TY - CHAP AU - Darwin, C. ED - Darwin, F. ED - Seward, A. C. PY - 1903 DA - 1903// TI - Letter to J. D. Hooker BT - More letters of Charles Darwin PB - John Murray CY - London ID - Darwin1903 ER - TY - JOUR AU - Donoghue, D. J. AU - Mathews, S. PY - 1998 DA - 1998// TI - Duplicate genes and the root of angiosperms, with an example using phytochrome sequences JO - Mol Phylogen Evol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1006/mpev.1998.0511 DO - 10.1006/mpev.1998.0511 ID - Donoghue1998 ER - TY - JOUR AU - Mathews, S. AU - Donoghue, M. J. PY - 1999 DA - 1999// TI - The root of angiosperm phylogeny inferred from duplicate phytochrome genes JO - Science VL - 286 UR - https://doi.org/10.1126/science.286.5441.947 DO - 10.1126/science.286.5441.947 ID - Mathews1999 ER - TY - JOUR AU - Barkman, T. J. AU - Chenery, G. AU - McNeal, J. R. AU - Lyons-Weiler, J. AU - Ellisens, W. J. AU - Moore, G. AU - Wolfe, A. D. AU - dePamphilis, C. W. PY - 2000 DA - 2000// TI - Independent and combined analyses of sequences from all three genomic compartments converge on the root of flowering plant phylogeny JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 97 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.220427497 DO - 10.1073/pnas.220427497 ID - Barkman2000 ER - TY - JOUR AU - Doyle, J. A. AU - Endress, P. K. PY - 2000 DA - 2000// TI - Morphological phylogenetic analysis of basal angiosperms: Comparison and combination with molecular data JO - Int J Plt Sci VL - 161 UR - https://doi.org/10.1086/317578 DO - 10.1086/317578 ID - Doyle2000 ER - TY - JOUR AU - Graham, S. W. AU - Olmstead, R. G. PY - 2000 DA - 2000// TI - Utility of 17 chloroplast genes for inferring the phylogeny of the basal angiosperms JO - Am J Bot VL - 87 UR - https://doi.org/10.2307/2656749 DO - 10.2307/2656749 ID - Graham2000 ER - TY - JOUR AU - Zanis, M. J. AU - Soltis, D. E. AU - Soltis, P. S. AU - Mathews, S. AU - Donoghue, M. J. PY - 2002 DA - 2002// TI - The root of the angiosperms revisited JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 99 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.092136399 DO - 10.1073/pnas.092136399 ID - Zanis2002 ER - TY - JOUR AU - Borsch, T. AU - Hilu, K. W. AU - Quandt, D. V. AU - Wilde Neinhuis, C. AU - Barthlott, W. PY - 2003 DA - 2003// TI - Noncoding plastid trnT-trnF sequences reveal a well-resolved phylogeny of basal angiosperms JO - J Evol Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1046/j.1420-9101.2003.00577.x DO - 10.1046/j.1420-9101.2003.00577.x ID - Borsch2003 ER - TY - JOUR AU - Goremykin, V. V. AU - Hirsch-Ernst, K. I. AU - Wolfl, S. AU - Hellwig, F. H. PY - 2003 DA - 2003// TI - Analysis of the Amborella trichopoda chloroplast genome sequence suggests that Amborella is not a basal angiosperm JO - Mol Biol Evol VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msg159 DO - 10.1093/molbev/msg159 ID - Goremykin2003 ER - TY - JOUR AU - Goremykin, V. V. AU - Hirsch-Ernst, K. I. AU - Wolfl, S. AU - Hellwig, F. H. PY - 2004 DA - 2004// TI - The chloroplast genome of Nymphaea alba: whole-genome analyses and the problem of identifying the most basal angiosperm JO - Mol Biol Evol VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msh147 DO - 10.1093/molbev/msh147 ID - Goremykin2004 ER - TY - JOUR AU - Goremykin, V. V. AU - Holland, B. AU - Hirsch-Ernst, K. I. AU - Hellwig, F. H. PY - 2005 DA - 2005// TI - Analysis of Acorus calamus chloroplast genome and its phylogenetic implications JO - Mol Biol Evol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msi173 DO - 10.1093/molbev/msi173 ID - Goremykin2005 ER - TY - JOUR AU - Davies, T. J. AU - Barraclough, T. G. AU - Chase, M. W. AU - Soltis, P. S. AU - Soltis, D. E. AU - Savolainen, V. PY - 2004 DA - 2004// TI - Darwin's abominable mystery: insights from a supertree of the angiosperms JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 101 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0308127100 DO - 10.1073/pnas.0308127100 ID - Davies2004 ER - TY - JOUR AU - Soltis, D. E. AU - Soltis, P. S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Amborella not a "basal angiosperm"? Not so fast JO - Amer J Bot VL - 91 UR - https://doi.org/10.3732/ajb.91.6.997 DO - 10.3732/ajb.91.6.997 ID - Soltis2004 ER - TY - JOUR AU - Qiu, Y. -. L. AU - Lee, J. AU - Bernasconi-Quadroni, F. AU - Soltis, D. E. AU - Soltis, P. S. AU - Zanis, M. AU - Zimmer, E. A. AU - Chen, Z. AU - Savolainen, V. AU - Chase, M. W. PY - 1999 DA - 1999// TI - The earliest angiosperms: evidence from mitochondrial, plastid and nuclear genomes JO - Nature VL - 402 UR - https://doi.org/10.1038/46536 DO - 10.1038/46536 ID - Qiu1999 ER - TY - JOUR AU - Qiu, Y. -. L. AU - Lee, J. AU - Bernasconi-Quadroni, F. AU - Soltis, D. E. AU - Soltis, P. S. AU - Zanis, M. AU - Zimmer, E. A. AU - Chen, Z. AU - Savolainen, V. AU - Chase, M. W. PY - 2000 DA - 2000// TI - Phylogeny of basal angiosperms: analyses of five genes from three genomes JO - Int J Plt Sci VL - 161 UR - https://doi.org/10.1086/317584 DO - 10.1086/317584 ID - Qiu2000 ER - TY - JOUR AU - Qiu, Y. -. L. AU - Dombrovska, O. AU - Lee, J. AU - Li, L. AU - Whitlock, B. A. AU - Bernasconi-Quadroni, F. AU - Rest, J. S. AU - Davis, C. C. AU - Borsch, T. AU - Hilu, K. W. AU - Renner, S. S. AU - Soltis, D. E. AU - Soltis, P. S. AU - Zanis, M. J. AU - Cannone, J. J. AU - Gutell, R. R. AU - Powell, M. AU - Savolainen, V. AU - Chatrou, L. W. AU - Chase, M. W. PY - 2005 DA - 2005// TI - Phylogenetic analysis of basal angiosperms based on nine plastid, mitochondrial, and nuclear genes JO - Int J Plt Sci VL - 166 UR - https://doi.org/10.1086/431800 DO - 10.1086/431800 ID - Qiu2005 ER - TY - CHAP AU - Qiu, Y. -. L. AU - Li, L. AU - Hendry, T. AU - Li, R. AU - Taylor, D. W. AU - Issa, M. J. AU - Ronen, A. J. AU - Vekaria, M. L. AU - White, A. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Reconstructing the basal angiosperm phylogeny: evaluating information content of the mitochondrial genes BT - Taxon ID - Qiu2006 ER - TY - JOUR AU - Leebens-Mack, J. AU - Raubeson, L. A. AU - Cui, L. AU - Kuehl, J. AU - Fourcade, M. AU - Chumley, T. AU - Boore, J. L. AU - Jansen, R. K. AU - dePamphilis, C. W. PY - 2005 DA - 2005// TI - Identifying the basal angiosperms in chloroplast genome phylogenies: sampling one's way out of the Felsenstein zone JO - Mol Biol Evol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msi191 DO - 10.1093/molbev/msi191 ID - Leebens-Mack2005 ER - TY - JOUR AU - Chang, C. -. C. AU - Lin, H. -. C. AU - Lin, I. -. P. AU - Chow, T. -. Y. AU - Chen, H. -. H. AU - Chen, W. -. H. AU - Cheng, C. -. H. AU - Lin, C. -. Y. AU - Liu, S. -. M. AU - Chang, C. -. C. AU - Chaw, S. -. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - The chloroplast genome of Phalaenopsis aphrodite (Orchidaceae): comparative analysis of evolutionary rate with that of grasses and its phylogenetic implications JO - Mol Biol Evol VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msj029 DO - 10.1093/molbev/msj029 ID - Chang2006 ER - TY - JOUR AU - Stefanovic, S. AU - Rice, D. W. AU - Palmer, J. D. PY - 2004 DA - 2004// TI - Long branch attraction, taxon sampling, and the earliest angiosperms: Amborella or monocots? JO - BMC Evol Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2148-4-35 DO - 10.1186/1471-2148-4-35 ID - Stefanovic2004 ER - TY - JOUR AU - Martin, W. AU - Deusch, O. AU - Stawski, N. AU - Grunheit, N. AU - Goremykin, V. PY - 2005 DA - 2005// TI - Chloroplast genome phylogenetics: why we need independent approaches to plant molecular evolution JO - Trends Plant Sci VL - 10 UR - https://doi.org/10.1016/j.tplants.2005.03.007 DO - 10.1016/j.tplants.2005.03.007 ID - Martin2005 ER - TY - JOUR AU - Soltis, D. E. AU - Albert, V. A. AU - Savolainen, V. AU - Hilu, K. AU - Qiu, Y. -. Q. AU - Chase, M. W. AU - Farris, J. S. AU - Stefanović, S. AU - Rice, D. W. AU - Palmer, J. D. AU - Soltis, P. S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Genome-scale data, angiosperm relationships, and 'ending incongruence': a cautionary tale in phylogenetics JO - Trends Plant Sci VL - 9 UR - https://doi.org/10.1016/j.tplants.2004.08.008 DO - 10.1016/j.tplants.2004.08.008 ID - Soltis2004 ER - TY - JOUR AU - Lockhart, P. J. AU - Penny, D. PY - 2005 DA - 2005// TI - The place of Amborella within the radiation of angiosperms JO - Trends Plant Sci VL - 10 UR - https://doi.org/10.1016/j.tplants.2005.03.006 DO - 10.1016/j.tplants.2005.03.006 ID - Lockhart2005 ER - TY - JOUR AU - Goremykin, V. V. AU - Hirsch-Ernst, K. I. AU - Wolfl, S. AU - Hellwig, F. H. PY - 2003 DA - 2003// TI - The chloroplast genome of the "basal" angiosperm Calycanthus fertilis – structural and phylogenetic analyses JO - Plt Syst Evol VL - 242 UR - https://doi.org/10.1007/s00606-003-0056-4 DO - 10.1007/s00606-003-0056-4 ID - Goremykin2003 ER - TY - BOOK AU - Soltis, D. E. AU - Soltis, P. S. AU - Endress, P. K. AU - Chase, M. W. PY - 2005 DA - 2005// TI - Phylogeny and evolution of Angiosperms PB - Sinauer Associates Inc CY - Sunderland Massachusetts ID - Soltis2005 ER - TY - JOUR AU - Soltis, P. S. AU - Soltis, D. E. AU - Chase, M. W. PY - 1999 DA - 1999// TI - Angiosperm phylogeny inferred from multiple genes as a tool for comparative biology JO - Nature VL - 402 UR - https://doi.org/10.1038/46528 DO - 10.1038/46528 ID - Soltis1999 ER - TY - JOUR AU - Soltis, D. E. AU - Soltis, P. S. AU - Chase, M. W. AU - Mort, M. E. AU - Albach, D. C. AU - Zanis, M. AU - Savolainen, V. AU - Hahn, W. J. AU - Hoot, S. B. AU - Fay, M. F. AU - Axtell, M. AU - Swensen, S. M. AU - Prince, L. M. AU - Kress, W. J. AU - Nixon, K. C. AU - Farris, J. S. PY - 2000 DA - 2000// TI - Angiosperm phylogeny inferred from 18S rDNA, rbcL, and atpB sequences JO - Bot J Linn Soc VL - 133 UR - https://doi.org/10.1111/j.1095-8339.2000.tb01588.x DO - 10.1111/j.1095-8339.2000.tb01588.x ID - Soltis2000 ER - TY - JOUR AU - Zanis, M. J. AU - Soltis, P. S. AU - Qiu, Y. -. L. AU - Zimmer, E. A. AU - Soltis, D. E. PY - 2003 DA - 2003// TI - Phylogenetic analyses and perianth evolution in basal angiosperms JO - Ann Missouri Bot Gard VL - 90 UR - https://doi.org/10.2307/3298579 DO - 10.2307/3298579 ID - Zanis2003 ER - TY - JOUR AU - Hilu, K. W. AU - Borsch, T. AU - Muller, K. AU - Soltis, D. E. AU - Soltis, P. S. AU - Savolainen, V. AU - Chase, M. AU - Powell, M. AU - Alice, L. AU - Evans, R. AU - Sauquet, H. AU - Neinhuis, C. AU - Slotta, T. AU - Rohwer, J. AU - Chatrou, L. PY - 2003 DA - 2003// TI - Inference of angiosperm phylogeny based on matK sequence information JO - Amer J Bot VL - 90 UR - https://doi.org/10.3732/ajb.90.12.1758 DO - 10.3732/ajb.90.12.1758 ID - Hilu2003 ER - TY - JOUR AU - Kim, S. AU - Koh, J. AU - Yoo, M. J. AU - Kong, H. AU - Hu, Y. AU - Ma, H. AU - Soltis, P. S. AU - Soltis, D. E. PY - 2005 DA - 2005// TI - Expression of floral MADS-box genes in basal angiosperms: implications for the evolution of floral regulators JO - Plant J VL - 43 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2005.02487.x DO - 10.1111/j.1365-313X.2005.02487.x ID - Kim2005 ER - TY - JOUR AU - Margulies, M. AU - Egholm, M. AU - Altman, W. E. AU - Attiya, S. AU - Bader, J. S. AU - Bemben, L. A. AU - Berka, J. AU - Braverman, M. S. AU - Chen, Y. J. AU - Chen, Z. AU - Dewell, S. B. AU - Du, L. AU - Fierro, J. M. AU - Gomes, X. V. AU - Godwin, B. C. AU - He, W. AU - Helgesen, S. AU - Ho, C. H. AU - Irzyk, G. P. AU - Jando, S. C. AU - Alenquer, M. L. AU - Jarvie, T. P. AU - Jirage, K. B. AU - Kim, J. B. AU - Knight, J. R. AU - Lanza, J. R. AU - Leamon, J. H. AU - Lefkowitz, S. M. AU - Lei, M. AU - Li, J. AU - Lohman, K. L. AU - Lu, H. AU - Makhijani, V. B. AU - McDade, K. E. AU - McKenna, M. P. AU - Myers, E. W. AU - Nickerson, E. AU - Nobile, J. R. AU - Plant, R. AU - Puc, B. P. AU - Ronan, M. T. AU - Roth, G. T. AU - Sarkis, G. J. AU - Simons, J. F. AU - Simpson, J. W. AU - Srinivasan, M. AU - Tartaro, K. R. AU - Tomasz, A. AU - Vogt, K. A. AU - Volkmer, G. A. AU - Wang, S. H. AU - Wang, Y. AU - Weiner, M. P. AU - Yu, P. AU - Begley, R. F. AU - Rothberg, J. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genome sequencing in microfabricated high-density picolitre reactors JO - Nature VL - 437 ID - Margulies2005 ER - TY - JOUR AU - Shimodaira, H. AU - Hasegawa, M. PY - 1999 DA - 1999// TI - Multiple comparisons of log-likelihoods with applications to phylogenetic inference JO - Mol Biol Evol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a026201 DO - 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026201 ID - Shimodaira1999 ER - TY - CHAP AU - Raubeson, L. A. AU - Jansen, R. K. ED - Henry, H. PY - 2005 DA - 2005// TI - Chloroplast genomes of plants BT - Diversity and Evolution of Plants-Genotypic and Phenotypic Variation in Higher Plants PB - CABI Publishing CY - Wallingford UR - https://doi.org/10.1079/9780851999043.0045 DO - 10.1079/9780851999043.0045 ID - Raubeson2005 ER - TY - JOUR AU - Goulding, S. E. AU - Olmstead, R. G. AU - Morden, C. W. AU - Wolfe, K. H. PY - 1996 DA - 1996// TI - Ebb and flow of the chloroplast inverted repeat JO - Mol Gen Gen VL - 252 UR - https://doi.org/10.1007/BF02173220 DO - 10.1007/BF02173220 ID - Goulding1996 ER - TY - JOUR AU - Sugiura, C. AU - Kobayashi, Y. AU - Aoki, S. AU - Sugita, C. AU - Sugita, M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Complete chloroplast DNA sequence of the moss Physcomitrella patens: evidence for the loss and relocation of rpoA from the chloroplast to the nucleus JO - Nucl Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg726 DO - 10.1093/nar/gkg726 ID - Sugiura2003 ER - TY - JOUR AU - Palmer, J. D. AU - Nugent, J. M. AU - Herbon, L. A. PY - 1987 DA - 1987// TI - Unusual structure of geranium chloroplast DNA – A triple-sized inverted repeat, extensive gene duplications, multiple inversions, and 2 repeat families JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 84 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.84.3.769 DO - 10.1073/pnas.84.3.769 ID - Palmer1987 ER - TY - STD TI - Chumley TW, Palmer JD, Mower JP, Fourcade HM, Caile PJ, Boore JL, Jansen RK: The complete chloroplast genome sequence of Pelargonium × hortorum: Organization and evolution of the largest and most highly rearranged chloroplast genome of land plants. Mol Biol Evol. 23: 2175-2190. 10.1093/molbev/msl089. ID - ref37 ER - TY - JOUR AU - Schmitz-Linneweber, C. AU - Maier, R. M. AU - Alcaraz, J. P. AU - Cottet, A. AU - Herrmann, R. G. AU - Mache, R. PY - 2001 DA - 2001// TI - The plastid chromosome of spinach (Spinacia oleracea): complete nucleotide sequence and gene organization JO - Plt Mol Biol VL - 45 UR - https://doi.org/10.1023/A:1006478403810 DO - 10.1023/A:1006478403810 ID - Schmitz-Linneweber2001 ER - TY - JOUR AU - Steane, D. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Complete nucleotide sequence of the chloroplast genome from the Tasmanian blue gum, Eucalyptus globulus (Myrtaceae) JO - DNA Res VL - 12 UR - https://doi.org/10.1093/dnares/dsi006 DO - 10.1093/dnares/dsi006 ID - Steane2005 ER - TY - JOUR AU - Ohtani, K. AU - Yamamoto, H. AU - Akimitsu, K. PY - 2002 DA - 2002// TI - Sensitivity to Alternaria alternata toxin in citrus because of altered mitochondrial RNA processing JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 99 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.042448499 DO - 10.1073/pnas.042448499 ID - Ohtani2002 ER - TY - JOUR AU - Shimada, H. AU - Sugiura, M. PY - 1991 DA - 1991// TI - Fine structural features of the chloroplast genome: comparison of the sequenced chloroplast genomes JO - Nucl Acids Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/nar/19.5.983 DO - 10.1093/nar/19.5.983 ID - Shimada1991 ER - TY - JOUR AU - Maier, R. M. AU - Neckermann, K. AU - Igloi, G. L. AU - Kossel, H. PY - 1995 DA - 1995// TI - Complete sequence of the maize chloroplast genome: gene content, hotspots of divergence and fine tuning of genetic information by transcript editing JO - J Mol Biol VL - 251 UR - https://doi.org/10.1006/jmbi.1995.0460 DO - 10.1006/jmbi.1995.0460 ID - Maier1995 ER - TY - JOUR AU - Sato, S. AU - Nakamura, Y. AU - Kaneko, T. AU - Asamizu, E. AU - Tabata, S. PY - 1999 DA - 1999// TI - Complete structure of the chloroplast genome of Arabidopsis thaliana JO - DNA Res VL - 6 UR - https://doi.org/10.1093/dnares/6.5.283 DO - 10.1093/dnares/6.5.283 ID - Sato1999 ER - TY - JOUR AU - Kato, T. AU - Kaneko, T. AU - Sato, S. AU - Nakamura, Y. AU - Tabata, S. PY - 2000 DA - 2000// TI - Complete structure of the chloroplast genome of a legume, Lotus japonicus JO - DNA Res VL - 7 UR - https://doi.org/10.1093/dnares/7.6.323 DO - 10.1093/dnares/7.6.323 ID - Kato2000 ER - TY - JOUR AU - Kim, K. -. J. AU - Lee, H. -. L. PY - 2004 DA - 2004// TI - Complete chloroplast genome sequence from Korean Ginseng (Panax schiseng Nees) and comparative analysis of sequence evolution among 17 vascular plants JO - DNA Res VL - 11 UR - https://doi.org/10.1093/dnares/11.4.247 DO - 10.1093/dnares/11.4.247 ID - Kim2004 ER - TY - JOUR AU - Chaw, S. -. M. AU - Chang, C. -. C. AU - Chen, H. -. L. AU - Li, W. -. H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Dating the monocot-dicot divergence and the origin of core eudicots using whole chloroplast genomes JO - J Mol Evol VL - 58 UR - https://doi.org/10.1007/s00239-003-2564-9 DO - 10.1007/s00239-003-2564-9 ID - Chaw2004 ER - TY - JOUR AU - Daniell, H. AU - Lee, S. -. B. AU - Grevich, J. AU - Saksi, C. AU - Quesada-Vargas, T. AU - Guda, C. AU - Tomkins, J. AU - Jansen, R. K. PY - 2006 DA - 2006// TI - Complete chloroplast genome sequences of Solanum bulbocastanum, Solanum lycopersicum and comparative analyses with other Solanaceae genomes JO - Theor Appl Genet VL - 112 UR - https://doi.org/10.1007/s00122-006-0254-x DO - 10.1007/s00122-006-0254-x ID - Daniell2006 ER - TY - JOUR AU - Liu, Q. AU - Xue, Q. PY - 2005 DA - 2005// TI - Comparative studies on codon usage pattern of chloroplasts and their host nuclear genes in four plant species JO - J Genet VL - 84 UR - https://doi.org/10.1007/BF02715890 DO - 10.1007/BF02715890 ID - Liu2005 ER - TY - JOUR AU - Morton, B. R. PY - 1993 DA - 1993// TI - Chloroplast DNA codon use: Evidence for selection at the psbA locus based on tRNA availability JO - J Mol Evol VL - 37 UR - https://doi.org/10.1007/BF00175504 DO - 10.1007/BF00175504 ID - Morton1993 ER - TY - JOUR AU - Morton, B. R. PY - 1994 DA - 1994// TI - Codon use and the rate of divergence of land plant chloroplast genes JO - Mol Biol Evol VL - 11 ID - Morton1994 ER - TY - JOUR AU - Morton, B. R. PY - 1998 DA - 1998// TI - Selection on the codon bias of chloroplast and cyanelle genes in different plant and algal lineages JO - J Mol Evol VL - 46 UR - https://doi.org/10.1007/PL00006325 DO - 10.1007/PL00006325 ID - Morton1998 ER - TY - JOUR AU - Morton, B. R. AU - Levin, J. A. PY - 1997 DA - 1997// TI - The atypical codon usage of the plant psbA gene maybe the remnant of an ancestral bias JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 94 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.94.21.11434 DO - 10.1073/pnas.94.21.11434 ID - Morton1997 ER - TY - JOUR AU - Wall, D. P. AU - Herbeck, J. T. PY - 2003 DA - 2003// TI - Evolutionary patterns of codon usage in the chloroplast gene rbcL JO - J Mol Evol VL - 56 UR - https://doi.org/10.1007/s00239-002-2436-8 DO - 10.1007/s00239-002-2436-8 ID - Wall2003 ER - TY - JOUR AU - Martin, P. G. AU - Dowd, J. M. PY - 1991 DA - 1991// TI - Studies of angiosperm phylogeny using protein sequences JO - Ann Misssouri Bot Gard VL - 78 UR - https://doi.org/10.2307/2399564 DO - 10.2307/2399564 ID - Martin1991 ER - TY - CHAP AU - Hamby, R. K. AU - Zimmer, E. A. ED - Soltis, P. S. ED - Soltis, D. E. ED - Doyle, J. J. PY - 1992 DA - 1992// TI - Ribosomal RNA as a phylogenetic tool in plant systematics BT - Molecular Systematics of Plants UR - https://doi.org/10.1007/978-1-4615-3276-7_4 DO - 10.1007/978-1-4615-3276-7_4 ID - Hamby1992 ER - TY - JOUR AU - Chase, M. AU - Soltis, D. AU - Olmstead, R. AU - Morgan, D. AU - Les, D. AU - Mishler, B. AU - Duvall, M. AU - Price, R. AU - Hills, H. AU - Qui, Y. -. L. AU - Kron, K. AU - Rettig, J. AU - Conti, E. AU - Palmer, J. AU - Manhart, J. AU - Sytsma, K. AU - Michaels, H. AU - Kress, J. AU - Karol, K. AU - Clark, D. AU - Hedren, M. AU - Gaut, B. AU - Jansen, R. AU - Kim, K. -. J. AU - Wimpee, C. AU - Smith, J. AU - Furnier, G. AU - Straus, S. AU - Xiang, Q. -. Y. AU - Plunkett, G. AU - Soltis, P. AU - Swensen, S. AU - Williams, S. AU - Gadek, P. AU - Quinn, C. AU - Equiarte, L. AU - Golenberg, E. AU - Learn, G. AU - Graham, S. AU - Barrett, S. AU - Dayanandan, S. AU - Albert, V. PY - 1993 DA - 1993// TI - Phylogenetics of seed plants: an analysis of nucleotide sequences from the plastid gene rbc L JO - Ann Missouri Bot Gard VL - 80 UR - https://doi.org/10.2307/2399846 DO - 10.2307/2399846 ID - Chase1993 ER - TY - JOUR AU - Qiu, Y. -. L. AU - Chase, M. W. AU - Les, D. H. AU - Parks, C. R. PY - 1993 DA - 1993// TI - Molecular phylogenetics of the Magnoliidae: cladistic analyses of nucleotide sequences of the plastid gene rbcL JO - Ann Missouri Bot Gard VL - 80 UR - https://doi.org/10.2307/2399848 DO - 10.2307/2399848 ID - Qiu1993 ER - TY - JOUR AU - Qiu, Y. -. L. AU - Lee, J. AU - Whitlock, B. A. AU - Bernasconi-Quadroni, F. AU - Dombrovska, O. PY - 2001 DA - 2001// TI - Was the ANITA rooting of the angiosperm phylogeny affected by long branch attraction? JO - Mol Biol Evol VL - 18 UR - https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a003962 DO - 10.1093/oxfordjournals.molbev.a003962 ID - Qiu2001 ER - TY - JOUR AU - Soltis, D. E. AU - Soltis, P. S. AU - Nickrent, D. L. AU - Johnson, L. A. AU - Hahn, W. J. AU - Hoot, S. B. AU - Sweere, J. A. AU - Kuzoff, R. K. AU - Kron, K. A. AU - Chase, M. AU - Swensen, S. M. AU - Zimmer, E. AU - Shaw, S. M. AU - Gillespie, L. J. AU - Kress, W. J. AU - Sytsma, K. PY - 1997 DA - 1997// TI - Angiosperm phylogeny inferred from 18S ribosomal DNA sequences JO - Ann Missouri Bot Gard VL - 84 UR - https://doi.org/10.2307/2399952 DO - 10.2307/2399952 ID - Soltis1997 ER - TY - JOUR AU - Hoot, S. B. AU - Magallon, S. AU - Crane, P. R. PY - 1999 DA - 1999// TI - Phylogeny of basal tricolpates based on three molecular data sets: atpB, rbcL, and 18S nuclear ribosomal DNA sequences JO - Ann Missouri Bot Gard VL - 86 UR - https://doi.org/10.2307/2666215 DO - 10.2307/2666215 ID - Hoot1999 ER - TY - JOUR AU - Mathews, S. AU - Donoghue, M. J. PY - 2000 DA - 2000// TI - Basal angiosperm phylogeny inferred from duplicated phytochromes A and C JO - Int J Plt Sci VL - 161 UR - https://doi.org/10.1086/317582 DO - 10.1086/317582 ID - Mathews2000 ER - TY - JOUR AU - Parkinson, C. L. AU - Adams, K. L. AU - Palmer, J. D. PY - 1999 DA - 1999// TI - Multigene analyses identify the three earliest lineages of extant flowering plants JO - Curr Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1016/S0960-9822(00)80119-0 DO - 10.1016/S0960-9822(00)80119-0 ID - Parkinson1999 ER - TY - JOUR AU - Savolainen, V. AU - Chase, M. W. AU - Morton, C. M. AU - Soltis, D. E. AU - Bayer, C. AU - Fay, M. F. AU - De Bruijn, A. AU - Sullivan, S. AU - Qiu, Y. -. L. PY - 2000 DA - 2000// TI - Phylogenetics of flowering plants based upon a combined analysis of plastid atpB and rbcL gene sequences JO - Syst Biol VL - 49 UR - https://doi.org/10.1093/sysbio/49.2.306 DO - 10.1093/sysbio/49.2.306 ID - Savolainen2000 ER - TY - JOUR AU - Aoki, S. AU - Uehara, K. AU - Imafuku, M. AU - Hasebe, M. AU - Ito, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Phylogeny and divergence of basal angiosperms inferred from APETALA3- and PISTILLATA-like MADS-box genes JO - J Plt Res VL - 117 ID - Aoki2004 ER - TY - JOUR AU - Kim, S. T. AU - Yoo, M. J. AU - Albert, V. A. AU - Farris, J. S. AU - Soltis, P. S. AU - Soltis, D. E. PY - 2004 DA - 2004// TI - Phylogeny and diversification of B-function MADS-box genes in angiosperms: Evolutionary and functional implications of a 260-million-year-old duplication JO - Amer J Bot VL - 91 UR - https://doi.org/10.3732/ajb.91.12.2102 DO - 10.3732/ajb.91.12.2102 ID - Kim2004 ER - TY - JOUR AU - Löhne, C. AU - Borsch, T. PY - 2005 DA - 2005// TI - Molecular evolution and phylogenetic utility of the petD group II intron: a case study in basal angiosperms JO - Mol Biol Evol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msi019 DO - 10.1093/molbev/msi019 ID - Löhne2005 ER - TY - JOUR AU - Jansen, R. K. AU - Kaittanis, C. AU - Saski, C. AU - Lee, S. B. AU - Tomkins, J. AU - Alverson, A. J. AU - Daniell, H. PY - 2006 DA - 2006// TI - Phylogenetic analyses of Vitis (Vitaceae) based on complete chloroplast genome sequences: effects of taxon sampling and phylogenetic methods on resolving relationships among rosids JO - BMC Evol Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2148-6-32 DO - 10.1186/1471-2148-6-32 ID - Jansen2006 ER - TY - JOUR AU - Nickrent, D. L. AU - Blarer, A. AU - Qiu, Y. -. L. AU - Soltis, D. E. AU - Soltis, P. S. AU - Zanis, M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Molecular data place Hydnoraceae with Aristolochiaceae JO - Amer J Bot VL - 89 UR - https://doi.org/10.3732/ajb.89.11.1809 DO - 10.3732/ajb.89.11.1809 ID - Nickrent2002 ER - TY - CHAP AU - Palmer, J. D. ED - Weissbach, A. ED - Weissbach, H. PY - 1986 DA - 1986// TI - Isolation and structural analysis of chloroplast DNA BT - Methods Enzymol PB - Academic Press CY - New York ID - Palmer1986 ER - TY - JOUR AU - Jansen, R. K. AU - Raubeson, L. A. AU - Boore, J. L. AU - dePamphilis, C. W. AU - Chumley, T. W. AU - Haberle, R. C. AU - Wyman, S. K. AU - Alverson, A. J. AU - Peery, R. AU - Herman, S. J. AU - Fourcade, H. M. AU - Kuehl, J. V. AU - McNeal, J. R. AU - Leebens-Mack, J. AU - Cui, L. PY - 2005 DA - 2005// TI - Methods for obtaining and analyzing chloroplast genome sequences JO - Meth Enzym VL - 395 UR - https://doi.org/10.1016/S0076-6879(05)95020-9 DO - 10.1016/S0076-6879(05)95020-9 ID - Jansen2005 ER - TY - STD TI - DOE Joint Genome Institute sequencing protocols. [http://www.jgi.doe.gov/sequencing/index.html] UR - http://www.jgi.doe.gov/sequencing/index.html ID - ref71 ER - TY - JOUR AU - Ewing, B. AU - Green, P. PY - 1998 DA - 1998// TI - Base-calling of automated sequencer traces using phred. II. Error probabilities JO - Genome Res VL - 8 UR - https://doi.org/10.1101/gr.8.3.186 DO - 10.1101/gr.8.3.186 ID - Ewing1998 ER - TY - JOUR AU - Gordon, D. AU - Abajian, C. AU - Green, P. PY - 1998 DA - 1998// TI - Consed: a graphical tool for sequence finishing JO - Genome Res VL - 8 UR - https://doi.org/10.1101/gr.8.3.195 DO - 10.1101/gr.8.3.195 ID - Gordon1998 ER - TY - CHAP AU - Liang, H. AU - Fang, E. G. AU - Tomkins, J. P. AU - Luo, M. AU - Kudrna, D. AU - Arumuganathan, K. AU - Zhao, S. AU - Schlarbaum, S. E. AU - Banks, J. A. AU - Leebens-Mack, J. H. AU - dePamphilis, C. W. AU - Mandoli, D. F. AU - Wing, R. A. AU - Carlson, J. E. PY - 2006 DA - 2006// TI - Development of a BAC library for yellow-poplar (Liriodendron tulipifera) and the identification of genes associated with flower development and lignin biosynthesis BT - Tree Genet Genomes ID - Liang2006 ER - TY - JOUR AU - Wyman, S. K. AU - Boore, J. L. AU - Jansen, R. K. PY - 2004 DA - 2004// TI - Automatic annotation of organellar genomes with DOGMA JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth352 DO - 10.1093/bioinformatics/bth352 ID - Wyman2004 ER - TY - STD TI - SPSS for Windows, Rel. 9.0. 2001, Chicago: SPSS Inc ID - ref76 ER - TY - JOUR AU - Edgar, R. C. PY - 2004 DA - 2004// TI - MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput JO - Nucl Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh340 DO - 10.1093/nar/gkh340 ID - Edgar2004 ER - TY - JOUR AU - Cui, L. AU - Veeraraghavan, N. AU - Richer, A. AU - Wall, K. AU - Jansen, R. K. AU - Leebens-Mack, J. AU - Makalowska, I. AU - dePamphillis, C. W. PY - 2006 DA - 2006// TI - ChloroplastDB: the chloroplast genome database JO - Nucl Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkj055 DO - 10.1093/nar/gkj055 ID - Cui2006 ER - TY - BOOK AU - Swofford, D. L. PY - 2003 DA - 2003// TI - PAUP*: Phylogenetic analysis using parsimony (* and other methods), ver. 4.0 PB - Sinauer Associates CY - Sunderland MA ID - Swofford2003 ER - TY - JOUR AU - Posada, D. AU - Crandall, K. A. PY - 1998 DA - 1998// TI - MODELTEST: testing the model of DNA substitution JO - Bioinformatics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/14.9.817 DO - 10.1093/bioinformatics/14.9.817 ID - Posada1998 ER - TY - JOUR AU - Sullivan, J. AU - Abdo, Z. AU - Joyce, P. AU - Swofford, D. L. PY - 2005 DA - 2005// TI - Evaluating the performance of a successive-approximations approach to parameter optimization in maximum-likelihood phylogeny estimation JO - Mol Biol Evol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msi129 DO - 10.1093/molbev/msi129 ID - Sullivan2005 ER - TY - JOUR AU - Felsenstein, J. PY - 1985 DA - 1985// TI - Confidence limits on phylogenies: an approach using the bootstrap JO - Evolution VL - 39 UR - https://doi.org/10.2307/2408678 DO - 10.2307/2408678 ID - Felsenstein1985 ER - TY - JOUR AU - Goldman, N. AU - Anderson, J. P. AU - Rodrigo, A. G. PY - 2000 DA - 2000// TI - Likelihood-based tests of topologies in phylogenetics JO - Syst Biol VL - 49 UR - https://doi.org/10.1080/106351500750049752 DO - 10.1080/106351500750049752 ID - Goldman2000 ER - TY - JOUR AU - Wakasugi, T. AU - Tsudzuki, J. AU - Ito, S. AU - Nakashima, K. AU - Tsudzuki, T. AU - Sugiura, M. PY - 1994 DA - 1994// TI - Loss of all ndh genes as determined by sequencing the entire chloroplast genome of the black pine Pinus thunbergii JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 91 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.91.21.9794 DO - 10.1073/pnas.91.21.9794 ID - Wakasugi1994 ER - TY - JOUR AU - Hiratsuka, J. AU - Shimada, H. AU - Whittier, R. AU - Ishibashi, T. AU - Sakamoto, M. AU - Mori, M. AU - Kondo, C. AU - Honji, Y. AU - Sun, C. R. AU - Meng, B. Y. AU - Li, Y. Q. AU - Kanno, A. AU - Nishizawa, Y. AU - Hirai, A. AU - Shinozaki, K. AU - Sugiura, M. PY - 1989 DA - 1989// TI - The complete sequence of the rice (Oryza sativa) chloroplast genome: intermolecular recombination between distinct tRNA genes accounts for a major plastid DNA inversion during the evolution of the cereals JO - Mol Gen Genet VL - 217 UR - https://doi.org/10.1007/BF02464880 DO - 10.1007/BF02464880 ID - Hiratsuka1989 ER - TY - JOUR AU - Asano, T. AU - Tsudzuki, T. AU - Takahashi, S. AU - Shimada, H. AU - Kadowaki, K. PY - 2004 DA - 2004// TI - Complete nucleotide sequence of the sugarcane (Saccharum officinarum) chloroplast genome: a comparative analysis of four monocot chloroplast genomes JO - DNA Res VL - 11 UR - https://doi.org/10.1093/dnares/11.2.93 DO - 10.1093/dnares/11.2.93 ID - Asano2004 ER - TY - JOUR AU - Schmitz-Linneweber, C. AU - Regel, R. AU - Du, T. G. AU - Hupfer, H. AU - Herrmann, R. G. AU - Maier, R. M. PY - 2002 DA - 2002// TI - The plastid chromosome of Atropa belladonna and its comparison with that of Nicotiana tabacum: the role of RNA editing in generating divergence in the process of plant speciation JO - Mol Biol Evol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a004222 DO - 10.1093/oxfordjournals.molbev.a004222 ID - Schmitz-Linneweber2002 ER - TY - STD TI - Bausher MG, Singh ND, Lee S, Jansen RK, Daniell H: The complete chloroplast genome sequence of Citrus sinensis (L.) Osbeck var 'Ridge Pineapple': organization and phylogenetic relationships to other angiosperms. BMC Plt Biol. 6: 21-10.1186/1471-2229-6-21. ID - ref88 ER - TY - JOUR AU - Saski, C. AU - Lee, S. AU - Daniell, H. AU - Wood, T. AU - Tomkins, J. AU - Kim, H. -. G. AU - Jansen, R. K. PY - 2005 DA - 2005// TI - Complete chloroplast genome sequence of Glycine max and comparative analyses with other legume genomes JO - Plt Mol Biol VL - 59 UR - https://doi.org/10.1007/s11103-005-8882-0 DO - 10.1007/s11103-005-8882-0 ID - Saski2005 ER - TY - JOUR AU - Lee, S. -. B. AU - Kaittanis, C. AU - Jansen, R. K. AU - Hostetler, J. B. AU - Tallon, L. J. AU - Town, C. D. AU - Daniell, H. PY - 2006 DA - 2006// TI - The complete chloroplast genome sequence of Gossypium hirsutum: organization and phylogenetic relationships to other angiosperms JO - BMC Genomics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-7-61 DO - 10.1186/1471-2164-7-61 ID - Lee2006 ER - TY - JOUR AU - Shinozaki, K. AU - Ohme, M. AU - Tanaka, M. AU - Wakasugi, T. AU - Hayashida, N. AU - Matsubayashi, T. AU - Zaita, N. AU - Chunwongse, J. AU - Obokata, J. AU - Yamaguchi-Shinozaki, K. AU - Ohto, C. AU - Torazawa, K. AU - Meng, B. Y. AU - Sugita, M. AU - Deno, H. AU - Kamogashira, T. AU - Yamada, K. AU - Kusuda, J. AU - Takaiwa, F. AU - Kato, A. AU - Tohdoh, N. AU - Shimada, H. AU - Sugiura, M. PY - 1986 DA - 1986// TI - The complete nucleotide sequence of the tobacco chloroplast genome: its gene organization and expression JO - EMBO J VL - 5 ID - Shinozaki1986 ER - TY - JOUR AU - Hupfer, H. AU - Swaitek, M. AU - Hornung, S. AU - Herrmann, R. G. AU - Maier, R. M. AU - Chiu, W. L. AU - Sears, B. PY - 2000 DA - 2000// TI - Complete nucleotide sequence of the Oenothera elata plastid chromosome, representing plastome 1 of the five distinguishable Euoenthera plastomes JO - Mol Gen Genet VL - 263 ID - Hupfer2000 ER - TY - JOUR PY - 2003 DA - 2003// TI - An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG II JO - Bot J Linn Soc VL - 141 UR - https://doi.org/10.1046/j.1095-8339.2003.t01-1-00158.x DO - 10.1046/j.1095-8339.2003.t01-1-00158.x ID - ref93 ER -