TY - JOUR AU - Bock, J. B. AU - Matern, H. T. AU - Peden, A. A. AU - Scheller, R. H. PY - 2001 DA - 2001// TI - A genomic perspective on membrane compartment organization JO - Nature VL - 409 UR - https://doi.org/10.1038/35057024 DO - 10.1038/35057024 ID - Bock2001 ER - TY - JOUR AU - Pfeffer, S. R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Structural clues to Rab GTPase functional diversity JO - J Biol Chem VL - 280 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.R500003200 DO - 10.1074/jbc.R500003200 ID - Pfeffer2005 ER - TY - JOUR AU - Segev, N. PY - 2001 DA - 2001// TI - Ypt/rab gtpases: regulators of protein trafficking JO - Sci STKE VL - 2001 ID - Segev2001 ER - TY - JOUR AU - Zerial, M. AU - McBride, H. PY - 2001 DA - 2001// TI - Rab proteins as membrane organizers JO - Nat Rev Mol Cell Biol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/35052055 DO - 10.1038/35052055 ID - Zerial2001 ER - TY - JOUR AU - Buvelot Frei, S. AU - Rahl, P. B. AU - Nussbaum, M. AU - Briggs, B. J. AU - Calero, M. AU - Janeczko, S. AU - Regan, A. D. AU - Chen, C. Z. AU - Barral, Y. AU - Whittaker, G. R. AU - Collins, R. N. PY - 2006 DA - 2006// TI - Bioinformatic and comparative localization of rab proteins reveals functional insights into the uncharacterized GTPases ypt10p and ypt11p JO - Mol Cell Biol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.02405-05 DO - 10.1128/MCB.02405-05 ID - Buvelot Frei2006 ER - TY - JOUR AU - Colicelli, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Human RAS superfamily proteins and related GTPases JO - Sci STKE VL - 2004 ID - Colicelli2004 ER - TY - JOUR AU - Pereira-Leal, J. B. AU - Seabra, M. C. PY - 2000 DA - 2000// TI - The mammalian Rab family of small GTPases: definition of family and subfamily sequence motifs suggests a mechanism for functional specificity in the Ras superfamily JO - J Mol Biol VL - 301 UR - https://doi.org/10.1006/jmbi.2000.4010 DO - 10.1006/jmbi.2000.4010 ID - Pereira-Leal2000 ER - TY - JOUR AU - Jedd, G. AU - Richardson, C. AU - Litt, R. AU - Segev, N. PY - 1995 DA - 1995// TI - The Ypt1 GTPase is essential for the first two steps of the yeast secretory pathway JO - J Cell Biol VL - 131 UR - https://doi.org/10.1083/jcb.131.3.583 DO - 10.1083/jcb.131.3.583 ID - Jedd1995 ER - TY - JOUR AU - Jedd, G. AU - Mulholland, J. AU - Segev, N. PY - 1997 DA - 1997// TI - Two new Ypt GTPases are required for exit from the yeast trans-Golgi compartment JO - J Cell Biol VL - 137 UR - https://doi.org/10.1083/jcb.137.3.563 DO - 10.1083/jcb.137.3.563 ID - Jedd1997 ER - TY - JOUR AU - Haubruck, H. AU - Prange, R. AU - Vorgias, C. AU - Gallwitz, D. PY - 1989 DA - 1989// TI - The ras-related mouse ypt1 protein can functionally replace the YPT1 gene product in yeast JO - Embo J VL - 8 ID - Haubruck1989 ER - TY - JOUR AU - Wilcke, M. AU - Johannes, L. AU - Galli, T. AU - Mayau, V. AU - Goud, B. AU - Salamero, J. PY - 2000 DA - 2000// TI - Rab11 regulates the compartmentalization of early endosomes required for efficient transport from early endosomes to the trans-golgi network JO - J Cell Biol VL - 151 UR - https://doi.org/10.1083/jcb.151.6.1207 DO - 10.1083/jcb.151.6.1207 ID - Wilcke2000 ER - TY - JOUR AU - Chen, W. AU - Feng, Y. AU - Chen, D. AU - Wandinger-Ness, A. PY - 1998 DA - 1998// TI - Rab11 is required for trans-golgi network-to-plasma membrane transport and a preferential target for GDP dissociation inhibitor JO - Mol Biol Cell VL - 9 UR - https://doi.org/10.1091/mbc.9.11.3241 DO - 10.1091/mbc.9.11.3241 ID - Chen1998 ER - TY - JOUR AU - Wang, W. AU - Sacher, M. AU - Ferro-Novick, S. PY - 2000 DA - 2000// TI - TRAPP stimulates guanine nucleotide exchange on Ypt1p JO - J Cell Biol VL - 151 UR - https://doi.org/10.1083/jcb.151.2.289 DO - 10.1083/jcb.151.2.289 ID - Wang2000 ER - TY - JOUR AU - Jones, S. AU - Newman, C. AU - Liu, F. AU - Segev, N. PY - 2000 DA - 2000// TI - The TRAPP complex is a nucleotide exchanger for Ypt1 and Ypt31/32 JO - Mol Biol Cell VL - 11 UR - https://doi.org/10.1091/mbc.11.12.4403 DO - 10.1091/mbc.11.12.4403 ID - Jones2000 ER - TY - JOUR AU - Sacher, M. AU - Barrowman, J. AU - Wang, W. AU - Horecka, J. AU - Zhang, Y. AU - Pypaert, M. AU - Ferro-Novick, S. PY - 2001 DA - 2001// TI - TRAPP I implicated in the specificity of tethering in ER-to-Golgi transport JO - Mol Cell VL - 7 UR - https://doi.org/10.1016/S1097-2765(01)00190-3 DO - 10.1016/S1097-2765(01)00190-3 ID - Sacher2001 ER - TY - JOUR AU - Morozova, N. AU - Liang, Y. AU - Tokarev, A. A. AU - Chen, S. H. AU - Cox, R. AU - Andrejic, J. AU - Lipatova, Z. AU - Sciorra, V. A. AU - Emr, S. D. AU - Segev, N. PY - 2006 DA - 2006// TI - TRAPPII subunits are required for the specificity switch of a Ypt-Rab GEF JO - Nat Cell Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/ncb1489 DO - 10.1038/ncb1489 ID - Morozova2006 ER - TY - JOUR AU - Kim, Y. G. AU - Raunser, S. AU - Munger, C. AU - Wagner, J. AU - Song, Y. L. AU - Cygler, M. AU - Walz, T. AU - Oh, B. H. AU - Sacher, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - The architecture of the multisubunit TRAPP I complex suggests a model for vesicle tethering JO - Cell VL - 127 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2006.09.029 DO - 10.1016/j.cell.2006.09.029 ID - Kim2006 ER - TY - JOUR AU - Cai, H. AU - Zhang, Y. AU - Pypaert, M. AU - Walker, L. AU - Ferro-Novick, S. PY - 2005 DA - 2005// TI - Mutants in trs120 disrupt traffic from the early endosome to the late Golgi JO - J Cell Biol VL - 171 UR - https://doi.org/10.1083/jcb.200505145 DO - 10.1083/jcb.200505145 ID - Cai2005 ER - TY - JOUR AU - Loh, E. AU - Peter, F. AU - Subramaniam, V. N. AU - Hong, W. PY - 2005 DA - 2005// TI - Mammalian Bet3 functions as a cytosolic factor participating in transport from the ER to the Golgi apparatus JO - J Cell Sci VL - 118 UR - https://doi.org/10.1242/jcs.01723 DO - 10.1242/jcs.01723 ID - Loh2005 ER - TY - JOUR AU - Gavin, A. C. AU - Bosche, M. AU - Krause, R. AU - Grandi, P. AU - Marzioch, M. AU - Bauer, A. AU - Schultz, J. AU - Rick, J. M. AU - Michon, A. M. AU - Cruciat, C. M. AU - Remor, M. AU - Hofert, C. AU - Schelder, M. AU - Brajenovic, M. AU - Ruffner, H. AU - Merino, A. AU - Klein, K. AU - Hudak, M. AU - Dickson, D. AU - Rudi, T. AU - Gnau, V. AU - Bauch, A. AU - Bastuck, S. AU - Huhse, B. AU - Leutwein, C. AU - Heurtier, M. A. AU - Copley, R. R. AU - Edelmann, A. AU - Querfurth, E. AU - Rybin, V. AU - Drewes, G. AU - Raida, M. AU - Bouwmeester, T. AU - Bork, P. AU - Seraphin, B. AU - Kuster, B. AU - Neubauer, G. AU - Superti-Furga, G. PY - 2002 DA - 2002// TI - Functional organization of the yeast proteome by systematic analysis of protein complexes JO - Nature VL - 415 UR - https://doi.org/10.1038/415141a DO - 10.1038/415141a ID - Gavin2002 ER - TY - JOUR AU - Hu, W. H. AU - Pendergast, J. S. AU - Mo, X. M. AU - Brambilla, R. AU - Bracchi-Ricard, V. AU - Li, F. AU - Walters, W. M. AU - Blits, B. AU - He, L. AU - Schaal, S. M. AU - Bethea, J. R. PY - 2005 DA - 2005// TI - NIBP, a novel NIK and IKK(beta)-binding protein that enhances NF-(kappa)B activation JO - J Biol Chem VL - 280 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M501670200 DO - 10.1074/jbc.M501670200 ID - Hu2005 ER - TY - JOUR AU - Lafreniere, R. G. AU - Kibar, Z. AU - Rochefort, D. L. AU - Han, F. Y. AU - Fon, E. A. AU - Dube, M. P. AU - Kang, X. AU - Baird, S. AU - Korneluk, R. G. AU - Rommens, J. M. AU - Rouleau, G. A. PY - 1997 DA - 1997// TI - Genomic structure of the human GT334 (EHOC-1) gene mapping to 21q22.3 JO - Gene VL - 198 UR - https://doi.org/10.1016/S0378-1119(97)00333-8 DO - 10.1016/S0378-1119(97)00333-8 ID - Lafreniere1997 ER - TY - JOUR AU - Nagamine, K. AU - Kudoh, J. AU - Kawasaki, K. AU - Minoshima, S. AU - Asakawa, S. AU - Ito, F. AU - Shimizu, N. PY - 1997 DA - 1997// TI - Genomic organization and complete nucleotide sequence of the TMEM1 gene on human chromosome 21q22.3 JO - Biochem Biophys Res Commun VL - 235 UR - https://doi.org/10.1006/bbrc.1997.6758 DO - 10.1006/bbrc.1997.6758 ID - Nagamine1997 ER - TY - JOUR AU - Yamakawa, K. AU - Mitchell, S. AU - Hubert, R. AU - Chen, X. N. AU - Colbern, S. AU - Huo, Y. K. AU - Gadomski, C. AU - Kim, U. J. AU - Korenberg, J. R. PY - 1995 DA - 1995// TI - Isolation and characterization of a candidate gene for progressive myoclonus epilepsy on 21q22.3 JO - Hum Mol Genet VL - 4 UR - https://doi.org/10.1093/hmg/4.4.709 DO - 10.1093/hmg/4.4.709 ID - Yamakawa1995 ER - TY - JOUR AU - Tong, A. H. AU - Lesage, G. AU - Bader, G. D. AU - Ding, H. AU - Xu, H. AU - Xin, X. AU - Young, J. AU - Berriz, G. F. AU - Brost, R. L. AU - Chang, M. AU - Chen, Y. AU - Cheng, X. AU - Chua, G. AU - Friesen, H. AU - Goldberg, D. S. AU - Haynes, J. AU - Humphries, C. AU - He, G. AU - Hussein, S. AU - Ke, L. AU - Krogan, N. AU - Li, Z. AU - Levinson, J. N. AU - Lu, H. AU - Menard, P. AU - Munyana, C. AU - Parsons, A. B. AU - Ryan, O. AU - Tonikian, R. AU - Roberts, T. AU - Sdicu, A. M. AU - Shapiro, J. AU - Sheikh, B. AU - Suter, B. AU - Wong, S. L. AU - Zhang, L. V. AU - Zhu, H. AU - Burd, C. G. AU - Munro, S. AU - Sander, C. AU - Rine, J. AU - Greenblatt, J. AU - Peter, M. AU - Bretscher, A. AU - Bell, G. AU - Roth, F. P. AU - Brown, G. W. AU - Andrews, B. AU - Bussey, H. AU - Boone, C. PY - 2004 DA - 2004// TI - Global mapping of the yeast genetic interaction network JO - Science VL - 303 UR - https://doi.org/10.1126/science.1091317 DO - 10.1126/science.1091317 ID - Tong2004 ER - TY - JOUR AU - Sciorra, V. A. AU - Audhya, A. AU - Parsons, A. B. AU - Segev, N. AU - Boone, C. AU - Emr, S. D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Synthetic genetic array analysis of the PtdIns 4-kinase Pik1p identifies components in a Golgi-specific Ypt31/rab-GTPase signaling pathway JO - Mol Biol Cell VL - 16 UR - https://doi.org/10.1091/mbc.E04-08-0700 DO - 10.1091/mbc.E04-08-0700 ID - Sciorra2005 ER - TY - JOUR AU - Brown, J. L. AU - Kossaczka, Z. AU - Jiang, B. AU - Bussey, H. PY - 1993 DA - 1993// TI - A mutational analysis of killer toxin resistance in Saccharomyces cerevisiae identifies new genes involved in cell wall (1-->6)-beta-glucan synthesis JO - Genetics VL - 133 ID - Brown1993 ER - TY - JOUR AU - Adl, S. M. AU - Simpson, A. G. AU - Farmer, M. A. AU - Andersen, R. A. AU - Anderson, O. R. AU - Barta, J. R. AU - Bowser, S. S. AU - Brugerolle, G. AU - Fensome, R. A. AU - Fredericq, S. AU - James, T. Y. AU - Karpov, S. AU - Kugrens, P. AU - Krug, J. AU - Lane, C. E. AU - Lewis, L. A. AU - Lodge, J. AU - Lynn, D. H. AU - Mann, D. G. AU - McCourt, R. M. AU - Mendoza, L. AU - Moestrup, O. AU - Mozley-Standridge, S. E. AU - Nerad, T. A. AU - Shearer, C. A. AU - Smirnov, A. V. AU - Spiegel, F. W. AU - Taylor, M. F. PY - 2005 DA - 2005// TI - The new higher level classification of eukaryotes with emphasis on the taxonomy of protists JO - J Eukaryot Microbiol VL - 52 UR - https://doi.org/10.1111/j.1550-7408.2005.00053.x DO - 10.1111/j.1550-7408.2005.00053.x ID - Adl2005 ER - TY - JOUR AU - Soding, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Protein homology detection by HMM-HMM comparison JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti125 DO - 10.1093/bioinformatics/bti125 ID - Soding2005 ER - TY - JOUR AU - Letunic, I. AU - Goodstadt, L. AU - Dickens, N. J. AU - Doerks, T. AU - Schultz, J. AU - Mott, R. AU - Ciccarelli, F. AU - Copley, R. R. AU - Ponting, C. P. AU - Bork, P. PY - 2002 DA - 2002// TI - Recent improvements to the SMART domain-based sequence annotation resource JO - Nucleic Acids Res VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/nar/30.1.242 DO - 10.1093/nar/30.1.242 ID - Letunic2002 ER - TY - JOUR AU - Schultz, J. AU - Milpetz, F. AU - Bork, P. AU - Ponting, C. P. PY - 1998 DA - 1998// TI - SMART, a simple modular architecture research tool: identification of signaling domains JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 95 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.95.11.5857 DO - 10.1073/pnas.95.11.5857 ID - Schultz1998 ER - TY - JOUR AU - Jones, S. AU - Richardson, C. J. AU - Litt, R. J. AU - Segev, N. PY - 1998 DA - 1998// TI - Identification of regulators for Ypt1 GTPase nucleotide cycling JO - Mol Biol Cell VL - 9 UR - https://doi.org/10.1091/mbc.9.10.2819 DO - 10.1091/mbc.9.10.2819 ID - Jones1998 ER - TY - JOUR AU - Sacher, M. AU - Barrowman, J. AU - Schieltz, D. AU - Yates, J. R. AU - Ferro-Novick, S. PY - 2000 DA - 2000// TI - Identification and characterization of five new subunits of TRAPP JO - Eur J Cell Biol VL - 79 UR - https://doi.org/10.1078/S0171-9335(04)70009-6 DO - 10.1078/S0171-9335(04)70009-6 ID - Sacher2000 ER - TY - STD TI - Dolinski K, Balakrishnan R, Christie KR, Costanzo MC, Dwight SS, Engel SR, Fisk DG, Hirschman JE, Hong EL, Issel-Tarver L, Sethuraman A, Theesfeld CL, Binkley G, Lane C, Schroeder M, Dong S, Weng S, Andrada R, Botstein D, Cherry JM: Saccharomyces Genome Database. [http://www.yeastgenome.org/] UR - http://www.yeastgenome.org/ ID - ref34 ER - TY - JOUR AU - Mitaku, S. AU - Hirokawa, T. AU - Tsuji, T. PY - 2002 DA - 2002// TI - Amphiphilicity index of polar amino acids as an aid in the characterization of amino acid preference at membrane-water interfaces JO - Bioinformatics VL - 18 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/18.4.608 DO - 10.1093/bioinformatics/18.4.608 ID - Mitaku2002 ER - TY - JOUR AU - Ikeda, M. AU - Arai, M. AU - Lao, D. M. AU - Shimizu, T. PY - 2002 DA - 2002// TI - Transmembrane topology prediction methods: a re-assessment and improvement by a consensus method using a dataset of experimentally-characterized transmembrane topologies JO - In Silico Biol VL - 2 ID - Ikeda2002 ER - TY - JOUR AU - Segev, N. PY - 2001 DA - 2001// TI - Ypt and Rab GTPases: insight into functions through novel interactions JO - Curr Opin Cell Biol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1016/S0955-0674(00)00242-8 DO - 10.1016/S0955-0674(00)00242-8 ID - Segev2001 ER - TY - STD TI - Proteome BioKnowledge Library. [http://www.incyte.com/sequence/proteome/index.shtml] UR - http://www.incyte.com/sequence/proteome/index.shtml ID - ref38 ER - TY - JOUR AU - Gedeon, A. K. AU - Colley, A. AU - Jamieson, R. AU - Thompson, E. M. AU - Rogers, J. AU - Sillence, D. AU - Tiller, G. E. AU - Mulley, J. C. AU - Gecz, J. PY - 1999 DA - 1999// TI - Identification of the gene (SEDL) causing X-linked spondyloepiphyseal dysplasia tarda JO - Nat Genet VL - 22 UR - https://doi.org/10.1038/11976 DO - 10.1038/11976 ID - Gedeon1999 ER - TY - JOUR AU - Muenke, M. AU - Bone, L. J. AU - Mitchell, H. F. AU - Hart, I. AU - Walton, K. AU - Hall-Johnson, K. AU - Ippel, E. F. AU - Dietz-Band, J. AU - Kvaloy, K. AU - Fan, C. M. PY - 1995 DA - 1995// TI - Physical mapping of the holoprosencephaly critical region in 21q22.3, exclusion of SIM2 as a candidate gene for holoprosencephaly, and mapping of SIM2 to a region of chromosome 21 important for Down syndrome JO - Am J Hum Genet VL - 57 ID - Muenke1995 ER - TY - JOUR AU - Benson, D. A. AU - Karsch-Mizrachi, I. AU - Lipman, D. J. AU - Ostell, J. AU - Wheeler, D. L. PY - 2003 DA - 2003// TI - GenBank JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg057 DO - 10.1093/nar/gkg057 ID - Benson2003 ER - TY - JOUR AU - Thompson, J. D. AU - Higgins, D. G. AU - Gibson, T. J. PY - 1994 DA - 1994// TI - CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice JO - Nucleic Acids Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/nar/22.22.4673 DO - 10.1093/nar/22.22.4673 ID - Thompson1994 ER - TY - CHAP AU - Swofford, D. L. PY - 2003 DA - 2003// BT - Phylogenetic Analysis Using Parsimony (*and Other Methods). PB - Sinauer Associates CY - Sunderland, Massachusetts ID - Swofford2003 ER - TY - JOUR AU - Guindon, S. AU - Lethiec, F. AU - Duroux, P. AU - Gascuel, O. PY - 2005 DA - 2005// TI - PHYML Online--a web server for fast maximum likelihood-based phylogenetic inference JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki352 DO - 10.1093/nar/gki352 ID - Guindon2005 ER - TY - JOUR AU - Page, R. D. PY - 1996 DA - 1996// TI - TreeView: an application to display phylogenetic trees on personal computers JO - Comput Appl Biosci VL - 12 ID - Page1996 ER - TY - JOUR AU - Schroder, S. AU - Schimmoller, F. AU - Singer-Kruger, B. AU - Riezman, H. PY - 1995 DA - 1995// TI - The Golgi-localization of yeast Emp47p depends on its di-lysine motif but is not affected by the ret1-1 mutation in alpha-COP JO - J Cell Biol VL - 131 UR - https://doi.org/10.1083/jcb.131.4.895 DO - 10.1083/jcb.131.4.895 ID - Schroder1995 ER - TY - CHAP AU - Rose, M. AU - Winston, F. AU - Heiter, P. PY - 1988 DA - 1988// BT - Methods in Yeast Genetics PB - Cold Spring Harbor Laboratory CY - Cold Spring Harbor, NY ID - Rose1988 ER - TY - JOUR AU - Chen, S. H. AU - Chen, S. AU - Tokarev, A. A. AU - Liu, F. AU - Jedd, G. AU - Segev, N. PY - 2005 DA - 2005// TI - Ypt31/32 GTPases and their novel F-box effector protein Rcy1 regulate protein recycling JO - Mol Biol Cell VL - 16 UR - https://doi.org/10.1091/mbc.E04-03-0258 DO - 10.1091/mbc.E04-03-0258 ID - Chen2005 ER - TY - JOUR AU - Nothwehr, S. F. AU - Hindes, A. E. PY - 1997 DA - 1997// TI - The yeast VPS5/GRD2 gene encodes a sorting nexin-1-like protein required for localizing membrane proteins to the late Golgi JO - J Cell Sci VL - 110 ( Pt 9) ID - Nothwehr1997 ER - TY - STD TI - Cox R, Chen SH, Yoo E, Segev N: Conservation of the TRAPPĀ II-specific subunits of a Ypt/Rab exchanger complex. [http://www.uic.edu/~nava/papers/TRAPPII] UR - http://www.uic.edu/~nava/papers/TRAPPII ID - ref50 ER - TY - JOUR AU - Barton, G. J. PY - 1993 DA - 1993// TI - ALSCRIPT: a tool to format multiple sequence alignments JO - Protein Eng VL - 6 UR - https://doi.org/10.1093/protein/6.1.37 DO - 10.1093/protein/6.1.37 ID - Barton1993 ER - TY - JOUR AU - Kummel, D. AU - Muller, J. J. AU - Roske, Y. AU - Misselwitz, R. AU - Bussow, K. AU - Heinemann, U. PY - 2005 DA - 2005// TI - The structure of the TRAPP subunit TPC6 suggests a model for a TRAPP subcomplex JO - EMBO Rep VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/sj.embor.7400463 DO - 10.1038/sj.embor.7400463 ID - Kummel2005 ER -