Skip to main content

Table 2 Base composition and χ2 tests of homogeneity

From: Short-wavelength sensitive opsin (SWS1) as a new marker for vertebrate phylogenetics

   A C G T Avg # bps χ2 df p
All sites Fish 0.214 0.290 0.249 0.247 1008 40.53 48 0.770
  Reptiles 0.165 0.344 0.263 0.228 932.7 18.77 45 1.000
  Mammals 0.191 0.293 0.246 0.271 1029 36.98 69 0.999
  Tetrapods 0.197 0.315 0.242 0.246 995.4 419.3 129 <<0.001
  Vertebrates 0.210 0.306 0.239 0.245 999.6 613.4 183 <<0.001
Codon #1 Fish 0.266 0.160 0.289 0.286 336.0 7.590 48 1.000
  Reptiles 0.235 0.198 0.295 0.271 310.9 8.498 45 1.000
  Mammals 0.242 0.205 0.282 0.272 342.9 12.94 69 1.000
  Tetrapods 0.260 0.198 0.279 0.263 331.8 37.29 129 1.000
  Vertebrates 0.281 0.171 0.279 0.269 333.2 97.57 183 1.000
Codon #2 Fish 0.230 0.262 0.163 0.345 336.0 3.147 48 1.000
  Reptiles 0.220 0.244 0.184 0.352 310.9 10.32 45 1.000
  Mammals 0.221 0.235 0.184 0.359 342.9 5.601 69 1.000
  Tetrapods 0.222 0.244 0.179 0.356 331.8 18.94 129 1.000
  Vertebrates 0.224 0.250 0.176 0.349 333.2 76.50 183 1.000
Codon #3 Fish 0.143 0.392 0.280 0.186 336.6 84.81 48 0.001
  Reptiles 0.050 0.588 0.311 0.051 310.8 92.56 45 <<0.001
  Mammals 0.118 0.416 0.266 0.200 342.9 66.27 69 0.571
  Tetrapods 0.129 0.454 0.253 0.164 331.7 1363.3 129 <<0.001
  Vertebrates 0.143 0.432 0.245 0.179 333.1 1678.6 183 <<0.001