TY - JOUR AU - Burglin, T. R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Homeodomain subtypes and functional diversity JO - Subcell Biochem VL - 52 UR - https://doi.org/10.1007/978-90-481-9069-0_5 DO - 10.1007/978-90-481-9069-0_5 ID - Burglin2011 ER - TY - JOUR AU - Larroux, C. AU - Fahey, B. AU - Degnan, S. M. AU - Adamski, M. AU - Rokhsar, D. S. AU - Degnan, B. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - The NK homeobox gene cluster predates the origin of Hox genes JO - Curr Biol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1016/j.cub.2007.03.008 DO - 10.1016/j.cub.2007.03.008 ID - Larroux2007 ER - TY - JOUR AU - Holland, P. W. H. AU - Booth, H. A. F. AU - Bruford, E. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Classification and nomenclature of all human homeobox genes JO - BMC Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/1741-7007-5-47 DO - 10.1186/1741-7007-5-47 ID - Holland2007 ER - TY - JOUR AU - Ryan, J. F. AU - Burton, P. M. AU - Mazza, M. E. AU - Kwong, G. K. AU - Mullikin, J. C. AU - Finnerty, J. R. PY - 2006 DA - 2006// TI - The cnidarian-bilaterian ancestor possessed at least 56 homeoboxes: evidence from the starlet sea anemone, Nematostella vectensis JO - Genome Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2006-7-7-r64 DO - 10.1186/gb-2006-7-7-r64 ID - Ryan2006 ER - TY - JOUR AU - Edvardsen, R. B. AU - Seo, H. C. AU - Jensen, M. F. AU - Mialon, A. AU - Mikhaleva, J. AU - Bjordal, M. AU - Cartry, J. AU - Reinhardt, R. AU - Weissenbach, J. AU - Wincker, P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Remodelling of the homeobox gene complement in the tunicate Oikopleura dioica JO - Curr Biol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1016/j.cub.2004.12.010 DO - 10.1016/j.cub.2004.12.010 ID - Edvardsen2005 ER - TY - JOUR AU - Takatori, N. AU - Butts, T. AU - Candiani, S. AU - Pestarino, M. AU - Ferrier, D. E. F. AU - Saiga, H. AU - Holland, P. W. H. PY - 2008 DA - 2008// TI - Comprehensive survey and classification of homeobox genes in the genome of amphioxus, Branchiostoma floridae JO - Dev Genes Evol VL - 218 UR - https://doi.org/10.1007/s00427-008-0245-9 DO - 10.1007/s00427-008-0245-9 ID - Takatori2008 ER - TY - STD TI - The Genome Reference Consortium. [http://www.genomereference.org] UR - http://www.genomereference.org ID - ref7 ER - TY - JOUR AU - Waterston, R. H. AU - Lindblad-Toh, K. AU - Birney, E. AU - Rogers, J. AU - Abril, J. F. AU - Agarwal, P. AU - Agarwala, R. AU - Ainscough, R. AU - Alexandersson, M. AU - An, P. PY - 2002 DA - 2002// TI - Initial sequencing and comparative analysis of the mouse genome JO - Nature VL - 420 UR - https://doi.org/10.1038/nature01262 DO - 10.1038/nature01262 ID - Waterston2002 ER - TY - JOUR AU - Church, D. M. AU - Goodstadt, L. AU - Hillier, L. W. AU - Zody, M. C. AU - Goldstein, S. AU - She, X. AU - Bult, C. J. AU - Agarwala, R. AU - Cherry, J. L. AU - DiCuccio, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Lineage-specific biology revealed by a finished genome assembly of the mouse JO - PLoS Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1000112 DO - 10.1371/journal.pbio.1000112 ID - Church2009 ER - TY - JOUR AU - Wijmenga, C. AU - Hewitt, J. E. AU - Sandkuijl, L. A. AU - Clark, L. N. AU - Wright, T. J. AU - Dauwerse, H. G. AU - Gruter, A. M. AU - Hofker, M. H. AU - Moerer, P. AU - Williamson, R. PY - 1992 DA - 1992// TI - Chromosome 4q DNA rearrangements associated with facioscapulohumeral muscular dystrophy JO - Nat Genet VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/ng0992-26 DO - 10.1038/ng0992-26 ID - Wijmenga1992 ER - TY - JOUR AU - Gabriƫls, J. AU - Beckers, M. C. AU - Ding, H. AU - De Vriese, A. AU - Plaisance, S. AU - van der Maarel, S. M. AU - Padberg, G. W. AU - Frants, R. R. AU - Hewitt, J. E. AU - Collen, D. PY - 1999 DA - 1999// TI - Nucleotide sequence of the partially deleted D4Z4 locus in a patient with FSHD identifies a putative gene within each 3.3 kb element JO - Gene VL - 236 UR - https://doi.org/10.1016/S0378-1119(99)00267-X DO - 10.1016/S0378-1119(99)00267-X ID - Gabriƫls1999 ER - TY - JOUR AU - Booth, H. A. F. AU - Holland, P. W. H. PY - 2007 DA - 2007// TI - Annotation, nomenclature and evolution of four novel homeobox genes expressed in the human germ line JO - Gene VL - 387 UR - https://doi.org/10.1016/j.gene.2006.07.034 DO - 10.1016/j.gene.2006.07.034 ID - Booth2007 ER - TY - JOUR AU - Clapp, J. AU - Mitchell, L. M. AU - Bolland, D. J. AU - Fantes, J. AU - Corcoran, A. E. AU - Scotting, P. J. AU - Armour, J. A. AU - Hewitt, J. E. PY - 2007 DA - 2007// TI - Evolutionary conservation of a coding function for D4Z4, the tandem DNA repeat mutated in facioscapulohumeral muscular dystrophy JO - Am J Hum Genet VL - 81 UR - https://doi.org/10.1086/519311 DO - 10.1086/519311 ID - Clapp2007 ER - TY - JOUR AU - Leidenroth, A. AU - Hewitt, J. E. PY - 2010 DA - 2010// TI - A family history of DUX4: phylogenetic analysis of DUXA, B, C and Duxbl reveals the ancestral DUX gene JO - BMC Evol Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2148-10-364 DO - 10.1186/1471-2148-10-364 ID - Leidenroth2010 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Tsai, M. S. AU - Chen, C. Y. AU - Lian, W. C. AU - Chiu, Y. T. AU - Chen, G. D. AU - Wang, S. H. PY - 2006 DA - 2006// TI - A novel maternally transcribed homeobox gene, Eso-1, is preferentially expressed in oocytes and regulated by cytoplasmic polyadenylation JO - Mol Reprod Dev VL - 73 UR - https://doi.org/10.1002/mrd.20478 DO - 10.1002/mrd.20478 ID - Li2006 ER - TY - JOUR AU - Wu, S. L. AU - Tsai, M. S. AU - Wong, S. H. AU - Hsieh-Li, H. M. AU - Tsai, T. S. AU - Chang, W. T. AU - Huang, S. L. AU - Chiu, C. C. AU - Wang, S. H. PY - 2010 DA - 2010// TI - Characterization of genomic structures and expression profiles of three tandem repeats of a mouse double homeobox gene: Duxbl JO - Dev Dyn VL - 239 UR - https://doi.org/10.1002/dvdy.22210 DO - 10.1002/dvdy.22210 ID - Wu2010 ER - TY - JOUR AU - Maclean, J. A. AU - Chen, M. A. AU - Wayne, C. M. AU - Bruce, S. R. AU - Rao, M. AU - Meistrich, M. L. AU - Macleod, C. AU - Wilkinson, M. F. PY - 2005 DA - 2005// TI - Rhox: a new homeobox gene cluster JO - Cell VL - 120 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2004.12.022 DO - 10.1016/j.cell.2004.12.022 ID - Maclean2005 ER - TY - JOUR AU - MacLean, J. A. AU - Wilkinson, M. F. PY - 2010 DA - 2010// TI - The Rhox genes JO - Reproduction VL - 140 UR - https://doi.org/10.1530/REP-10-0100 DO - 10.1530/REP-10-0100 ID - MacLean2010 ER - TY - JOUR AU - Rajkovic, A. AU - Yan, C. AU - Yan, W. AU - Klysik, M. AU - Matzuk, M. M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Obox, a family of homeobox genes preferentially expressed in germ cells JO - Genomics VL - 79 UR - https://doi.org/10.1006/geno.2002.6759 DO - 10.1006/geno.2002.6759 ID - Rajkovic2002 ER - TY - JOUR AU - Yokoyama, S. AU - Ito, Y. AU - Ueno-Kudoh, H. AU - Shimizu, H. AU - Uchibe, K. AU - Albini, S. AU - Mitsuoka, K. AU - Miyaki, S. AU - Kiso, M. AU - Nagai, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - A systems approach reveals that the myogenesis genome network is regulated by the transcriptional repressor RP58 JO - Dev Cell VL - 17 UR - https://doi.org/10.1016/j.devcel.2009.10.011 DO - 10.1016/j.devcel.2009.10.011 ID - Yokoyama2009 ER - TY - STD TI - Mouse Genome Informatics. [http://www.informatics.jax.org/] UR - http://www.informatics.jax.org/ ID - ref21 ER - TY - JOUR AU - Tian, X. AU - Pascal, G. AU - Fouchecourt, S. AU - Pontarotti, P. AU - Monget, P. PY - 2009 DA - 2009// TI - Gene birth, death, and divergence: the different scenarios of reproduction-related gene evolution JO - Biol Reprod VL - 80 UR - https://doi.org/10.1095/biolreprod.108.073684 DO - 10.1095/biolreprod.108.073684 ID - Tian2009 ER - TY - JOUR AU - Saito, R. AU - Yamasaki, T. AU - Nagai, Y. AU - Wu, J. AU - Kajiho, H. AU - Yokoi, T. AU - Noda, E. AU - Nishina, S. AU - Niwa, H. AU - Azuma, N. PY - 2009 DA - 2009// TI - CrxOS maintains the self-renewal capacity of murine embryonic stem cells JO - Biochem Biophys Res Commun VL - 390 UR - https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2009.09.118 DO - 10.1016/j.bbrc.2009.09.118 ID - Saito2009 ER - TY - JOUR AU - Holland, P. W. H. PY - 1991 DA - 1991// TI - Cloning and evolutionary analysis of msh-like homeobox genes from mouse, zebrafish and ascidian JO - Gene VL - 98 UR - https://doi.org/10.1016/0378-1119(91)90182-B DO - 10.1016/0378-1119(91)90182-B ID - Holland1991 ER - TY - JOUR AU - Castro, L. F. C. AU - Holland, P. W. H. PY - 2003 DA - 2003// TI - Chromosomal mapping of ANTP class homeobox genes in amphioxus: piecing together ancestral genomes JO - Evol Dev VL - 5 UR - https://doi.org/10.1046/j.1525-142X.2003.03052.x DO - 10.1046/j.1525-142X.2003.03052.x ID - Castro2003 ER - TY - JOUR AU - Luke, G. N. AU - Castro, L. F. C. AU - McLay, K. AU - Bird, C. AU - Coulson, A. AU - Holland, P. W. H. PY - 2003 DA - 2003// TI - Dispersal of NK homeobox gene clusters in amphioxus and humans JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 100 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0836141100 DO - 10.1073/pnas.0836141100 ID - Luke2003 ER - TY - JOUR AU - Li, G. AU - Holland, P. W. H. PY - 2010 DA - 2010// TI - The origin and evolution of ARGFX homeobox loci in mammalian radiation JO - BMC Evol Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2148-10-182 DO - 10.1186/1471-2148-10-182 ID - Li2010 ER - TY - JOUR AU - Zhong, Y. F. AU - Butts, T. AU - Holland, P. W. H. PY - 2008 DA - 2008// TI - HomeoDB: a database of homeobox gene diversity JO - Evol Dev VL - 10 UR - https://doi.org/10.1111/j.1525-142X.2008.00266.x DO - 10.1111/j.1525-142X.2008.00266.x ID - Zhong2008 ER - TY - JOUR AU - Murphy, W. J. AU - Eizirik, E. AU - Johnson, W. E. AU - Zhang, Y. P. AU - Ryder, O. A. AU - O'Brien, S. J. PY - 2001 DA - 2001// TI - Molecular phylogenetics and the origins of placental mammals JO - Nature VL - 409 UR - https://doi.org/10.1038/35054550 DO - 10.1038/35054550 ID - Murphy2001 ER - TY - JOUR AU - Nishihara, H. AU - Maruyama, S. AU - Okada, N. PY - 2009 DA - 2009// TI - Retroposon analysis and recent geological data suggest near-simultaneous divergence of the three superorders of mammals JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 106 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0809297106 DO - 10.1073/pnas.0809297106 ID - Nishihara2009 ER - TY - JOUR AU - Prasad, A. B. AU - Allard, M. W. AU - Green, E. D. PY - 2008 DA - 2008// TI - Confirming the phylogeny of mammals by use of large comparative sequence data sets JO - Mol Biol Evol VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msn104 DO - 10.1093/molbev/msn104 ID - Prasad2008 ER - TY - JOUR AU - Holland, L. Z. AU - Albalat, R. AU - Azumi, K. AU - Benito-Gutierrez, E. AU - Blow, M. J. AU - Bronner-Fraser, M. AU - Brunet, F. AU - Butts, T. AU - Candiani, S. AU - Dishaw, L. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - The amphioxus genome illuminates vertebrate origins and cephalochordate biology JO - Genome Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gr.073676.107 DO - 10.1101/gr.073676.107 ID - Holland2008 ER - TY - STD TI - NCBI FTP site. [ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/] UR - ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/ ID - ref33 ER - TY - JOUR AU - Rice, P. AU - Longden, I. AU - Bleasby, A. PY - 2000 DA - 2000// TI - EMBOSS: the European Molecular Biology Open Software Suite JO - Trends Genet VL - 16 UR - https://doi.org/10.1016/S0168-9525(00)02024-2 DO - 10.1016/S0168-9525(00)02024-2 ID - Rice2000 ER - TY - JOUR AU - Eddy, S. R. PY - 2009 DA - 2009// TI - A new generation of homology search tools based on probabilistic inference JO - Genome Inform VL - 23 ID - Eddy2009 ER - TY - JOUR AU - Larkin, M. A. AU - Blackshields, G. AU - Brown, N. P. AU - Chenna, R. AU - McGettigan, P. A. AU - McWilliam, H. AU - Valentin, F. AU - Wallace, I. M. AU - Wilm, A. AU - Lopez, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Clustal W and Clustal X version 2.0 JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm404 DO - 10.1093/bioinformatics/btm404 ID - Larkin2007 ER - TY - JOUR AU - Camacho, C. AU - Coulouris, G. AU - Avagyan, V. AU - Ma, N. AU - Papadopoulos, J. AU - Bealer, K. AU - Madden, T. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - BLAST+: architecture and applications JO - BMC Bioinformatics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-421 DO - 10.1186/1471-2105-10-421 ID - Camacho2009 ER - TY - STD TI - Marchler-Bauer A, Anderson JB, Chitsaz F, Derbyshire MK, DeWeese-Scott C, Fong JH, Geer LY, Geer RC, Gonzales NR, Gwadz M, et al: CDD: specific functional annotation with the Conserved Domain Database. Nucleic Acids Res. 2009, D205-210. 37 Database ID - ref38 ER - TY - JOUR AU - Kelley, L. A. AU - Sternberg, M. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Protein structure prediction on the Web: a case study using the Phyre server JO - Nat Protoc VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2009.2 DO - 10.1038/nprot.2009.2 ID - Kelley2009 ER -