mediates auxin-dependent transcriptional repression during Arabidopsis embryogenesis JO - Science VL - 319 UR - https://doi.org/10.1126/science.1151461 DO - 10.1126/science.1151461 ID - Szemenyei2008 ER - TY - JOUR AU - Tiwari, S. B. AU - Hagen, G. AU - Guilfoyle, T. J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Aux/IAA proteins contain a potent transcriptional repression domain JO - Plant Cell VL - 16 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.017384 DO - 10.1105/tpc.017384 ID - Tiwari2004 ER - TY - JOUR AU - Worley, C. K. AU - Zenser, N. AU - Ramos, J. AU - Rouse, D. AU - Leyser, O. AU - Theologis, A. AU - Callis, J. PY - 2000 DA - 2000// TI - Degradation of Aux/IAA proteins is essential for normal auxin signalling JO - Plant J VL - 21 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-313x.2000.00703.x DO - 10.1046/j.1365-313x.2000.00703.x ID - Worley2000 ER - TY - JOUR AU - Ramos, J. A. AU - Zenser, N. AU - Leyser, O. AU - Callis, J. PY - 2001 DA - 2001// TI - Rapid degradation of auxin/indoleacetic acid proteins requires conserved amino acids of domain II and is proteasome dependent JO - Plant Cell VL - 13 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.13.10.2349 DO - 10.1105/tpc.13.10.2349 ID - Ramos2001 ER - TY - JOUR AU - Ouellet, F. AU - Overvoorde, P. J. AU - Theologis, A. PY - 2001 DA - 2001// TI - IAA17/AXR3: biochemical insight into an auxin mutant phenotype JO - Plant Cell VL - 13 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.13.4.829 DO - 10.1105/tpc.13.4.829 ID - Ouellet2001 ER - TY - JOUR AU - Ulmasov, T. AU - Murfett, J. AU - Hagen, G. AU - Guilfoyle, T. J. PY - 1997 DA - 1997// TI - Aux/IAA proteins repress expression of reporter genes containing natural and highly active synthetic auxin response elements JO - Plant Cell VL - 9 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.9.11.1963 DO - 10.1105/tpc.9.11.1963 ID - Ulmasov1997 ER - TY - JOUR AU - Kepinski, S. AU - Leyser, O. PY - 2005 DA - 2005// TI - The Arabidopsis F-box protein TIR1 is an auxin receptor JO - Nature VL - 435 UR - https://doi.org/10.1038/nature03542 DO - 10.1038/nature03542 ID - Kepinski2005 ER - TY - JOUR AU - Dharmasiri, N. AU - Dharmasiri, S. AU - Estelle, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - The F-box protein TIR1 is an auxin receptor JO - Nature VL - 435 UR - https://doi.org/10.1038/nature03543 DO - 10.1038/nature03543 ID - Dharmasiri2005 ER - TY - JOUR AU - Tan, X. AU - Calderon-Villalobos, L. I. A. AU - Sharon, M. AU - Zheng, C. X. AU - Robinson, C. V. AU - Estelle, M. AU - Zheng, N. PY - 2007 DA - 2007// TI - Mechanism of auxin perception by the TIR1 ubiquitin ligase JO - Nature VL - 446 UR - https://doi.org/10.1038/nature05731 DO - 10.1038/nature05731 ID - Tan2007 ER - TY - JOUR AU - Lang, D. AU - Zimmer, A. D. AU - Rensing, S. A. AU - Reski, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Exploring plant biodiversity: the Physcomitrella genome and beyond JO - Trends in Plant Science VL - 13 UR - https://doi.org/10.1016/j.tplants.2008.07.002 DO - 10.1016/j.tplants.2008.07.002 ID - Lang2008 ER - TY - JOUR AU - Rensing, S. A. AU - Lang, D. AU - Zimmer, A. D. AU - Terry, A. AU - Salamov, A. AU - Shapiro, H. AU - Nishiyama, T. AU - Perroud, P. F. AU - Lindquist, E. A. AU - Kamisugi, Y. AU - Tanahashi, T. AU - Sakakibara, K. AU - Fujita, T. AU - Oishi, K. AU - Shin-I, T. AU - Kuroki, Y. AU - Toyoda, A. AU - Suzuki, Y. AU - Hashimoto, S. AU - Yamaguchi, K. AU - Sugano, S. AU - Kohara, Y. AU - Fujiyama, A. AU - Anterola, A. AU - Aoki, S. AU - Ashton, N. AU - Barbazuk, W. B. AU - Barker, E. AU - Bennetzen, J. L. AU - Blankenship, R. AU - Cho, S. H. AU - Dutcher, S. K. AU - Estelle, M. AU - Fawcett, J. A. AU - Gundlach, H. AU - Hanada, K. AU - Heyl, A. AU - Hicks, K. A. AU - Hughes, J. AU - Lohr, M. AU - Mayer, K. AU - Melkozernov, A. AU - Murata, T. AU - Nelson, D. R. AU - Pils, B. AU - Prigge, M. AU - Reiss, B. AU - Renner, T. AU - Rombauts, S. AU - Rushton, P. J. AU - Sanderfoot, A. AU - Schween, G. AU - Shiu, S. H. AU - Stueber, K. AU - Theodoulou, F. L. AU - Tu, H. AU - Peer, Y. V. a. n. d. e. AU - Verrier, P. J. AU - Waters, E. AU - Wood, A. AU - Yang, L. X. AU - Cove, D. AU - Cuming, A. C. AU - Hasebe, M. AU - Lucas, S. AU - Mishler, B. D. AU - Reski, R. AU - Grigoriev, I. V. AU - Quatrano, R. S. AU - Boore, J. L. PY - 2008 DA - 2008// TI - The Physcomitrellagenome reveals evolutionary insights into the conquest of land by plants JO - Science VL - 319 UR - https://doi.org/10.1126/science.1150646 DO - 10.1126/science.1150646 ID - Rensing2008 ER - TY - JOUR AU - Floyd, S. K. AU - Bowman, J. L. PY - 2007 DA - 2007// TI - The ancestral developmental tool kit of land plants JO - Int J Plant Sci VL - 168 UR - https://doi.org/10.1086/509079 DO - 10.1086/509079 ID - Floyd2007 ER - TY - JOUR AU - Cooke, T. J. AU - Poli, D. AU - Sztein, A. E. AU - Cohen, J. D. PY - 2002 DA - 2002// TI - Evolutionary patterns in auxin action JO - Plant Mol Biol VL - 49 UR - https://doi.org/10.1023/A:1015242627321 DO - 10.1023/A:1015242627321 ID - Cooke2002 ER - TY - JOUR AU - Hayashi, K. AU - Tan, X. AU - Zheng, N. AU - Hatate, T. AU - Kimura, Y. AU - Kepinski, S. AU - Nozaki, H. PY - 2008 DA - 2008// TI - Small-molecule agonists and antagonists of F-box protein-substrate interactions in auxin perception and signaling JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 105 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0711146105 DO - 10.1073/pnas.0711146105 ID - Hayashi2008 ER - TY - JOUR AU - Kalluri, U. C. AU - DiFazio, S. P. AU - Brunner, A. M. AU - Tuskan, G. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome-wide analysis of Aux/IAA and ARF gene families in Populus trichocarpa JO - BMC Plant Biology VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2229-7-59 DO - 10.1186/1471-2229-7-59 ID - Kalluri2007 ER - TY - JOUR AU - Bierfreund, N. M. AU - Reski, R. AU - Decker, E. L. PY - 2003 DA - 2003// TI - Use of an inducible reporter gene system for the analysis of auxin distribution in the moss Physcomitrella patens JO - Plant Cell Rep VL - 21 UR - https://doi.org/10.1007/s00299-003-0646-1 DO - 10.1007/s00299-003-0646-1 ID - Bierfreund2003 ER - TY - JOUR AU - Imaizumi, T. AU - Kadota, A. AU - Hasebe, M. AU - Wada, M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Cryptochrome light signals control development to suppress auxin sensitivity in the moss Physcomitrella patens JO - Plant Cell VL - 14 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.010388 DO - 10.1105/tpc.010388 ID - Imaizumi2002 ER - TY - JOUR AU - Hill, R. E. AU - Hastie, N. D. PY - 1987 DA - 1987// TI - Accelerated evolution in the reactive center regions of serine protease inhibitors JO - Nature VL - 326 UR - https://doi.org/10.1038/326096a0 DO - 10.1038/326096a0 ID - Hill1987 ER - TY - JOUR AU - Duarte, J. M. AU - Cui, L. Y. AU - Wall, P. K. AU - Zhang, Q. AU - Zhang, X. H. AU - Leebens-Mack, J. AU - Ma, H. AU - Altman, N. AU - dePamphilis, C. W. PY - 2006 DA - 2006// TI - Expression pattern shifts following duplication indicative of subfunctionalization and neofunctionalization in regulatory genes of Arabidopsis JO - Mol Biol Evol VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msj051 DO - 10.1093/molbev/msj051 ID - Duarte2006 ER - TY - JOUR AU - Schmid, M. AU - Davison, T. S. AU - Henz, S. R. AU - Pape, U. J. AU - Demar, M. AU - Vingron, M. AU - Scholkopf, B. AU - Weigel, D. AU - Lohmann, J. U. PY - 2005 DA - 2005// TI - A gene expression map of Arabidopsis thalianadevelopment JO - Nat Genet VL - 37 UR - https://doi.org/10.1038/ng1543 DO - 10.1038/ng1543 ID - Schmid2005 ER - TY - JOUR AU - Remington, D. L. AU - Vision, T. J. AU - Guilfoyle, T. J. AU - Reed, J. W. PY - 2004 DA - 2004// TI - Contrasting modes of diversification in the Aux/IAA and ARFgene families JO - Plant Physiol VL - 135 UR - https://doi.org/10.1104/pp.104.039669 DO - 10.1104/pp.104.039669 ID - Remington2004 ER - TY - JOUR AU - Jain, M. AU - Kaur, N. AU - Garg, R. AU - Thakur, J. K. AU - Tyagi, A. K. AU - Khurana, J. P. PY - 2006 DA - 2006// TI - Structure and expression analysis of early auxin-responsive Aux/IAA gene family in rice (Oryza sativa) JO - Funct Integr Genomics VL - 6 UR - https://doi.org/10.1007/s10142-005-0005-0 DO - 10.1007/s10142-005-0005-0 ID - Jain2006 ER - TY - JOUR AU - Wang, D. K. AU - Pei, K. M. AU - Fu, Y. P. AU - Sun, Z. X. AU - Li, S. J. AU - Liu, H. Q. AU - Tang, K. AU - Han, B. AU - Tao, Y. Z. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome-wide analysis of the auxin response factors (ARF) gene family in rice (Oryza sativa) JO - Gene VL - 394 UR - https://doi.org/10.1016/j.gene.2007.01.006 DO - 10.1016/j.gene.2007.01.006 ID - Wang2007 ER - TY - JOUR AU - Walsh, J. B. PY - 1995 DA - 1995// TI - How often do duplicated genes evolve new functions? JO - Genetics VL - 139 ID - Walsh1995 ER - TY - JOUR AU - Ganko, E. W. AU - Meyers, B. C. AU - Vision, T. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Divergence in expression between duplicated genes in Arabidopsis JO - Mol Biol Evol VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msm158 DO - 10.1093/molbev/msm158 ID - Ganko2007 ER - TY - JOUR AU - Knox, K. AU - Grierson, C. S. AU - Leyser, O. PY - 2003 DA - 2003// TI - AXR3 and SHY2interact to regulate root hair development JO - Development VL - 130 UR - https://doi.org/10.1242/dev.00659 DO - 10.1242/dev.00659 ID - Knox2003 ER - TY - JOUR AU - Weijers, D. AU - Benkova, E. AU - Jager, K. E. AU - Schlereth, A. AU - Hamann, T. AU - Kientz, M. AU - Wilmoth, J. C. AU - Reed, J. W. AU - Jurgens, G. PY - 2005 DA - 2005// TI - Developmental specificity of auxin response by pairs of ARF and Aux/IAA transcriptional regulators JO - EMBO J VL - 24 UR - https://doi.org/10.1038/sj.emboj.7600659 DO - 10.1038/sj.emboj.7600659 ID - Weijers2005 ER - TY - JOUR AU - Guilfoyle, T. J. AU - Hagen, G. PY - 2007 DA - 2007// TI - Auxin response factors JO - Curr Opin Plant Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1016/j.pbi.2007.08.014 DO - 10.1016/j.pbi.2007.08.014 ID - Guilfoyle2007 ER - TY - JOUR AU - Fujita, T. AU - Sakaguchi, H. AU - Hiwatashi, Y. AU - Wagstaff, S. J. AU - Ito, M. AU - Deguchi, H. AU - Sato, T. AU - Hasebe, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Convergent evolution of shoots in land plants: lack of auxin polar transport in moss shoots JO - Evol Dev VL - 10 UR - https://doi.org/10.1111/j.1525-142X.2008.00225.x DO - 10.1111/j.1525-142X.2008.00225.x ID - Fujita2008 ER - TY - JOUR AU - Abel, S. AU - Theologis, A. PY - 1996 DA - 1996// TI - Early genes and auxin action JO - Plant Physiol VL - 111 UR - https://doi.org/10.1104/pp.111.1.9 DO - 10.1104/pp.111.1.9 ID - Abel1996 ER - TY - JOUR AU - Salmon, J. AU - Ramos, J. AU - Callis, J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Degradation of the auxin response factor ARF1 JO - Plant J VL - 54 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2007.03396.x DO - 10.1111/j.1365-313X.2007.03396.x ID - Salmon2008 ER - TY - JOUR AU - Okushima, Y. AU - Overvoorde, P. J. AU - Arima, K. AU - Alonso, J. M. AU - Chan, A. AU - Chang, C. AU - Ecker, J. R. AU - Hughes, B. AU - Lui, A. AU - Nguyen, D. AU - Onodera, C. AU - Quach, H. AU - Smith, A. AU - Yu, G. X. AU - Theologis, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Functional genomic analysis of the AUXIN RESPONSE FACTOR gene family members in Arabidopsis thaliana: Unique and overlapping functions of ARF7 and ARF19 JO - Plant Cell VL - 17 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.104.028316 DO - 10.1105/tpc.104.028316 ID - Okushima2005 ER - TY - JOUR AU - Shin, R. AU - Burch, A. Y. AU - Huppert, K. A. AU - Tiwari, S. B. AU - Murphy, A. S. AU - Guilfoyle, T. J. AU - Schachtman, D. P. PY - 2007 DA - 2007// TI - The Arabidopsistranscription factor MYB77 modulates auxin signal transduction JO - Plant Cell VL - 19 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.107.050963 DO - 10.1105/tpc.107.050963 ID - Shin2007 ER - TY - JOUR AU - Tiwari, S. B. AU - Wang, X. J. AU - Hagen, G. AU - Guilfoyle, T. J. PY - 2001 DA - 2001// TI - AUX/IAA proteins are active repressors, and their stability and activity are modulated by auxin JO - Plant Cell VL - 13 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.13.12.2809 DO - 10.1105/tpc.13.12.2809 ID - Tiwari2001 ER - TY - JOUR AU - Vert, G. AU - Walcher, C. L. AU - Chory, J. AU - Nemhauser, J. L. PY - 2008 DA - 2008// TI - Integration of auxin and brassinosteroid pathways by Auxin Response Factor 2 JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 105 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0803996105 DO - 10.1073/pnas.0803996105 ID - Vert2008 ER - TY - JOUR AU - Sessions, A. AU - Nemhauser, J. L. AU - McColl, A. AU - Roe, J. L. AU - Feldmann, K. A. AU - Zambryski, P. C. PY - 1997 DA - 1997// TI - ETTINpatterns the Arabidopsis floral meristem and reproductive organs JO - Development VL - 124 ID - Sessions1997 ER - TY - JOUR AU - Mallory, A. C. AU - Bartel, D. P. AU - Bartel, B. PY - 2005 DA - 2005// TI - MicroRNA-directed regulation of Arabidopsis AUXIN RESPONSE FACTOR17is essential for proper development and modulates expression of early auxin response genes JO - Plant Cell VL - 17 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.105.031716 DO - 10.1105/tpc.105.031716 ID - Mallory2005 ER - TY - JOUR AU - Axtell, M. J. AU - Snyder, J. A. AU - Bartell, D. P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Common functions for diverse small RNAs of land plants JO - Plant Cell VL - 19 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.107.051706 DO - 10.1105/tpc.107.051706 ID - Axtell2007 ER - TY - JOUR AU - Liu, P. P. AU - Montgomery, T. A. AU - Fahlgren, N. AU - Kasschau, K. D. AU - Nonogaki, H. AU - Carrington, J. C. PY - 2007 DA - 2007// TI - Repression of AUXIN RESPONSE FACTOR10by microRNA160 is critical for seed germination and post-germination stages JO - Plant J VL - 52 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2007.03218.x DO - 10.1111/j.1365-313X.2007.03218.x ID - Liu2007 ER - TY - JOUR AU - Wu, M. F. AU - Tian, Q. AU - Reed, J. W. PY - 2006 DA - 2006// TI - Arabidopsis microRNA167 controls patterns of ARF6 and ARF8expression, and regulates both female and male reproduction JO - Development VL - 133 UR - https://doi.org/10.1242/dev.02602 DO - 10.1242/dev.02602 ID - Wu2006 ER - TY - JOUR AU - Reinhart, B. J. AU - Weinstein, E. G. AU - Rhoades, M. W. AU - Bartel, B. AU - Bartel, D. P. PY - 2002 DA - 2002// TI - MicroRNAs in plants JO - Genes Dev VL - 16 UR - https://doi.org/10.1101/gad.1004402 DO - 10.1101/gad.1004402 ID - Reinhart2002 ER - TY - JOUR AU - Axtell, M. J. AU - Bartel, D. P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Antiquity of microRNAs and their targets in land plants JO - Plant Cell VL - 17 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.105.032185 DO - 10.1105/tpc.105.032185 ID - Axtell2005 ER - TY - JOUR AU - Fattash, I. AU - Voss, B. AU - Reski, R. AU - Hess, W. R. AU - Frank, W. PY - 2007 DA - 2007// TI - Evidence for the rapid expansion of microRNA-mediated regulation in early land plant evolution JO - BMC Plant Biology VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2229-7-13 DO - 10.1186/1471-2229-7-13 ID - Fattash2007 ER - TY - JOUR AU - Okushima, Y. AU - Fukaki, H. AU - Onoda, M. AU - Theologis, A. AU - Tasaka, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - ARF7 and ARF19 regulate lateral root formation via direct activation of LBD/ASLgenes in Arabidopsis JO - Plant Cell VL - 19 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.106.047761 DO - 10.1105/tpc.106.047761 ID - Okushima2007 ER - TY - JOUR AU - Jain, M. AU - Kaur, N. AU - Tyagi, A. K. AU - Khurana, J. P. PY - 2006 DA - 2006// TI - The auxin-responsive GH3 gene family in rice (Oryza sativa) JO - Funct Integr Genomics VL - 6 UR - https://doi.org/10.1007/s10142-005-0142-5 DO - 10.1007/s10142-005-0142-5 ID - Jain2006 ER - TY - JOUR AU - Ludwig-Müller, J. AU - Jülke, S. AU - Bierfreund, N. M. AU - Decker, E. L. AU - Reski, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Moss (Physcomitrella paterns) GH3 proteins act in auxin homeostasis JO - New Phytol VL - 181 UR - https://doi.org/10.1111/j.1469-8137.2008.02677.x DO - 10.1111/j.1469-8137.2008.02677.x ID - Ludwig-Müller2009 ER - TY - JOUR AU - Bierfreund, N. M. AU - Tintelnot, S. AU - Reski, R. AU - Decker, E. L. PY - 2004 DA - 2004// TI - Loss of GH3 function does not affect phytochrome- mediated development in a moss, Physcomitrella patens JO - J Plant Physiol VL - 161 UR - https://doi.org/10.1016/j.jplph.2003.12.010 DO - 10.1016/j.jplph.2003.12.010 ID - Bierfreund2004 ER - TY - JOUR AU - Staswick, P. E. AU - Tiryaki, I. PY - 2004 DA - 2004// TI - The oxylipin signal jasmonic acid is activated by an enzyme that conjugates it to isoleucine in Arabidopsis JO - Plant Cell VL - 16 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.104.023549 DO - 10.1105/tpc.104.023549 ID - Staswick2004 ER - TY - JOUR AU - Hagen, G. AU - Guilfoyle, T. PY - 2002 DA - 2002// TI - Auxin-responsive gene expression: genes, promoters and regulatory factors JO - Plant Mol Biol VL - 49 UR - https://doi.org/10.1023/A:1015207114117 DO - 10.1023/A:1015207114117 ID - Hagen2002 ER - TY - JOUR AU - Jain, M. AU - Tyagi, A. K. AU - Khurana, J. P. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genome-wide analysis, evolutionary expansion, and expression of early auxin-responsive SAUR gene family in rice (Oryza sativa) JO - Genomics VL - 88 UR - https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2006.04.008 DO - 10.1016/j.ygeno.2006.04.008 ID - Jain2006 ER - TY - JOUR AU - Slater, G. S. AU - Birney, E. PY - 2005 DA - 2005// TI - Automated generation of heuristics for biological sequence comparison JO - BMC Bioinformatics VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-6-31 DO - 10.1186/1471-2105-6-31 ID - Slater2005 ER - TY - JOUR AU - Finn, R. D. AU - Tate, J. AU - Mistry, J. AU - Coggill, P. C. AU - Sammut, S. J. AU - Hotz, H. R. AU - Ceric, G. AU - Forslund, K. AU - Eddy, S. R. AU - Sonnhammer, E. L. L. AU - Bateman, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - The Pfam protein families database JO - Nucleic Acids Res VL - 36 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm960 DO - 10.1093/nar/gkm960 ID - Finn2008 ER - TY - JOUR AU - Hulo, N. AU - Bairoch, A. AU - Bulliard, V. AU - Cerutti, L. AU - Cuche, B. A. AU - de Castro, E. AU - Lachaize, C. AU - Langendijk-Genevaux, P. S. AU - Sigrist, C. J. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - The 20 years of PROSITE JO - Nucleic Acids Res VL - 36 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm977 DO - 10.1093/nar/gkm977 ID - Hulo2008 ER - TY - JOUR AU - Katoh, K. AU - Kuma, K. AU - Toh, H. AU - Miyata, T. PY - 2005 DA - 2005// TI - MAFFT version 5: improvement in accuracy of multiple sequence alignment JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki198 DO - 10.1093/nar/gki198 ID - Katoh2005 ER - TY - JOUR AU - Notredame, C. AU - Higgins, D. G. AU - Heringa, J. PY - 2000 DA - 2000// TI - T-Coffee: A novel method for fast and accurate multiple sequence alignment JO - J Mol Biol VL - 302 UR - https://doi.org/10.1006/jmbi.2000.4042 DO - 10.1006/jmbi.2000.4042 ID - Notredame2000 ER - TY - CHAP AU - Morgenstern, B. PY - 2007 DA - 2007// TI - Alignment of genomic sequences using DIALIGN BT - Methods Mol Biol ID - Morgenstern2007 ER - TY - JOUR AU - Clamp, M. AU - Cuff, J. AU - Searle, S. M. AU - Barton, G. J. PY - 2004 DA - 2004// TI - The Jalview Java alignment editor JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg430 DO - 10.1093/bioinformatics/btg430 ID - Clamp2004 ER - TY - JOUR AU - Hanekamp, K. AU - Bohnebeck, U. AU - Beszteri, B. AU - Valentin, K. PY - 2007 DA - 2007// TI - PhyloGena – a user-friendly system for automated phylogenetic annotation of unknown sequences JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm016 DO - 10.1093/bioinformatics/btm016 ID - Hanekamp2007 ER - TY - JOUR AU - Sonnhammer, E. L. L. AU - Hollich, V. PY - 2005 DA - 2005// TI - Scoredist: A simple and robust protein sequence distance estimator JO - BMC Bioinformatics VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-6-108 DO - 10.1186/1471-2105-6-108 ID - Sonnhammer2005 ER - TY - JOUR AU - Abascal, F. AU - Zardoya, R. AU - Posada, D. PY - 2005 DA - 2005// TI - ProtTest: selection of best-fit models of protein evolution JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti263 DO - 10.1093/bioinformatics/bti263 ID - Abascal2005 ER - TY - JOUR AU - Stamatakis, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - RAxML-VI-HPC: Maximum likelihood-based phylogenetic analyses with thousands of taxa and mixed models JO - Bioinformatics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl446 DO - 10.1093/bioinformatics/btl446 ID - Stamatakis2006 ER - TY - JOUR AU - Durand, D. AU - Halldorsson, B. V. AU - Vernot, B. PY - 2006 DA - 2006// TI - A hybrid micro-macroevolutionary approach to gene tree reconstruction JO - J Comput Biol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1089/cmb.2006.13.320 DO - 10.1089/cmb.2006.13.320 ID - Durand2006 ER - TY - JOUR AU - Wildman, D. E. AU - Chen, C. Y. AU - Erez, O. AU - Grossman, L. I. AU - Goodman, M. AU - Romero, R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Evolution of the mammalian placenta revealed by phylogenetic analysis JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0511344103 DO - 10.1073/pnas.0511344103 ID - Wildman2006 ER - TY - JOUR AU - Als, T. D. AU - Vila, R. AU - Kandul, N. P. AU - Nash, D. R. AU - Yen, S. H. AU - Hsu, Y. F. AU - Mignault, A. A. AU - Boomsma, J. J. AU - Pierce, N. E. PY - 2004 DA - 2004// TI - The evolution of alternative parasitic life histories in large blue butterflies JO - Nature VL - 432 UR - https://doi.org/10.1038/nature03020 DO - 10.1038/nature03020 ID - Als2004 ER - TY - JOUR AU - Whittall, J. B. AU - Hodges, S. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Pollinator shifts drive increasingly long nectar spurs in columbine flowers JO - Nature VL - 447 UR - https://doi.org/10.1038/nature05857 DO - 10.1038/nature05857 ID - Whittall2007 ER - TY - CHAP AU - Maddison, W. P. AU - Maddison, D. R. PY - 2006 DA - 2006// BT - Mesquite: A modular system for evolutionary analysis. Version 1.12 ID - Maddison2006 ER - TY - JOUR AU - Xia, X. AU - Xie, Z. PY - 2001 DA - 2001// TI - DAMBE: Software package for data analysis in molecular biology and evolution JO - J Hered VL - 92 UR - https://doi.org/10.1093/jhered/92.4.371 DO - 10.1093/jhered/92.4.371 ID - Xia2001 ER - TY - JOUR AU - Yang, Z. H. AU - Nielsen, R. AU - Goldman, N. AU - Pedersen, A. M. K. PY - 2000 DA - 2000// TI - Codon-substitution models for heterogeneous selection pressure at amino acid sites JO - Genetics VL - 155 ID - Yang2000 ER - TY - JOUR AU - Yang, Z. H. PY - 1997 DA - 1997// TI - PAML: a program package for phylogenetic analysis by maximum likelihood JO - Comput Appl Biosci VL - 13 ID - Yang1997 ER - TY - JOUR AU - Yang, Z. H. AU - Wong, W. S. W. AU - Nielsen, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Bayes empirical Bayes inference of amino acid sites under positive selection JO - Mol Biol Evol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msi097 DO - 10.1093/molbev/msi097 ID - Yang2005 ER -