Skip to main content

Table 2 Relevant phylogenetic and genomic parameters for sequenced loci

From: Multigenic phylogeny and analysis of tree incongruences in Triticeae (Poaceae)

Locus

Alignment length (bp)

Genomic location

Relative distance to the centromere

Evolutionary rate

Shape parameter α

Proportion of variable sites

TD supermatrix

TDBUCKy

LOC_Os01g01790

860

Chr. 3S, Tel.

0.976

1.687

0.527

0.313

0.152

0.246

LOC_Os01g09300

861

Chr. 3S, Tel.

0.722

0.883

0.342

0.285

0.207

0.272

LOC_Os01g11070

1050

Chr. 3S, Cen.

0.652

1.033

0.380

0.305

0.299

0.264

LOC_Os01g13200

897

Chr. 3S, Cen.

0.568

0.659

0.270

0.220

0.140

0.173

LOC_Os01g19470

942

Chr. 3S, Cen.

0.352

0.906

0.687

0.321

0.104

0.109

LOC_Os01g21160

1017

Chr. 3S, Cen.

0.307

1.596

0.475

0.393

0.236

0.291

LOC_Os01g24680

1014

Chr. 3S, Cen.

0.184

0.875

0.805

0.260

0.371

0.395

LOC_Os01g37560

1005

Chr. 3L, Cen.

0.160

1.060

0.392

0.310

0.158

0.201

LOC_Os01g39310

945

Chr. 3L, Cen.

0.202

0.989

0.328

0.290

0.108

0.243

LOC_Os01g48720

939

Chr. 3L, Cen.

0.417

1.252

0.805

0.399

0.203

0.288

LOC_Os01g53720

1101

Chr. 3L, Cen.

0.526

0.921

0.521

0.320

0.170

0.170

LOC_Os01g55530

1068

Chr. 3L, Cen.

0.567

0.890

0.426

0.309

0.131

0.074

LOC_Os01g56630

915

Chr. 3L, Cen.

0.592

0.731

0.504

0.312

0.105

0.163

LOC_Os01g60230

999

Chr. 3L, Cen.

0.673

0.929

0.355

0.283

0.202

0.159

LOC_Os01g61720

935

Chr. 3L, Tel.

0.705

1.131

0.385

0.328

0.080

0.098

LOC_Os01g62900

951

Chr. 3L, Tel.

0.732

0.897

0.241

0.257

0.113

0.290

LOC_Os01g67220

1101

Chr. 3L, Tel.

0.827

1.303

0.414

0.322

0.238

0.245

LOC_Os01g68770

998

Chr. 3L, Tel.

0.862

1.307

0.631

0.278

0.287

0.272

LOC_Os01g70670

883

Chr. 3L, Tel.

0.898

0.899

0.404

0.310

0.105

0.210

LOC_Os01g72220

1131

Chr. 3L, Tel.

0.933

0.974

0.253

0.255

0.279

0.385

LOC_Os01g73790

966

Chr. 3L, Tel.

0.965

0.850

0.689

0.180

0.227

0.244

eIFiso4E

630

Chr. 1L, Cen.

NA

0.952

1.004

0.128

0.221

0.430

CRTISO

529

Chr. 4L

NA

1.165

0.807

0.163

0.347

0.329

PinA

456

Chr. 5S

NA

1.375

0.243

0.189

0.506

0.382

PinB

453

Chr. 5S

NA

2.411

0.264

0.218

0.297

0.303

PSY2

461

NA

NA

0.978

0.648

0.150

0.246

0.372

MATK

1545

Chloroplast

NA

0.462

0.373

0.177

0.128

0.217

  1. Chr.: chromosome; S: short arm; L: long arm; Tel.: telomere; Cen.: centromere; TD: triplet distance (relative to the supermatrix or BUCKy trees); NA: not available.