Skip to main content

Table 7 Minor allele frequencies of F. heteroclitus SNP markers calculated for each population

From: Targeted approach to identify genetic loci associated with evolved dioxin tolerance in Atlantic Killifish (Fundulus heteroclitus)

   Population
Locus Minor allele BI NBH FLAX BP SH NWK KC ER
Aglobin_89 A/G 0 0 0 0 0 0 0 0
AHR1_1530 C/G 0.08 0.62 0.23 0.03 0.26 0.2 0.44 0.19
AHR1_161 C/G 0.14 0.5 0.04 0.01 0.03 0.08 0 0
AHR1_2289 G/T 0.07 0.64 0 0 0.03 0.05 0 0
AHR1_948 C/T 0.07 0.49 0.01 0.01 0.03 0.03 0 0
AHR2_1929 C/T 0.15 0.51 0.27 0.59 0.49 0.67 0.57 0.87
AHR2_792 C/T 0.07 0.5 0 0 0.03 0.07 0 0
AHR2B_992 A/G 0 0 0.05 0.07 0.05 0.01 0 0
AHRR_1095 C/T 0 0 0.11 0.05 0 0 0 0.06
AHRR_1299 C/T 0 0 0.15 0.05 0 0 0.01 0.06
ANP_521 C/T 0.24 0.44 0.7 0.41 0.29 0.23 0.38 0.28
BAD_213 G/T 0.15 0.28 0.24 0.27 0.21 0.28 0.06 0.07
Bglobin_193 C/T 0 0 0 0.01 0.03 0.01 0.1 0.07
Cardiac_MLC1_250 C/T 0 0 0 0 0 0 0 0
CathE_730 A/C 0 0 0 0 0 0 0 0
CathF_653 A/T 0.2 0 0.09 0.09 0.21 0.2 0.14 0.26
CathZ_624 G/T 0.5 0.15 0.19 0.34 0.43 0.38 0.31 0.38
CC3_571 A/G 0 0 0 0 0 0 0 0
CYP1A_2140 A/T 0.73 0.24 0.57 0.11 0.42 0.11 0.2 0.93
CYP3A_1166 A/G 0.78 0.19 0.42 0.43 0.21 0.28 0.06 0.06
CytB5_626 G/T 0.01 0 0.01 0.01 0.06 0.05 0.07 0
ERa_1497 G/T 0 0 0 0 0 0 0 0
ERba_1373 C/T 0.19 0.25 0.51 0.38 0.68 0.47 0.04 0.03
GP3D_530 A/G 0 0 0 0.01 0 0 0 0
Hepcidin_69 C/T 0.11 0.08 0.07 0.16 0.01 0.03 0 0
Hepcidin2_399 A/G 0.12 0.37 0.26 0.11 0.39 0.49 0.68 0.82
HSP90_775 A/G 0.01 0.14 0 0 0.04 0 0.14 0
Kallikrein_502 G/T 0 0 0 0 0 0 0 0
KallikreinS_309 A/G 0 0 0 0 0 0 0 0
MLC2_436 C/T 0 0 0.07 0.05 0.14 0.07 0.19 0.33
MLC2_535 A/C 0 0 0.03 0.01 0.07 0 0.32 0.35
MLCA_577 C/T 0.09 0.03 0.08 0.08 0.26 0.09 0.03 0.01
MLRQ_363 A/T 0.46 0.07 0.11 0.09 0.42 0.17 0.7 0.7
MRCL3_372 A/G 0.27 0.14 0.22 0.18 0.05 0.04 0.17 0.04
NADH10_107 A/T 0.19 0.03 0.15 0.24 0.14 0.05 0.13 0.31
NADH10_439 C/T 0.31 0.28 0.23 0.19 0.25 0.18 0.51 0.64
NADH2_349 A/G 0 0 0.11 0.05 0 0.05 0.03 0
NADH3_165 C/G 0 0 0 0 0 0 0 0
NADH4_347 C/T 0.03 0 0 0 0.26 0 1 1
NADH4_586 A/G 0.03 0 0 0 0.27 0.05 0.03 0
NADH4_669 G/T 0.03 0 0 0 0.28 0 1 1
NADH6_787 A/G 0.08 0.05 0 0 0.28 0 1 1
PCFXI_511 G/T 0 0 0 0 0 0 0 0
RARR1_759 A/C 0.08 0.14 0.22 0.21 0.52 0.35 0.7 0.39
RGST_397 A/T 0.1 0.12 0.19 0.3 0.14 0.19 0.52 0.64
SPI_938 A/G 0.04 0.08 0 0 0.06 0 0.27 0.08
TBTbp_635 A/T 0.03 0.18 0.04 0.02 0.02 0 0 0
Thioredoxin_582 A/G 0.3 0.04 0.53 0.65 0.47 0.5 0.75 0.49
TIF2_727 C/T 0 0 0 0 0.04 0.04 0.11 0.06
Titin_478 C/G 0.19 0.1 0.46 0.26 0.42 0.3 0.66 0.64
TroponinT2_653 C/T 0.3 0.19 0.28 0.19 0.38 0.4 0.17 0.23
  1. Zero values indicate populations where the SNP marker was monomorphic. Minor alleles in bold.