Targeted approach to identify genetic loci associated with evolved dioxin tolerance in Atlantic Killifish (Fundulus heteroclitus)

Proestou, Dina A; Flight, Patrick; Champlin, Denise; Nacci, Diane

doi:10.1186/1471-2148-14-7

Table 7 Minor allele frequencies of F. heteroclitus SNP markers calculated for each population

From: Targeted approach to identify genetic loci associated with evolved dioxin tolerance in Atlantic Killifish (Fundulus heteroclitus)

		Population
Locus	Minor allele	BI	NBH	FLAX	BP	SH	NWK	KC	ER
Aglobin_89	A/G	0	0	0	0	0	0	0	0
AHR1_1530	C/G	0.08	0.62	0.23	0.03	0.26	0.2	0.44	0.19
AHR1_161	C/G	0.14	0.5	0.04	0.01	0.03	0.08	0	0
AHR1_2289	G/T	0.07	0.64	0	0	0.03	0.05	0	0
AHR1_948	C/T	0.07	0.49	0.01	0.01	0.03	0.03	0	0
AHR2_1929	C/T	0.15	0.51	0.27	0.59	0.49	0.67	0.57	0.87
AHR2_792	C/T	0.07	0.5	0	0	0.03	0.07	0	0
AHR2B_992	A/G	0	0	0.05	0.07	0.05	0.01	0	0
AHRR_1095	C/T	0	0	0.11	0.05	0	0	0	0.06
AHRR_1299	C/T	0	0	0.15	0.05	0	0	0.01	0.06
ANP_521	C/T	0.24	0.44	0.7	0.41	0.29	0.23	0.38	0.28
BAD_213	G/T	0.15	0.28	0.24	0.27	0.21	0.28	0.06	0.07
Bglobin_193	C/T	0	0	0	0.01	0.03	0.01	0.1	0.07
Cardiac_MLC1_250	C/T	0	0	0	0	0	0	0	0
CathE_730	A/C	0	0	0	0	0	0	0	0
CathF_653	A/T	0.2	0	0.09	0.09	0.21	0.2	0.14	0.26
CathZ_624	G/T	0.5	0.15	0.19	0.34	0.43	0.38	0.31	0.38
CC3_571	A/G	0	0	0	0	0	0	0	0
CYP1A_2140	A/T	0.73	0.24	0.57	0.11	0.42	0.11	0.2	0.93
CYP3A_1166	A/G	0.78	0.19	0.42	0.43	0.21	0.28	0.06	0.06
CytB5_626	G/T	0.01	0	0.01	0.01	0.06	0.05	0.07	0
ERa_1497	G/T	0	0	0	0	0	0	0	0
ERba_1373	C/T	0.19	0.25	0.51	0.38	0.68	0.47	0.04	0.03
GP3D_530	A/G	0	0	0	0.01	0	0	0	0
Hepcidin_69	C/T	0.11	0.08	0.07	0.16	0.01	0.03	0	0
Hepcidin2_399	A/G	0.12	0.37	0.26	0.11	0.39	0.49	0.68	0.82
HSP90_775	A/G	0.01	0.14	0	0	0.04	0	0.14	0
Kallikrein_502	G/T	0	0	0	0	0	0	0	0
KallikreinS_309	A/G	0	0	0	0	0	0	0	0
MLC2_436	C/T	0	0	0.07	0.05	0.14	0.07	0.19	0.33
MLC2_535	A/C	0	0	0.03	0.01	0.07	0	0.32	0.35
MLCA_577	C/T	0.09	0.03	0.08	0.08	0.26	0.09	0.03	0.01
MLRQ_363	A/T	0.46	0.07	0.11	0.09	0.42	0.17	0.7	0.7
MRCL3_372	A/G	0.27	0.14	0.22	0.18	0.05	0.04	0.17	0.04
NADH10_107	A/T	0.19	0.03	0.15	0.24	0.14	0.05	0.13	0.31
NADH10_439	C/T	0.31	0.28	0.23	0.19	0.25	0.18	0.51	0.64
NADH2_349	A/G	0	0	0.11	0.05	0	0.05	0.03	0
NADH3_165	C/G	0	0	0	0	0	0	0	0
NADH4_347	C/T	0.03	0	0	0	0.26	0	1	1
NADH4_586	A/G	0.03	0	0	0	0.27	0.05	0.03	0
NADH4_669	G/T	0.03	0	0	0	0.28	0	1	1
NADH6_787	A/G	0.08	0.05	0	0	0.28	0	1	1
PCFXI_511	G/T	0	0	0	0	0	0	0	0
RARR1_759	A/C	0.08	0.14	0.22	0.21	0.52	0.35	0.7	0.39
RGST_397	A/T	0.1	0.12	0.19	0.3	0.14	0.19	0.52	0.64
SPI_938	A/G	0.04	0.08	0	0	0.06	0	0.27	0.08
TBTbp_635	A/T	0.03	0.18	0.04	0.02	0.02	0	0	0
Thioredoxin_582	A/G	0.3	0.04	0.53	0.65	0.47	0.5	0.75	0.49
TIF2_727	C/T	0	0	0	0	0.04	0.04	0.11	0.06
Titin_478	C/G	0.19	0.1	0.46	0.26	0.42	0.3	0.66	0.64
TroponinT2_653	C/T	0.3	0.19	0.28	0.19	0.38	0.4	0.17	0.23

Zero values indicate populations where the SNP marker was monomorphic. Minor alleles in bold.

Back to article page

ISSN: 2730-7182

Contact us

General enquiries: journalsubmissions@springernature.com

BMC Ecology and Evolution

Contact us