Skip to main content

Table 2 Average estimates of Ka, Ks, and ω with YN and MYN

From: Computing Ka and Ks with a consideration of unequal transitional substitutions

Parameters

Expected Values

YN

MYN

ω

t

κR

κY

Ka

Ks

Ka

Ks

ω

Ka

Ks

ω

0.3

0.1

3

1.5

0.021

0.069

0.021

0.065

0.353

0.021

0.067

0.340

  

5

1.5

0.021

0.069

0.021

0.062

0.361

0.021

0.066

0.332

  

10

1

0.020

0.068

0.022

0.058

0.395

0.021

0.066

0.334

  

3.75

3.75

0.020

0.066

0.020

0.066

0.328

0.020

0.066

0.331

 

1

3

1.5

0.207

0.692

0.210

0.653

0.329

0.208

0.720

0.298

  

5

1.5

0.206

0.686

0.206

0.569

0.369

0.201

0.672

0.311

  

10

1

0.205

0.682

0.197

0.419

0.476

0.188

0.529

0.366

  

3.75

3.75

0.199

0.662

0.198

0.662

0.305

0.198

0.676

0.301

1

0.1

3

1.5

0.033

0.033

0.034

0.032

1.216

0.034

0.033

1.163

  

5

1.5

0.033

0.033

0.034

0.030

1.294

0.034

0.032

1.187

  

10

1

0.033

0.033

0.034

0.030

1.293

0.033

0.033

1.102

  

3.75

3.75

0.033

0.033

0.034

0.033

1.144

0.034

0.033

1.150

 

1

3

1.5

0.333

0.333

0.330

0.305

1.103

0.325

0.322

1.034

  

5

1.5

0.333

0.333

0.325

0.283

1.168

0.317

0.310

1.044

  

10

1

0.333

0.333

0.300

0.242

1.267

0.287

0.279

1.051

  

3.75

3.75

0.333

0.333

0.326

0.318

1.043

0.327

0.318

1.047

3

0.1

3

1.5

0.040

0.013

0.041

0.013

3.637

0.040

0.014

3.511

  

5

1.5

0.041

0.014

0.041

0.013

3.738

0.040

0.014

3.453

  

10

1

0.041

0.014

0.041

0.014

3.077

0.039

0.016

2.783

  

3.75

3.75

0.041

0.014

0.040

0.016

2.846

0.041

0.016

2.869

 

1

3

1.5

0.403

0.134

0.396

0.129

3.173

0.391

0.135

2.994

  

5

1.5

0.405

0.135

0.389

0.122

3.304

0.379

0.132

2.986

  

10

1

0.406

0.135

0.354

0.113

3.216

0.340

0.128

2.734

  

3.75

3.75

0.413

0.138

0.400

0.136

3.015

0.402

0.136

3.026

  1. Note: The values were averaged over 1,000 pairs of simulated sequences that each had 400 codons.