TY - JOUR AU - Holmes, E. C. PY - 2004 DA - 2004// TI - Adaptation and immunity JO - PLoS Biol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0020307 DO - 10.1371/journal.pbio.0020307 ID - Holmes2004 ER - TY - JOUR AU - Mikkelsen, T. S. AU - Hillier, L. W. AU - Eichler, E. E. AU - Zody, M. C. AU - Jaffe, D. B. AU - Yang, S. P. AU - Enard, W. AU - Hellmann, I. AU - Lindblad-Toh, K. AU - Altheide, T. K. AU - Archidiacono, N. AU - Bork, P. AU - Butler, J. AU - Chang, J. L. AU - Cheng, Z. AU - Chinwalla, A. T. AU - deJong, P. AU - Delehaunty, K. D. AU - Fronick, C. C. AU - Fulton, L. L. AU - Gilad, Y. AU - Glusman, G. AU - Gnerre, S. AU - Graves, T. A. AU - Hayakawa, T. AU - Hayden, K. E. AU - Huang, X. Q. AU - Ji, H. K. AU - Kent, W. J. AU - King, M. C. AU - Kulbokas, E. J. AU - Lee, M. K. AU - Liu, G. AU - Lopez-Otin, C. AU - Makova, K. D. AU - Man, O. AU - Mardis, E. R. AU - Mauceli, E. AU - Miner, T. L. AU - Nash, W. E. AU - Nelson, J. O. AU - Paabo, S. AU - Patterson, N. J. AU - Pohl, C. S. AU - Pollard, K. S. AU - Prufer, K. AU - Puente, X. S. AU - Reich, D. AU - Rocchi, M. AU - Rosenbloom, K. AU - Ruvolo, M. AU - Richter, D. J. AU - Schaffner, S. F. AU - Smit, A. F. A. AU - Smith, S. M. AU - Suyama, M. AU - Taylor, J. AU - Torrents, D. AU - Tuzun, E. AU - Varki, A. AU - Velasco, G. AU - Ventura, M. AU - Wallis, J. W. AU - Wendl, M. C. AU - Wilson, R. K. AU - Lander, E. S. AU - Waterston, R. H. AU - Consortium, C. S. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Initial sequence of the chimpanzee genome and comparison with the human genome JO - Nature VL - 437 UR - https://doi.org/10.1038/nature04072 DO - 10.1038/nature04072 ID - Mikkelsen2005 ER - TY - JOUR AU - Gardner, M. J. AU - Hall, N. AU - Fung, E. AU - White, O. AU - Berriman, M. AU - Hyman, R. W. AU - Carlton, J. M. AU - Pain, A. AU - Nelson, K. E. AU - Bowman, S. AU - Paulsen, I. T. AU - James, K. AU - Eisen, J. A. AU - Rutherford, K. AU - Salzberg, S. L. AU - Craig, A. AU - Kyes, S. AU - Chan, M. S. AU - Nene, V. AU - Shallom, S. J. AU - Suh, B. AU - Peterson, J. AU - Angiuoli, S. AU - Pertea, M. AU - Allen, J. AU - Selengut, J. AU - Haft, D. AU - Mather, M. W. AU - Vaidya, A. B. AU - Martin, D. M. A. AU - Fairlamb, A. H. AU - Fraunholz, M. J. AU - Roos, D. S. AU - Ralph, S. A. AU - McFadden, G. I. AU - Cummings, L. M. AU - Subramanian, G. M. AU - Mungall, C. AU - Venter, J. C. AU - Carucci, D. J. AU - Hoffman, S. L. AU - Newbold, C. AU - Davis, R. W. AU - Fraser, C. M. AU - Barrell, B. PY - 2002 DA - 2002// TI - Genome sequence of the human malaria parasite Plasmodium falciparum JO - Nature VL - 419 UR - https://doi.org/10.1038/nature01097 DO - 10.1038/nature01097 ID - Gardner2002 ER - TY - JOUR AU - Jeffares, D. C. AU - Pain, A. AU - Berry, A. AU - Cox, A. V. AU - Stalker, J. AU - Ingle, C. E. AU - Thomas, A. AU - Quail, M. A. AU - Siebenthall, K. AU - Uhlemann, A. C. AU - Kyes, S. AU - Krishna, S. AU - Newbold, C. AU - Dermitzakis, E. T. AU - Berriman, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome variation and evolution of the malaria parasite Plasmodium falciparum JO - Nature Genetics VL - 39 UR - https://doi.org/10.1038/ng1931 DO - 10.1038/ng1931 ID - Jeffares2007 ER - TY - JOUR AU - Hall, N. AU - Karras, M. AU - Raine, J. D. AU - Carlton, J. M. AU - Kooij, T. W. A. AU - Berriman, M. AU - Florens, L. AU - Janssen, C. S. AU - Pain, A. AU - Christophides, G. K. AU - James, K. AU - Rutherford, K. AU - Harris, B. AU - Harris, D. AU - Churcher, C. AU - Quail, M. A. AU - Ormond, D. AU - Doggett, J. AU - Trueman, H. E. AU - Mendoza, J. AU - Bidwell, S. L. AU - Rajandream, M. A. AU - Carucci, D. J. AU - Yates, J. R. AU - Kafatos, F. C. AU - Janse, C. J. AU - Barrell, B. AU - Turner, C. M. R. AU - Waters, A. P. AU - Sinden, R. E. PY - 2005 DA - 2005// TI - A comprehensive survey of the Plasmodium life cycle by genomic, transcriptomic, and proteomic analyses JO - Science VL - 307 UR - https://doi.org/10.1126/science.1103717 DO - 10.1126/science.1103717 ID - Hall2005 ER - TY - JOUR AU - Carlton, J. M. AU - Angiuoli, S. V. AU - Suh, B. B. AU - Kooij, T. W. AU - Pertea, M. AU - Silva, J. C. AU - Ermolaeva, M. D. AU - Allen, J. E. AU - Selengut, J. D. AU - Koo, H. L. AU - Peterson, J. D. AU - Pop, M. AU - Kosack, D. S. AU - Shumway, M. F. AU - Bidwell, S. L. AU - Shallom, S. J. AU - van Aken, S. E. AU - Riedmuller, S. B. AU - Feldblyum, T. V. AU - Cho, J. K. AU - Quackenbush, J. AU - Sedegah, M. AU - Shoaibi, A. AU - Cummings, L. M. AU - Florens, L. AU - Yates, J. R. AU - Raine, J. D. AU - Sinden, R. E. AU - Harris, M. A. AU - Cunningham, D. A. AU - Preiser, P. R. AU - Bergman, L. W. AU - Vaidya, A. B. AU - Van Lin, L. H. AU - Janse, C. J. AU - Waters, A. P. AU - Smith, H. O. AU - White, O. R. AU - Salzberg, S. L. AU - Venter, J. C. AU - Fraser, C. M. AU - Hoffman, S. L. AU - Gardner, M. J. AU - Carucci, D. J. PY - 2002 DA - 2002// TI - Genome sequence and comparative analysis of the model rodent malaria parasite Plasmodium yoelii yoelii JO - Nature VL - 419 UR - https://doi.org/10.1038/nature01099 DO - 10.1038/nature01099 ID - Carlton2002 ER - TY - JOUR AU - Nikolaev, S. I. AU - Montoya-Burgos, J. I. AU - Popadin, K. AU - Parand, L. AU - Margulies, E. H. AU - Antonarakis, S. E. AU - Program, N. PY - 2007 DA - 2007// TI - Life-history traits drive the evolutionary rates of mammalian coding and noncoding genomic elements JO - Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America VL - 104 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0705658104 DO - 10.1073/pnas.0705658104 ID - Nikolaev2007 ER - TY - JOUR AU - Ohta, T. PY - 1995 DA - 1995// TI - Synonymous and Nonsynonymous Substitutions in Mammalian Genes and the Nearly Neutral Theory JO - Journal of Molecular Evolution VL - 40 UR - https://doi.org/10.1007/BF00166595 DO - 10.1007/BF00166595 ID - Ohta1995 ER - TY - JOUR AU - Keightley, P. D. AU - Lercher, M. J. AU - Eyre-Walker, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Evidence for widespread degradation of gene control regions in hominid genomes JO - Plos Biology VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0030042 DO - 10.1371/journal.pbio.0030042 ID - Keightley2005 ER - TY - JOUR AU - Mcdonald, J. H. AU - Kreitman, M. PY - 1991 DA - 1991// TI - Adaptive Protein Evolution at the Adh Locus in Drosophila JO - Nature VL - 351 UR - https://doi.org/10.1038/351652a0 DO - 10.1038/351652a0 ID - Mcdonald1991 ER - TY - JOUR AU - Mu, J. AU - Awadalla, P. AU - Duan, J. AU - McGee, K. M. AU - Keebler, J. AU - Seydel, K. AU - McVean, G. A. AU - Su, X. Z. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome-wide variation and identification of vaccine targets in the Plasmodium falciparumgenome JO - Nat Genet VL - 39 UR - https://doi.org/10.1038/ng1924 DO - 10.1038/ng1924 ID - Mu2007 ER - TY - JOUR AU - Hartl, D. L. AU - Volkman, S. K. AU - Nielsen, K. M. AU - Barry, A. E. AU - Day, K. P. AU - Wirth, D. F. AU - Winzeler, E. A. PY - 2002 DA - 2002// TI - The paradoxical population genetics of Plasmodium falciparum JO - Trends Parasitol VL - 18 UR - https://doi.org/10.1016/S1471-4922(02)02268-7 DO - 10.1016/S1471-4922(02)02268-7 ID - Hartl2002 ER - TY - JOUR AU - Akashi, H. PY - 1999 DA - 1999// TI - Within- and between-species DNA sequence variation and the 'footprint' of natural selection JO - Gene VL - 238 UR - https://doi.org/10.1016/S0378-1119(99)00294-2 DO - 10.1016/S0378-1119(99)00294-2 ID - Akashi1999 ER - TY - JOUR AU - Drummond, D. A. AU - Bloom, J. D. AU - Adami, C. AU - Wilke, C. O. AU - Arnold, F. H. PY - 2005 DA - 2005// TI - Why highly expressed proteins evolve slowly JO - Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0504070102 DO - 10.1073/pnas.0504070102 ID - Drummond2005 ER - TY - JOUR AU - Rocha, E. P. C. AU - Danchin, A. PY - 2004 DA - 2004// TI - An analysis of determinants of amino acids substitution rates in bacterial proteins JO - Molecular Biology and Evolution VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msh004 DO - 10.1093/molbev/msh004 ID - Rocha2004 ER - TY - JOUR AU - Chanda, I. AU - Pan, A. AU - Dutta, C. PY - 2005 DA - 2005// TI - Proteome composition in Plasmodium falciparum: Higher usage of GC-rich nonsynonymous codons in highly expressed genes JO - Journal of Molecular Evolution VL - 61 UR - https://doi.org/10.1007/s00239-005-0023-5 DO - 10.1007/s00239-005-0023-5 ID - Chanda2005 ER - TY - JOUR AU - Hughes, A. L. AU - Friedman, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Amino acid sequence constraint and gene expression pattern across the life history in the malaria parasite Plasmodium falciparum JO - Molecular and Biochemical Parasitology VL - 142 UR - https://doi.org/10.1016/j.molbiopara.2005.02.014 DO - 10.1016/j.molbiopara.2005.02.014 ID - Hughes2005 ER - TY - JOUR AU - Hudson, R. E. AU - Bergthorsson, U. AU - Ochman, H. PY - 2003 DA - 2003// TI - Transcription increases multiple spontaneous point mutations in Salmonella enterica JO - Nucleic Acids Research VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg651 DO - 10.1093/nar/gkg651 ID - Hudson2003 ER - TY - STD TI - The Plasmodium Genome Ressource Database. [http://www.plasmodb.org/] UR - http://www.plasmodb.org/ ID - ref19 ER - TY - JOUR AU - Higgins, D. G. AU - Sharp, P. M. PY - 1988 DA - 1988// TI - Clustal - a Package for Performing Multiple Sequence Alignment on a Microcomputer JO - Gene VL - 73 UR - https://doi.org/10.1016/0378-1119(88)90330-7 DO - 10.1016/0378-1119(88)90330-7 ID - Higgins1988 ER - TY - JOUR AU - Yang, Z. H. PY - 1997 DA - 1997// TI - PAML: a program package for phylogenetic analysis by maximum likelihood JO - Computer Applications in the Biosciences VL - 13 ID - Yang1997 ER - TY - JOUR AU - Castillo-Davis, C. I. AU - Bedford, T. B. C. AU - Hartl, D. L. PY - 2004 DA - 2004// TI - Accelerated rates of intron gain/loss and protein evolution in duplicate genes in human and mouse malaria parasites JO - Molecular Biology and Evolution VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msh143 DO - 10.1093/molbev/msh143 ID - Castillo-Davis2004 ER - TY - JOUR AU - Yang, Z. H. PY - 1998 DA - 1998// TI - Likelihood ratio tests for detecting positive selection and application to primate lysozyme evolution JO - Molecular Biology and Evolution VL - 15 UR - https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a025957 DO - 10.1093/oxfordjournals.molbev.a025957 ID - Yang1998 ER - TY - STD TI - Generic Gene Ontology (GO) Term Mapper. [http://go.princeton.edu/cgi-bin/GOTermMapper] UR - http://go.princeton.edu/cgi-bin/GOTermMapper ID - ref24 ER - TY - JOUR AU - Le Roch, K. G. AU - Johnson, J. R. AU - Florens, L. AU - Zhou, Y. Y. AU - Santrosyan, A. AU - Grainger, M. AU - Yan, S. F. AU - Williamson, K. C. AU - Holder, A. A. AU - Carucci, D. J. AU - Yates, J. R. AU - Winzeler, E. A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Global analysis of transcript and protein levels across the Plasmodium falciparumlife cycle JO - Genome Research VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.2523904 DO - 10.1101/gr.2523904 ID - Le Roch2004 ER - TY - STD TI - CodonW. [http://codonw.sourceforge.net/] UR - http://codonw.sourceforge.net/ ID - ref26 ER - TY - JOUR AU - Perkins, S. L. AU - Schall, J. J. PY - 2002 DA - 2002// TI - A molecular phylogeny of malarial parasites recovered from cytochrome b gene sequences JO - Journal of Parasitology VL - 88 UR - https://doi.org/10.1645/0022-3395(2002)088[0972:AMPOMP]2.0.CO;2 DO - 10.1645/0022-3395(2002)088[0972:AMPOMP]2.0.CO;2 ID - Perkins2002 ER -